توالی آمپلیکون 16S/18S/ITS-NGS
مزایای خدمات
● شناسایی سریع و بدون جداسازی ترکیب میکروبی در نمونه های محیطی
● وضوح بالا در اجزای کم فراوان در نمونه های محیطی
● آخرین QIIME2 تجزیه و تحلیل جریان با تجزیه و تحلیل های متنوع از نظر پایگاه داده، حاشیه نویسی، OTU/ASV.
● توان عملیاتی بالا، دقت بالاتر
● برای مطالعات مختلف جامعه میکروبی قابل استفاده است
● BMK دارای تجربه گسترده با بیش از 100000 نمونه در سال، پوشش خاک، آب، گاز، لجن، مدفوع، روده، پوست، آبگوشت تخمیر، حشرات، گیاهان و غیره است.
● BMKCloud تفسیر داده‌ها را تسهیل می‌کند که شامل ۴۵ ابزار تحلیل شخصی‌شده است
مشخصات خدمات
| ترتیب دهیسکو | کتابخانه | بازده داده های توصیه شده | زمان چرخش تخمینی |
| پلتفرم Illumina NovaSeq | PE250 | 50K/100K/300K برچسب ها | 30 روز |
تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک
● کنترل کیفیت داده های خام
● OTU Clustering/De-noise (ASV)
● حاشیه نویسی OTU
● تنوع آلفا
● تنوع بتا
● تحلیل بین گروهی
● تحلیل ارتباط در برابر عوامل تجربی
● پیش بینی عملکرد ژن
نمونه مورد نیاز و تحویل
نمونه مورد نیاز:
برایعصاره های DNA:
| نوع نمونه | میزان | تمرکز | خلوص |
| عصاره های DNA | ＞ 30 نانوگرم | ＞ 1 نانوگرم در میکرولیتر | OD260/280= 1.6-2.5 |
برای نمونه های محیطی:
| نوع نمونه | روش نمونه گیری توصیه شده |
| خاک | مقدار نمونه برداری: تقریبا5 گرم؛مواد پژمرده باقیمانده باید از سطح جدا شوند.قطعات بزرگ را آسیاب کرده و از فیلتر 2 میلی متری عبور دهید.نمونه ها را در لوله EP یا سیرو تیوب استریل برای رزرو به مقدار کافی تقسیم کنید. |
| مدفوع | مقدار نمونه برداری: تقریبا5 گرم؛نمونه ها را در لوله EP یا کرایوتوب استریل برای رزرو جمع آوری کنید. |
| محتویات روده | نمونه ها باید تحت شرایط آسپتیک پردازش شوند.شستشوی بافت جمع آوری شده با PBS.PBS را سانتریفیوژ کرده و رسوب دهنده را در لوله های EP جمع آوری کنید. |
| لجن | مقدار نمونه برداری: تقریبا5 گرم؛نمونه لجن را در لوله EP یا کرایوتوب استریل برای رزرو جمع آوری و به مقدار کافی تقسیم کنید. |
| بدنه آبی | برای نمونه با مقدار محدود میکروبی مانند آب لوله کشی، آب چاه و غیره، حداقل 1 لیتر آب جمع آوری کنید و از فیلتر 0.22 میکرومتر عبور دهید تا میکروبی روی غشاء غنی شود.غشا را در لوله استریل نگهداری کنید. |
| پوست | با دقت سطح پوست را با سواب پنبه ای یا تیغه جراحی استریل خراش دهید و آن را در لوله استریل قرار دهید. |
تحویل نمونه توصیه شده
نمونه ها را به مدت 3-4 ساعت در نیتروژن مایع منجمد کرده و در نیتروژن مایع یا 80- درجه تا رزرو طولانی مدت نگهداری کنید.حمل و نقل نمونه با یخ خشک مورد نیاز است.
جریان کار خدمات
تحویل نمونه
ساخت کتابخانه
ترتیب دهی
تحلیل داده ها
خدمات پس از فروش
1. توزیع گونه
2. نقشه گرمایی: خوشه بندی غنای گونه ها
3. منحنی جناح نادر
4. تجزیه و تحلیل NMDS
5. تحلیل Lefse
کیس BMK
افراد چاق با و بدون دیابت نوع 2 ظرفیت و ترکیب عملکردی میکروبی روده متفاوتی دارند.
منتشر شده:میزبان سلولی و میکروب، 2019
استراتژی توالی:
لاغر غیر دیابتی (n=633)؛چاق غیر دیابتی (n=494)؛دیابت نوع 2 چاق (153 نفر)؛
منطقه هدف: 16S rDNA V1-V2
پلتفرم: Illumina Miseq (توالی آمپلیکون مبتنی بر NGS)
زیر مجموعه‌ای از عصاره‌های DNA تحت توالی‌یابی متاژنومی بر روی Illumina Hiseq قرار گرفتند
نتایج کلیدی
پروفایل های میکروبی این بیماری های متابولیک با موفقیت متمایز شد.
با مقایسه ویژگی‌های میکروبی ایجاد شده توسط توالی‌یابی 16S، چاقی با تغییرات در ترکیب میکروبی، ویژگی‌های فردی، به ویژه کاهش قابل توجه در آکرمانزیا، فاکالی‌باکتریوم، اسیل‌باکتر، آلیستیپس و غیره مرتبط است. .
ارجاع
Thingholm، LB، و همکاران."افراد چاق با و بدون دیابت نوع 2 ظرفیت و ترکیب عملکرد میکروبی روده متفاوتی از خود نشان می دهند."میزبان سلولی و میکروب26.2 (2019).
