تکامل ژنوم
ژنوم De novo
مونتاژ|تعیین جنسیت کل کارهای توالی یابی و خدمات جزئی بیوانفورماتیک توسط Biomarker Techonologies ارائه شده است.
خلاصه
"فنوتیپ نمادین اژدهای دریایی شامل زائدههای برگمانند، دهان لولهای بدون دندان و حاملگی نر است که شامل جوجهکشی تخمهای بارور شده بر روی یک «لکهی بچه» باز است.ما ژنومهای نر و ماده اژدهای دریایی معمولی (Phyllopteryx taeniolatus) و گونههای نزدیک به آن، ماهی لوله تمساح (Syngnathoides biaculeatus) را توالیبندی کردیم.پروفایلهای رونویسی از یک تازگی تکاملی، زائدههای برگ مانند، نشان میدهد که مجموعهای از ژنهایی که معمولاً در رشد بالهها نقش دارند و همچنین غنیسازی نسخههای متنی برای ژنهای بالقوه ترمیم بافت و دفاع ایمنی انتخاب شدهاند.جهشیافتههای گورخرماهی برای scpp5، که در تمام سینگاتیدها گم میشود، فاقد دندانهای حلقی هستند یا تغییر شکل دادهاند، که این فرضیه را تایید میکند که از دست دادن scpp5 در از دست دادن دندانها در سینگاتیدها نقش داشته است.یک منبع مفروض تعیینکننده جنسیت که یک ژن amhr2y اختصاصی نر را رمزگذاری میکند که توسط ماهیهای دریایی معمولی و ماهی تمساح مشترک است شناسایی شد. ”
مواد و روش ها:
مواد
Fاژدهای دریایی مشترک ما (P. taeniolatus) و دو ماهی پیپ تمساح (S. biaculeatus) نمونه هااز دو اژدهای دریایی معمولی (یک نر و یک ماده) و دو ماهی پایپ ماهی تمساح (یک نر و یک ماده) برای توالی یابی کل ژنوم استفاده شد و از دو اژدهای دریایی معمولی نر دیگر برای تعیین توالی ژنوم استفاده شد.
استراتژی توالی ژنوم
2کتابخانه 70/350 جفت باز (Hiseq 2500) + Pacbio 20Kb (Sequel) یا Nanopore 30 Kb (MinION)+ Hi-C (NovaSeq 6000). توالی یابی، و دو فرد دیگر اژدهای دریایی معمولی نر برای توالی یابی ژنوم استفاده شدند.
توالی رونوشت
Fیا اژدهای دریایی معمولی، مغز، چشم، آبشش، کبد، قلب، کلیه، مزانتر، روده، ماهیچه، باله، پوست، زائده های برگ مانند، بیضه و تخمدان جمع آوری شد.
استراتژی مونتاژ ژنوم de novo
Canu (اصلاح) + WTDBG2 (مجموعه) + Pilon (لهستانی) + Lachesis (Hi-C).
نتایج اصلی
شکل 1. ویژگی های کلیدی اژدهای دریایی معمولی (P. taeniolatus) و تیپ ماهی تمساح (S. biaculeatus) و موقعیت فیلوژنتیک آنها.
شکل 2. مورفولوژی و ترکیب ژنتیکی زائده های برگ مانند در اژدهای دریایی مشترک (P. taeniolatus).
شکل 3. ژن تعیین جنسیت فرضی در اژدهای دریایی معمولی (P. taeniolatus) و ماهی تمساح لوله ماهی (S. biaculeatus).
شکل 4. فنوتیپ های دندان حلقی در جهش یافته هموزیگوت scpp5 گورخرماهی.
زمان ارسال: ژانویه-08-2022