توالی یابی DNA/RNA - PacBio Sequencer
امکانات
دو حالت توالی‌یابی در توالی‌سنج PacBio: خواندن طولانی مداوم (CLR) و خواندن اجماع دایره‌ای (CCS)
| حالت توالی | اندازه کتابخانه | داده های نظریبازده (در هر سلول) | تک پایهدقت | برنامه های کاربردی |
| CLR | 20 کیلوبایت، 30 کیلوبایت و غیره | 80 گیگ تا 130 گیگ | تقریبا85% | نو، تماس SV و غیره |
| CCS | 15-20 کیلوبایت | 14 تا 40 گیگابیت / سلول (دنباله دوم) 70 تا 110 گیگابیت/سلول (Revio) بستگی به نمونه ها داره | تقریبا99% | نو، تماس SNP/Indel/SV، Iso-Seq، |
مقایسه عملکرد و ویژگی های Revio و Sequel II
| مقررات | سیستم دنباله دوم | سیستم Revio | افزایش دادن |
| تراکم بالاتر | 8 میلیون ZMW | 25 میلیون ZMW | 3x |
| مراحل مستقل | 1 | 4 | 4x |
| زمان اجرا کوتاه تر | 30 ساعت | 24 ساعت | 1.25 برابر |
| 30 برابر ژنوم انسان HiFi / سال | 88 | 1300 | 1در کل 5 برابر |
مزایای خدمات
● بیش از 8 سال تجربه در پلتفرم توالی یابی PacBio با هزاران پروژه بسته با گونه های مختلف.
● کاملاً مجهز به آخرین پلتفرم‌های PacBio Sequencing، Revio برای تضمین توان عملیاتی توالی کافی.
● زمان چرخش سریع تر، بازده داده بالاتر و داده های دقیق تر.
● در صدها نشریه پر تاثیر مبتنی بر PacBio مشارکت داشته است.
نمونه مورد نیاز
| نوع نمونه | میزان | غلظت (Qubit®) | جلد | خلوص | دیگران |
| DNA ژنومی | به داده مورد نیاز بستگی دارد | ≥50 نانوگرم در میکرولیتر | ≥15μl | OD260/280=1.7-2.2; OD260/230=1.8-2.5； پیک شفاف در 260 نانومتر،بدون آلودگی | غلظت باید با کیوبیت و کوبیت/نانوپور = 0.8-2.5 اندازه گیری شود. |
| RNA کل | ≥1.2μg | ≥120 نانوگرم در میکرولیتر | ≥15μl | OD260/280=1.7-2.5; OD260/230=0.5-2.5；بدون آلودگی | مقدار RIN ≥7.5 5≥28S/18S≥1 |
گردش کار خدمات
آماده سازی نمونه
ساخت کتابخانه
ترتیب دهی
تحلیل داده ها
تحویل پروژه
1. بازده داده های داخلی
داده های تولید شده از 63 سلول CCS (از 26 گونه)
| داده ها-PacBio-CCS-15 Kb | میانگین | حداکثر | حداقل | میانه |
| بازده - زیرخوانده ها (گیگابایت) | 421.12 | 544.27 | 221.38 | 426.58 |
| Yiled - CCS (گیگابایت) | 25.93 | 38.59 | 10.86 | 25.43 |
| پلیمراز N50 | 145651 | 175,430 | 118,118 | 144689 |
| زیرخوان N50 | 17,509 | 23,924 | 12,485 | 17584 |
| CCS N50 | 14,490 | 19,034 | 9,876 | 14747 |
| طول متوسط - پلیمراز | 67995 | 89,379 | 49664 | 66,433 |
| طول متوسط-زیر نان | 15,866 | 21,036 | 11657 | 16,012 |
| طول متوسط-CCS | 14,489 | 19,074 | 8575 | 14655 |
داده های تولید شده از 16 سلول CLR (از 76 گونه)
| DATA-PacBio-CLR-30Kb | میانگین | حداکثر | حداقل | میانه |
| بازده - زیرخوانده ها (گیگابایت) | 142.20 | 291.40 | 50.55 | 142.49 |
| پلیمراز N50 | 39,456 | 121,191 | 15,389 | 35231 |
| زیرخوان N50 | 28,490 | 41,012 | 14,430 | 29,063 |
| طول متوسط - پلیمراز | 22063 | 48886 | 8747 | 21,555 |
| طول متوسط-زیر نان | 17720 | 27,225 | 8293 | 17779 |
2.Data QC - نسخه ی نمایشیآمار مربوط به بازده داده ها
| نمونه | ccs تعداد را می خواند | مجموع ccs پایه (bp) | ccs خواندن N50 (bp) | ccs میانگین طول (bp) | ccs طولانی ترین خوانده شده (bp) | پایه‌های فرعی (bp) | نرخ سی سی (%) |
| PB_BMKxxx | 3,444,159 | 54,164,122,586 | 15728 | 15726 | 36110 | 863,326,330,465 | 6.27 |
