توالییابی مجدد کل ژنوم باکتریها و قارچها ابزاری حیاتی برای تکمیل ژنوم باکتریها و قارچهای شناختهشده، و همچنین مقایسه ژنومهای متعدد یا نقشهبرداری از ژنوم ارگانیسمهای جدید است.تعیین توالی کل ژنوم باکتری ها و قارچ ها به منظور تولید ژنوم های مرجع دقیق، انجام شناسایی میکروبی و سایر مطالعات مقایسه ای ژنوم از اهمیت بالایی برخوردار است.