توالی یابی DNA/RNA - توالی یابی نانوحفره
ویژگی های جزئیات خدمات
| سکو | اندازه کتابخانه | بازده داده های نظری (در هر سلول) | دقت تک پایه | برنامه های کاربردی |
| نانوپور | 8Kb، 10kb، 20kb، Ultralong، cDNA-PCR | 70-90 گیگابایت / سلول | 85-92٪ | فراخوانی SV، De novo، توالی یابی تمام طول، Iso-Seq، حاشیه نویسی ژن، تشخیص متیلاسیون DNA |
مزایای خدمات
● بیش از 5 سال تجربه در پلتفرم توالی یابی PacBio با هزاران پروژه بسته با گونه های مختلف.
● BMKGENE شریک رسمی Oxford Nanopore است که دارای گواهینامه RNA/DNA پلت فرم دوگانه است.
● مدل های اصلی ترتیب دهنده ها با تجهیزات کامل و توان توالی یابی کافی وجود دارد.
● بر اساس پلت فرم Nanopore، بیش از 10 تحقیق حیوانی و گیاهی Denovo در مجلات معتبر بین المللی منتشر شده است.
نمونه مورد نیاز
| نوع نمونه | میزان | تمرکز (Qubit®) | جلد | خلوص | دیگران |
| DNA ژنومی | به داده مورد نیاز بستگی دارد | ≥20ng/μl | ≥15μl | OD260/280=1.7-2.2; OD260/230≥1.5； اوج شفاف در 260 نانومتر، بدون آلودگی | غلظت باید با Qubit و Qubit/Nanopore ≤ 2 اندازه گیری شود |
| RNA کل | ≥1.2μg | ≥100μg/μl | ≥15μl | OD260/280=1.7-2.5; OD260/230=0.5-2.5 بدون آلودگی | مقدار RIN ≥7.5 |
گردش کار خدمات
آماده سازی نمونه
ساخت کتابخانه
ترتیب دهی
تحلیل داده ها
تحویل پروژه
ارزیابی کیفیت داده ها نمونه DNA
جدول 1. آمار مربوط به داده های پاک.
| BMKID | rawSeqNum | rawSumBase | cleanSeqNum | cleanSumBase | cleanN50Len | cleanN90Len | cleanMeanLen | cleanMaxLen | cleanMeanQual |
| DNA_BMK01 | 1,218,239 | 26.37 | 1,121,736 | 25.90 | 28,014 | 15764 | 23,090 | 143,181 | 9 |
ارزیابی کیفیت داده ها نمونه RNA
جدول 1. آمار مربوط به داده های پاک.
| نام فایل | شناسه مشتری | ReadNum | BaseNum | N50 | طول متوسط | بیشترین طول | MeanQscore |
| RNA_BMK001 | C2 | 8,947,708 | 4,047,230,083 | 398 | 452 | 129,227 | Q12 |
شکل 1. توزیع طول را بخوانید
شکل 2. توزیع امتیاز کیفیت داده های پاک
شکل 3. توزیع امتیاز کیفیت و طول داده های پاک
