متاژنومیک توالی یابی - نانوحفره
مزایای خدمات
● مونتاژ با کیفیت بالا-افزایش دقت شناسایی گونه‌ها و پیش‌بینی ژن عملکردی
● جداسازی ژنوم باکتریایی بسته
● کاربرد قدرتمندتر و قابل اعتمادتر در مناطق مختلف، به عنوان مثال تشخیص میکروارگانیسم های بیماری زا یا ژن های مرتبط با مقاومت آنتی بیوتیکی
● تجزیه و تحلیل متاژنوم مقایسه ای
مشخصات خدمات
| سکو | ترتیب دهی | داده های توصیه شده | زمان چرخش |
| نانوپور | ONT | 6 G/10 G | 65 روز کاری |
تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک
● کنترل کیفیت داده های خام
● مونتاژ متاژنوم
● مجموعه ژن غیر زائد و حاشیه نویسی
● تجزیه و تحلیل تنوع گونه ها
● تجزیه و تحلیل تنوع عملکرد ژنتیکی
● تحلیل بین گروهی
● تحلیل ارتباط در برابر عوامل تجربی
نمونه مورد نیاز و تحویل
الزامات نمونه و تحویل
نمونه مورد نیاز:
برایعصاره های DNA:
| نوع نمونه | میزان | تمرکز | خلوص |
| عصاره های DNA | 1-1.5 میکروگرم | ＞ 20 نانوگرم در میکرولیتر | OD260/280= 1.6-2.5 |
برای نمونه های محیطی:
| نوع نمونه | روش نمونه گیری توصیه شده |
| خاک | مقدار نمونه برداری: تقریبا5 گرم؛مواد پژمرده باقیمانده باید از سطح جدا شوند.قطعات بزرگ را آسیاب کرده و از فیلتر 2 میلی متری عبور دهید.نمونه ها را در لوله EP یا سیرو تیوب استریل برای رزرو به مقدار کافی تقسیم کنید. |
| مدفوع | مقدار نمونه برداری: تقریبا5 گرم؛نمونه ها را در EP-لوله یا کرایوتوب استریل برای رزرو جمع آوری کنید. |
| محتویات روده | نمونه ها باید تحت شرایط آسپتیک پردازش شوند.شستشوی بافت جمع آوری شده با PBS.PBS را سانتریفیوژ کرده و رسوب دهنده را در لوله های EP جمع آوری کنید. |
| لجن | مقدار نمونه برداری: تقریبا5 گرم؛نمونه لجن را در لوله EP یا کرایوتوب استریل برای رزرو جمع آوری و به مقدار کافی تقسیم کنید. |
| بدنه آبی | برای نمونه با مقدار محدود میکروبی مانند آب لوله کشی، آب چاه و غیره، حداقل 1 لیتر آب جمع آوری کنید و از فیلتر 0.22 میکرومتر عبور دهید تا میکروبی روی غشاء غنی شود.غشا را در لوله استریل نگهداری کنید. |
| پوست | با دقت سطح پوست را با سواب پنبه ای یا تیغه جراحی استریل خراش دهید و آن را در لوله استریل قرار دهید. |
تحویل نمونه توصیه شده
نمونه ها را به مدت 3-4 ساعت در نیتروژن مایع منجمد کرده و در نیتروژن مایع یا 80- درجه تا رزرو طولانی مدت نگهداری کنید.حمل و نقل نمونه با یخ خشک مورد نیاز است.
جریان کار خدمات
تحویل نمونه
ساخت کتابخانه
ترتیب دهی
تحلیل داده ها
خدمات پس از فروش
1. Heatmap: خوشه بندی غنای گونه ها
2. ژن های عملکردی مشروح در مسیرهای متابولیک KEGG
3. شبکه همبستگی گونه ها
4. سیرکوس ژن های مقاومت آنتی بیوتیکی CARD
کیس BMK
متاژنومیکس نانو منافذ تشخیص بالینی سریع عفونت تنفسی تحتانی باکتریایی را امکان پذیر می کند
منتشر شده:بیوتکنولوژی طبیعت، 2019
نکات مهم فنی
توالی: نانوپور MinION
بیوانفورماتیک متاژنومیکس بالینی: تخلیه DNA میزبان، تجزیه و تحلیل WIMP و ARMA
تشخیص سریع: 6 ساعت
حساسیت بالا: 96.6%
نتایج کلیدی
در سال 2006، عفونت دستگاه تنفسی تحتانی (LR) باعث مرگ 3 میلیون انسان در سراسر جهان شد.روش معمول برای تشخیص پاتوژن LR1 کشت است که حساسیت ضعیفی دارد، زمان چرخش طولانی دارد و در درمان آنتی بیوتیکی اولیه راهنمایی نمی شود.تشخیص سریع و دقیق میکروبی مدتهاست که یک نیاز فوری بوده است.دکتر جاستین از دانشگاه آنگلیا شرقی و همکارانش با موفقیت یک روش متاژنومیک مبتنی بر نانوپور را برای تشخیص پاتوژن توسعه دادند.با توجه به گردش کار آنها، 99.99٪ از DNA میزبان می تواند تخلیه شود.تشخیص در پاتوژن ها و ژن های مقاوم به آنتی بیوتیک را می توان در 6 ساعت به پایان رساند.
ارجاع
Charalampous، T.، Kay، GL، Richardson، H.، آیدین، A.، و O'Grady، J.(2019).متاژنومیکس نانو منافذ تشخیص بالینی سریع عفونت تنفسی تحتانی باکتریایی را امکان پذیر می کند.بیوتکنولوژی طبیعت، 37(7)، 1.
