توالی mRNA تمام طول - نانوحفره
مزایای خدمات
● سوگیری کم توالی
● افشای مولکول های cDNA تمام قد
● داده های کمتری برای پوشش تعداد رونوشت های مشابه مورد نیاز است
● شناسایی ایزوفرم های متعدد در هر ژن
● کمی سازی بیان در سطح ایزوفرم
مشخصات خدمات
| کتابخانه | سکو | بازده داده توصیه شده (گیگابایت) | کنترل کیفیت |
| cDNA-PCR (غنی شده با پلی-آ) | نانوپور PromethION P48 | 6 گیگابیت / نمونه (بسته به گونه) | نسبت طول کامل (70٪) میانگین امتیاز کیفیت: Q10
|
تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک
●پردازش داده های خام
● شناسایی رونوشت
● پیوند جایگزین
● تعیین کمیت بیان در سطح ژن و سطح ایزوفرم
● تجزیه و تحلیل بیان دیفرانسیل
● حاشیه نویسی و غنی سازی عملکرد (DEG و DET)
نمونه مورد نیاز و تحویل
نمونه مورد نیاز:
نوکلئوتیدها:
| Conc.(ng/μl) | مقدار (μg) | خلوص | تمامیت |
| ≥ 100 | ≥ 0.6 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 آلودگی پروتئین یا DNA محدود یا بدون آلودگی روی ژل نشان داده شده است. | برای گیاهان: RIN≥7.0; برای حیوانات: RIN≥7.5؛ 5.0≥28S/18S≥1.0; ارتفاع پایه محدود یا بدون ارتفاع |
بافت: وزن (خشک): ≥1 گرم
*برای بافت کوچکتر از 5 میلی گرم، توصیه می کنیم نمونه بافت منجمد شده (در نیتروژن مایع) را ارسال کنید.
سوسپانسیون سلولی: تعداد سلول = 3×106- 1×107
*ما توصیه می کنیم لیز سلولی منجمد را ارسال کنید.در صورتی که تعداد آن سلول کوچکتر از 10×5 باشد5فلاش منجمد در نیتروژن مایع توصیه می شود که برای استخراج میکرو ارجح است.
نمونه های خون: حجم ≥1 میلی لیتر
تحویل نمونه توصیه شده
ظرف: لوله سانتریفیوژ 2 میلی لیتری (فیل قلع توصیه نمی شود)
برچسب زدن نمونه: گروه + تکرار به عنوان مثال A1، A2، A3.B1، B2، B3...
حمل و نقل: 2، یخ خشک: نمونه ها باید در کیسه های بسته بندی شده و در یخ خشک دفن شوند.
- لوله های پایدار RNA: نمونه های RNA را می توان در لوله تثبیت کننده RNA (به عنوان مثال RNAstable®) خشک کرد و در دمای اتاق حمل کرد.
جریان کار خدمات
نوکلئوتیدها:
تحویل نمونه
ساخت کتابخانه
ترتیب دهی
تحلیل داده ها
خدمات پس از فروش
جریان کار خدمات
بافت:
طراحی آزمایش
تحویل نمونه
استخراج RNA
ساخت کتابخانه
ترتیب دهی
تحلیل داده ها
خدمات پس از فروش
1.تجزیه و تحلیل بیان دیفرانسیل - نمودار آتشفشان
تجزیه و تحلیل بیان دیفرانسیل را می توان در هر دو سطح ژن برای شناسایی ژن های بیان شده متفاوت (DEGs) و در سطح ایزوفرم برای شناسایی متفاوت پردازش کرد.
رونوشت های بیان شده (DETs)
2.نقشه حرارتی خوشه بندی سلسله مراتبی
3. شناسایی و طبقه بندی پیوند جایگزین
پنج نوع رویداد پیوند جایگزین را می توان توسط Astalavista پیش بینی کرد.
4.شناسایی رویدادهای پلی آدنیلاسیون جایگزین (APA) و موتیف در 50 جفت باز در بالادست poly-A
کیس BMK
شناسایی پیوند جایگزین و تعیین کمیت در سطح ایزوفرم با توالی یابی رونوشت تمام طول نانوحفره
منتشر شده:Nature Communications، 2020
استراتژی توالی:
گروه بندی: 1. CLL-SF3B1(WT);2. CLL-SF3B1 (جهش K700E);3. سلول های B طبیعی
استراتژی توالی یابی: توالی یابی کتابخانه MinION 2D، توالی یابی کتابخانه PromethION 1D.داده های کوتاه خوانده شده از نمونه های مشابه
پلت فرم توالی یابی: Nanopore MinION;نانوحفره PromethION;
نتایج کلیدی
1. شناسایی پیوند جایگزین در سطح ایزوفرم
توالی های طولانی خوانده شده شناسایی SF3B1 جهش یافته را تقویت می کندK700Eتغییر مکان های اتصال در سطح ایزوفرم.35 جایگزین 3'SS و 10 جایگزین 5'SS به طور قابل توجهی بین SF3B1 به هم متصل شدند.K700Eو SF3B1WT.33 مورد از 35 تغییر به تازگی توسط توالی های طولانی خوانده شده کشف شده است.
2. تعیین کمیت جایگزینی جایگزین در سطح ایزوفرم
بیان ایزوفرم های حفظ اینترون (IR) در SF3B1K700Eو SF3B1WTبر اساس توالی‌های نانوحفره اندازه‌گیری شد، که یک کاهش جهانی ایزوفرم‌های IR در SF3B1 را نشان داد.K700E.
ارجاع
Tang AD، Soulette CM، Baren MJV، و همکاران.توصیف رونوشت تمام طول جهش SF3B1 در لوسمی لنفوسیتی مزمن، کاهش اینترون های باقی مانده را نشان می دهد [J].ارتباطات طبیعت
