ژنوم قارچ
مزایای خدمات
● راهبردهای توالی چندگانه موجود برای اهداف مختلف تحقیقاتی
● تجربه بالا در مونتاژ ژنوم قارچ ها با بیش از 10000 ژنوم کامل پنی مونتاژ شده.
● تیم پشتیبانی فنی پس از فروش حرفه ای که نیازهای تحقیقاتی خاص تری را برآورده می کند.
مشخصات خدمات
| سرویس | استراتژی توالی | کیفیت تضمین شده | زمان چرخش تخمینی |
| نقشه ریز قارچ | Illumina 50X + Nanopore 100X | N50≥2 مگابایت را Contig کنید | 35 روز کاری |
| PacBio HiFi 30X | |||
| نقشه کامل پنه قارچی | Illumina 50X+Nanopore 100X(Pacbio HiFi 30X)+Hi-C 100X | نسبت لنگر کروموزوم > 90% | 45 روز کاری |
تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک
● کنترل کیفیت داده های خام
● مونتاژ ژنوم
● تجزیه و تحلیل اجزای ژنوم
● حاشیه نویسی عملکرد ژن
● تجزیه و تحلیل مقایسه ای ژنومی
نمونه مورد نیاز و تحویل
نمونه مورد نیاز:
برایعصاره های DNA:
| نوع نمونه | میزان | تمرکز | خلوص |
| عصاره های DNA | ＞ 1.2 میکروگرم | ＞ 20 نانوگرم در میکرولیتر | OD260/280= 1.6-2.5 |
برای نمونه های بافت:
| نوع نمونه | نمونه درمانی توصیه شده | ذخیره سازی و حمل و نقل نمونه |
| قارچ تک سلولی | مخمرها را زیر میکروسکوپ مشاهده کرده و در فاز نمایی جمع آوری کنید کشت (حاوی تقریباً 3-4.5e9 سلول) را به اپندورف 1.5 یا 2 میلی لیتری منتقل کنید.(روی یخ نگه دارید) لوله را به مدت 1 دقیقه در 14000 گرم سانتریفیوژ کنید تا باکتری ها جمع آوری شوند و مایع رویی به دقت خارج شود. لوله را ببندید و باکتری ها را در نیتروژن مایع حداقل 1-3 ساعت منجمد کنید.لوله را در یخچال -80 درجه سانتیگراد نگهداری کنید. | نمونه ها را به مدت 3-4 ساعت در نیتروژن مایع منجمد کرده و در نیتروژن مایع یا 80- درجه تا رزرو طولانی مدت نگهداری کنید.حمل و نقل نمونه با یخ خشک مورد نیاز است. |
| قارچ ماکرو | بافت در مرحله رشد فعال توصیه می شود. بافت را با آب بدون اندوتوکسین و سپس 70 درصد اتونال بشویید. نمونه را در لوله های کرایو ذخیره کنید. |
جریان کار خدمات
تحویل نمونه
ساخت کتابخانه
ترتیب دهی
تحلیل داده ها
خدمات پس از فروش
1. نمودار سیرکوس بر روی اجزای ژنومی قارچ
2. تجزیه و تحلیل ژنومیک مقایسه ای: درخت فیلوژنتیک
