توالی یابی mRNA تمام طول - PacBio
مزایای خدمات
● خواندن مستقیم مولکول cDNA تمام قد از انتهای 3 تا انتهای 5'
● وضوح سطح ایزو فرم در ساختار توالی
● رونوشت ها با دقت و یکپارچگی بالا
● سازگاری بالایی با گونه های وایو دارد
● ظرفیت توالی یابی بزرگ با 4 پلت فرم توالی یابی PacBio Sequel II مجهز
● با بیش از 700 پروژه توالی یابی RNA مبتنی بر Pacbio با تجربه بالا
● تحویل نتایج مبتنی بر BMKCloud: داده کاوی سفارشی شده در پلتفرم موجود است.
● خدمات پس از فروش با اعتبار 3 ماه پس از اتمام پروژه
مشخصات خدمات
پلتفرم: PacBio Sequel II
کتابخانه توالی یابی: کتابخانه mRNA غنی شده با پلی A
بازده داده توصیه شده: 20 گیگابیت/نمونه (بسته به گونه)
FLNC (%): ≥75%
*FLNC: گذرنامه های غیرکایمریک تمام طول
تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک
● پردازش داده های خام
● شناسایی رونوشت
● ساختار توالی
● کمیت بیان
● حاشیه نویسی تابع
نمونه مورد نیاز و تحویل
نمونه مورد نیاز:
نوکلئوتیدها:
| Conc.(ng/μl) | مقدار (μg) | خلوص | تمامیت |
| ≥ 120 | ≥ 0.6 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 آلودگی پروتئین یا DNA محدود یا بدون آلودگی روی ژل نشان داده شده است. | برای گیاهان: RIN≥7.5; برای حیوانات: RIN≥8.0؛ 5.0≥ 28S/18S≥1.0؛ ارتفاع پایه محدود یا بدون ارتفاع |
بافت: وزن (خشک):≥1 گرم
*برای بافت کوچکتر از 5 میلی گرم، توصیه می کنیم نمونه بافت منجمد شده (در نیتروژن مایع) را ارسال کنید.
تعلیق سلولی:تعداد سلول = 3×106- 1×107
*ما توصیه می کنیم لیز سلولی منجمد را ارسال کنید.در صورتی که تعداد آن سلول کوچکتر از 10×5 باشد5فلاش منجمد در نیتروژن مایع توصیه می شود که برای استخراج میکرو ارجح است.
نمونه های خون:حجم ≥1 میلی لیتر
میکروارگانیسم:جرم ≥ 1 گرم
تحویل نمونه توصیه شده
ظرف:
لوله سانتریفیوژ 2 میلی لیتری (فیل قلع توصیه نمی شود)
برچسب زدن نمونه: گروه + تکرار به عنوان مثال A1، A2، A3.B1، B2، B3...
حمل و نقل:
1. یخ خشک: نمونه ها باید در کیسه های بسته بندی شده و در یخ خشک دفن شوند.
2. لوله های پایدار RNA: نمونه های RNA را می توان در لوله تثبیت کننده RNA (به عنوان مثال RNAstable®) خشک کرد و در دمای اتاق حمل کرد.
جریان کار خدمات
طراحی آزمایش
تحویل نمونه
استخراج RNA
ساخت کتابخانه
ترتیب دهی
تحلیل داده ها
خدمات پس از فروش
توزیع طول 1.FLNC
طول خواندن غیرکایمریک تمام طول (FLNC) نشان دهنده طول cDNA در ساخت کتابخانه است.توزیع طول FLNC یک شاخص مهم در ارزیابی کیفیت ساخت کتابخانه است.
توزیع طول خواندن FLNC
2. توزیع طول منطقه ORF کامل
ما از TransDecoder برای پیش‌بینی نواحی کدکننده پروتئین و توالی‌های اسید آمینه مربوطه برای تولید مجموعه‌های یونیژن استفاده می‌کنیم که حاوی اطلاعات رونوشت کامل غیر زائد در همه نمونه‌ها است.
توزیع کامل طول ناحیه ORF
3. تحلیل غنی سازی مسیر KEGG
رونوشت‌های بیان شده متفاوت (DETs) را می‌توان با همسو کردن داده‌های توالی‌یابی RNA مبتنی بر NGS در مجموعه‌های رونوشت تمام‌قد تولید شده توسط داده‌های توالی‌یابی PacBio شناسایی کرد.این DET ها می توانند بیشتر برای تجزیه و تحلیل عملکردی مختلف پردازش شوند، به عنوان مثال تجزیه و تحلیل غنی سازی مسیر KEGG.
غنی سازی مسیر DET KEGG -نقطه نقطه
کیس BMK
پویایی رشد رونوشت ساقه Populus
منتشر شده: مجله بیوتکنولوژی گیاهی، 2019
استراتژی توالی:
مجموعه نمونه:نواحی ساقه: راس، میانگره اول (IN1)، میانگره دوم (IN2)، میانگره سوم (IN3)، میانگره (IN4) و میانگره (IN5) از Nanlin895
دنباله NGS:RNA 15 نفر به عنوان یک نمونه بیولوژیکی ادغام شدند.سه تکرار بیولوژیکی از هر نقطه برای توالی NGS پردازش شد
دنباله TGS:نواحی ساقه به سه ناحیه راس، IN1-IN3 و IN4-IN5 تقسیم شدند.هر منطقه برای توالی یابی PacBio با چهار نوع کتابخانه پردازش شد: 0-1 kb، 1-2 kb، 2-3 kb و 3-10 kb.
نتایج کلیدی
1. در مجموع 87150 رونوشت تمام قد شناسایی شد که در آنها، 2081 ایزوفرم جدید و 62058 ایزوفرم جایگزین جدید شناسایی شد.
2.1187 lncRNA و 356 ژن فیوژن شناسایی شد.
3. از رشد اولیه تا رشد ثانویه، 15838 رونوشت با بیان متفاوت از 995 ژن با بیان متفاوت شناسایی شد.در تمام DEG ها، 1216 فاکتور رونویسی بودند که بیشتر آنها هنوز گزارش نشده است.
تجزیه و تحلیل غنی‌سازی GO اهمیت تقسیم سلولی و فرآیند کاهش اکسیداسیون را در رشد اولیه و ثانویه نشان داد.
رویدادهای پیوند جایگزین و ایزوفرم های مختلف
تجزیه و تحلیل WGCNA بر روی فاکتورهای رونویسی
ارجاع
Chao Q، Gao ZF، Zhang D، و همکاران.پویایی رشد رونوشت ساقه Populus.Plant Biotechnol J. 2019؛ 17 (1): 206-219.doi:10.1111/pbi.12958
