تجزیه و تحلیل تفکیک انبوه
مزایای خدمات
تاکاگی و همکاران، مجله گیاه، 2013
● محلی سازی دقیق: مخلوط کردن توده ها با 30+30 تا 200+200 نفر برای به حداقل رساندن نویز پس زمینه.پیش‌بینی منطقه نامزد مبتنی بر جهش‌یافته غیر مترادف
● تجزیه و تحلیل جامع: حاشیه نویسی عملکرد ژن کاندید عمیق، از جمله NR، SwissProt، GO، KEGG، COG، KOG و غیره.
● زمان برگشت سریعتر: محلی سازی سریع ژن در 45 روز کاری.
● تجربه گسترده: BMK در بومی سازی هزاران صفت کمک کرده است و گونه های متنوعی مانند محصولات زراعی، محصولات آبزی، جنگل، گل ها، میوه ها و غیره را پوشش می دهد.
مشخصات خدمات
جمعیت:
جداسازی فرزندان والدین با فنوتیپ های متضاد.
به عنوان مثال، فرزندان F2، بک کراسینگ (BC)، خط اینبرد نوترکیب (RIL)
استخر اختلاط
برای صفات کیفی: 30 تا 50 نفر (حداقل 20) / حجم
برای تراتیس کمی: 5٪ تا 10٪ افراد با هر یک از فنوتیپ های شدید در کل جمعیت (حداقل 30+30).
عمق توالی توصیه شده
حداقل 20X/والد و 1X/فردفرد (مثلاً برای استخر اختلاط فرزندان 30+30 نفر، عمق توالی 30 برابر در هر توده خواهد بود)
تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک
● توالی یابی کل ژنوم
● پردازش داده ها
● تماس SNP/Indel
● غربالگری منطقه کاندید
● حاشیه نویسی عملکرد ژن کاندید
نمونه مورد نیاز و تحویل
نمونه مورد نیاز:
نوکلئوتیدها:
| نمونه gDNA | نمونه بافت |
| غلظت: ≥30 نانوگرم در میکرولیتر | گیاهان: 1-2 گرم |
| مقدار: ≥2 میکروگرم (حجم ≥15 میکرولیتر) | حیوانات: 0.5-1 گرم |
| خلوص: OD260/280= 1.6-2.5 | خون کامل: 1.5 میلی لیتر |
جریان کار خدمات
طراحی آزمایش
تحویل نمونه
استخراج RNA
ساخت کتابخانه
ترتیب دهی
تحلیل داده ها
خدمات پس از فروش
1.تحلیل انجمن بر اساس فاصله اقلیدسی (ED) برای شناسایی منطقه نامزد.در شکل زیر
محور X: عدد کروموزوم.هر نقطه نشان دهنده یک مقدار ED یک SNP است.خط سیاه مربوط به مقدار ED نصب شده است.یک مقدار ED بالاتر نشان دهنده ارتباط معنی داری بین سایت و فنوتیپ است.خط خط قرمز نشان دهنده آستانه ارتباط معنی دار است.
2.تحلیل انجمن بر اساس شاخص SNP
محور X: عدد کروموزوم.هر نقطه نشان دهنده مقدار شاخص SNP است.خط سیاه مخفف مقدار شاخص SNP متناسب است.هر چه مقدار بزرگتر باشد، ارتباط مهمتر است.
کیس BMK
منبع صفت کمی با اثر اصلی Fnl7.1 یک پروتئین فراوان در اواخر جنین زایی مرتبط با طول گردن میوه در خیار را رمزگذاری می کند.
منتشر شده: مجله بیوتکنولوژی گیاهی، 2020
استراتژی توالی:
والدین (Jin5-508، YN): توالی یابی مجدد کل ژنوم برای 34× و 20×.
مخزن DNA (50 با گردن بلند و 50 با گردن کوتاه): توالی یابی مجدد برای 61× و 52×
نتایج کلیدی
در این مطالعه، جمعیت تفکیک شده (F2 و F2:3) با عبور از خط خیار گردن بلند Jin5-508 و YN گردن کوتاه ایجاد شد.دو مخزن DNA توسط 50 فرد با گردن بلند و 50 فرد با گردن کوتاه ساخته شد.QTL اثر عمده بر روی Chr07 با تجزیه و تحلیل BSA و نقشه برداری سنتی QTL شناسایی شد.منطقه کاندید با نقشه برداری دقیق، تعیین کمیت بیان ژن و آزمایش های تراریخته، که ژن کلیدی در کنترل طول گردن، CsFnl7.1 را نشان داد، بیشتر محدود شد.علاوه بر این، پلی مورفیسم در ناحیه پروموتر CsFnl7.1 با بیان مربوطه مرتبط است.تجزیه و تحلیل فیلوژنتیک بیشتر نشان داد که منبع Fnl7.1 به احتمال زیاد از هند سرچشمه می گیرد.
 نقشه برداری QTL در تجزیه و تحلیل BSA برای شناسایی منطقه کاندید مرتبط با طول گردن خیار |  نمایه های LOD QTL طول گردن خیار که در Chr07 شناسایی شدند |
Xu، X.، و همکاران.منبع ویژگی کمی با تأثیر اصلی Fnl7.1 یک پروتئین فراوان در اواخر جنین زایی مرتبط با طول گردن میوه در خیار را رمزگذاری می کند.مجله بیوتکنولوژی گیاهی 18.7 (2020).
