نقشه حرارت
فایل داده ماتریس برای ترسیم نقشه حرارتی استفاده می شود که می تواند داده های ماتریس را فیلتر، نرمال سازی و خوشه کند.بیشتر برای تجزیه و تحلیل خوشه ای سطح بیان ژن بین نمونه های مختلف استفاده می شود.
حاشیه نویسی ژن
حاشیه نویسی تابع ژن با نگاشت توالی ها در فایل FASTA در برابر پایگاه داده های مختلف انجام می شود.
حاشیه نویسی ژن
ابزار اصلی جستجوی تراز محلی
CDS_UTR_Prediction
این ابزار برای پیش‌بینی مناطق کدکننده (CDS) و مناطق غیرکدکننده (UTR) در توالی‌های رونوشت داده شده بر اساس انفجار در برابر پایگاه داده پروتئین شناخته شده و پیش‌بینی ORF طراحی شده است.
طرح منهتن
نمودار منهتن نمایش داده ها را با تعداد زیادی نقاط داده را امکان پذیر می کند.معمولاً در مطالعات ارتباطی گسترده ژنوم (GWAS) استفاده می شود.
سیرک
نمودار CIRCOS ارائه مستقیم توزیع های SNP، InDeL، SV، CNV را روی ژنوم امکان پذیر می کند.
GO_Enrichment
TopGO ابزاری است که برای غنی سازی عملکردی طراحی شده است.بسته TopGO-Bioconductor شامل تجزیه و تحلیل بیان دیفرانسیل، تجزیه و تحلیل غنی سازی GO و تجسم نتایج است.این یک پوشه با خروجی به نام "Graph" تولید می کند که حاوی نتایج برای topGO_BP، topGO_CC و topGO_MF است.
WGCNA
WGCNA یک روش داده کاوی پرکاربرد برای کشف ماژول های هم بیان ژن است.این برای مجموعه داده‌های بیانی مختلف از جمله داده‌های ریزآرایه و داده‌های بیان ژن که از توالی‌یابی نسل بعدی نشات گرفته‌اند، کاربرد دارد.
InterProScan
تجزیه و تحلیل و طبقه بندی توالی پروتئین InterPro
GO_KEGG_ غنی سازی
این ابزار برای تولید هیستوگرام غنی‌سازی GO، هیستوگرام غنی‌سازی KEGG و مسیر غنی‌سازی KEGG بر اساس مجموعه ژن ارائه‌شده و حاشیه‌نویسی مربوطه طراحی شده است.