محصولات

ژنتیک تکاملی

ژنتیک تکاملی یک سرویس توالی یابی بسته بندی شده است که برای ارائه تفسیری جامع از اطلاعات تکاملی مواد داده شده بر اساس تغییرات ژنتیکی، از جمله SNPs، InDels، SVs و CNV طراحی شده است.تمام تحلیل‌های بنیادی مورد نیاز برای توصیف تغییرات تکاملی و ویژگی‌های ژنتیکی جمعیت‌ها، مانند ساختار جمعیت، تنوع ژنتیکی، روابط فیلوژنی و غیره را ارائه می‌کند. همچنین شامل مطالعاتی در مورد جریان ژن است که تخمین اندازه جمعیت مؤثر، زمان واگرایی را امکان‌پذیر می‌سازد.

با ما تماس بگیرید

جزئیات خدمات

نتایج نسخه ی نمایشی

مطالعه موردی

مزایای خدمات

تاکاگی و همکاران،مجله گیاهی، 2013

● تخمین زمان و سرعت واگرایی گونه ها بر اساس تغییرات در سطح نوکلئوتید و اسیدهای آمینه
● آشکارسازی رابطه فیلوژنتیکی قابل اعتمادتر بین گونه ها با حداقل تأثیر تکامل همگرا و تکامل موازی
● ایجاد پیوند بین تغییرات ژنتیکی و فنوتیپ ها برای کشف ژن های مرتبط با صفت
● برآورد تنوع ژنتیکی، که منعکس کننده پتانسیل تکاملی گونه ها است
● زمان چرخش سریعتر
● تجربه گسترده: BMK بیش از 12 سال تجربه عظیمی را در پروژه های مربوط به جمعیت و تکامل جمع آوری کرده است که صدها گونه و غیره را پوشش می دهد و در بیش از 80 پروژه سطح بالا منتشر شده در Nature Communications، Molecular Plants، Plant Biotechnology Journal و غیره مشارکت داشته است.

مشخصات خدمات

مواد:

به طور معمول، حداقل سه زیر جمعیت (مثلاً زیرگونه ها یا گونه ها) توصیه می شود.هر زیر جمعیت نباید کمتر از 10 نفر داشته باشد (گیاهان 15 ＞ را می توان برای گونه های نادر کاهش داد).

استراتژی توالی:

* WGS را می توان برای گونه هایی با ژنوم مرجع با کیفیت بالا به کار برد، در حالی که SLAF-Seq برای گونه هایی با یا بدون ژنوم مرجع یا ژنوم مرجع با کیفیت پایین قابل استفاده است.

قابل استفاده برای اندازه ژنوم	WGS	SLAF-Tags (×10000)
≤ 500 مگابایت	10×/انفرادی	WGS بیشتر توصیه می شود
500 مگابایت - 1 گیگابایت		10
1 گیگابایت - 2 گیگابایت		20
≥2 گیگابایت		30

تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک

● تحلیل تکاملی

● رفت و برگشت انتخابی

● جریان ژن

● تاریخچه جمعیتی

● زمان واگرایی

نمونه مورد نیاز و تحویل

نمونه مورد نیاز:

گونه ها	بافت	WGS-NGS	SLAF
حیوان	بافت احشایی	0.5 ~ 1 گرم	0.5 گرم
	بافت عضلانی
	خون پستانداران	1.5 میلی لیتر	1.5 میلی لیتر
	خون طیور/ماهی
گیاه	برگ تازه	1 ~ 2 گرم	0.5 ~ 1 گرم
	گلبرگ/ساقه
	ریشه / دانه
سلول ها	سلول کشت شده

gDNA

تمرکز
(ng/ul)

میزان

(ug)

OD260/OD280

SLAF

≥35

≥1.6

1.6-2.5

WGS-NGS

≥1

≥0.1

جریان کار خدمات

طراحی آزمایش

تحویل نمونه

ساخت کتابخانه

ترتیب دهی

تحلیل داده ها

خدمات پس از فروش

قبلی: تجزیه و تحلیل تفکیک انبوه

بعد: متابولومیک

*نتایج آزمایشی نشان داده شده در اینجا همه از ژنوم های منتشر شده با BMKGENE است

1. تجزیه و تحلیل تکامل شامل ساخت درخت فیلوژنتیک، ساختار جمعیت و PCA بر اساس تغییرات ژنتیکی است.

درخت فیلوژنتیک نشان دهنده روابط طبقه بندی و تکاملی بین گونه ها با اجداد مشترک است.
هدف PCA تجسم نزدیکی بین جمعیت های فرعی است.
ساختار جمعیت وجود زیرجمعیت متمایز ژنتیکی را از نظر فراوانی آللی نشان می دهد.

3-1-درخت فیلوژنتیک 3-2PCA 3-3جمعیت-ساختار

چن و همکارانآل.،PNAS، 2020

2. رفت و برگشت انتخابی

جابجایی انتخابی به فرآیندی اطلاق می‌شود که توسط آن یک سایت سودمند انتخاب می‌شود و فرکانس سایت‌های خنثی لینک‌شده افزایش می‌یابد و سایت‌های بدون پیوند کاهش می‌یابد که منجر به کاهش منطقه‌ای می‌شود.

تشخیص گستردگی ژنوم در مناطق جاروب انتخابی با محاسبه شاخص ژنتیکی جمعیت (π，Fst، Tajima's D) همه SNPها در یک پنجره کشویی (100 کیلوبایت) در مرحله معین (10 کیلوبایت) پردازش می‌شود.

تنوع نوکلئوتیدی(π）
4نوکلئوتید-تنوع(π）

تاجیما دی
5Tajima's-D

شاخص ثابت (Fst)

6Fixation-index (Fst)

وو و همکارانآل.،گیاه مولکولی، 2018

3. جریان ژن

7-جریان ژن

وو و همکارانآل.،گیاه مولکولی، 2018

4. تاریخچه جمعیتی

8- تاریخچه جمعیتی

ژانگ و همکارانآل.،اکولوژی و تکامل طبیعت، 2021

5. زمان واگرایی

9-زمان واگرایی

ژانگ و همکارانآل.،اکولوژی و تکامل طبیعت، 2021

کیس BMK

نقشه تنوع ژنومی بینش هایی را در مورد اساس ژنتیکی انتخاب کلم چینی بهاره (Brassica rapa ssp. Pekinensis) ارائه می دهد.

منتشر شده: گیاه مولکولی، 2018

استراتژی توالی:

Resequencing: عمق توالی: 10×

نتایج کلیدی

در این مطالعه، 194 کلم چینی برای توالی یابی مجدد با عمق متوسط 10× فرآوری شدند که 1208499 SNP و 416070 InDels به دست آمد.تجزیه و تحلیل فیلوژنتیک در این 194 لاین نشان داد که این لاین ها را می توان به سه اکوتیپ بهاره، تابستانی و پاییزه تقسیم کرد.علاوه بر این، ساختار جمعیت و تجزیه و تحلیل PCA نشان داد که کلم چینی بهاره از یک کلم پاییزی در شاندونگ، چین سرچشمه گرفته است.اینها متعاقباً به کره و ژاپن معرفی شدند، با خطوط محلی تلاقی یافتند و برخی از انواع دیرپیچ آنها به چین معرفی شدند و در نهایت به کلم چینی بهاره تبدیل شدند.

اسکن گسترده ژنوم روی کلم های چینی بهاره و کلم های پاییزی در انتخاب، 23 مکان ژنومی را نشان داد که از طریق انتخاب قوی گذر کرده اند، که دو مورد از آنها با منطقه کنترل زمان پیچ بر اساس نقشه برداری QTL همپوشانی داشتند.مشخص شد که این دو ناحیه حاوی ژن های کلیدی تنظیم کننده گلدهی، BrVIN3.1 و BrFLC1 هستند.این دو ژن با مطالعه رونویسی و آزمایش‌های تراریخته، نقش خود را در زمان بولتینگ تأیید کردند.

PB-Full-length-RNA-Sequencing-case-study

تجزیه و تحلیل ساختار جمعیت در کلم چینی

اطلاعات ژنتیکی در مورد انتخاب کلم چینی

ارجاع

تانگبینگ و همکاران"نقشه تنوع ژنومی بینش هایی را در مورد مبنای ژنتیکی انتخاب کلم چینی بهاره (Brassica rapa ssp.pekinensis) ارائه می دهد."گیاهان مولکولی،11(2018):1360-1376.