Loku espezifikoko zatien sekuentziazioa (SLAF-Seq)
Zerbitzuaren xehetasunak
Eskema Teknikoa
Lan-fluxua
Zerbitzu Abantailak
Markagailuen aurkikuntzaren eraginkortasun handia- Errendimendu handiko sekuentziazio teknologiak SLAF-Seq-ek genoma osoaren ehunka mila etiketa aurkitzen laguntzen du.
Genomarekiko menpekotasun txikia- Erreferentzia genoma duten edo ez duten espezieetan aplika daiteke.
Eskema malguaren diseinua- Entzima bakarra, entzima bikoitza, entzima anitzeko digestioa eta hainbat entzima mota, guztiak aukera daitezke ikerketa-helburu edo espezie ezberdinei erantzuteko.Aurre-ebaluazioa in silico erabiltzen da entzimaren diseinu optimoa ziurtatzeko.
Digestio entzimatiko eraginkorra- Baldintzak optimizatzeko aurre-esperimentua egin zen, eta horrek esperimentu formala egonkor eta fidagarri bihurtzen du.Zatiak biltzeko eraginkortasuna % 95 baino gehiago lor daiteke.
SLAF etiketak uniformeki banatuta- SLAF etiketak kromosoma guztietan berdin banatuta daude neurri handienean, batez beste 4 kb bakoitzeko SLAF 1 lortuz.
Errepikapenak eraginkortasunez saihestea- SLAF-Seq datuetan sekuentzia errepikakorra % 5 baino gutxiagora murrizten da, batez ere errepikapen maila handia duten espezieetan, hala nola garia, artoa, etab.
Esperientzia zabala-2000 baino gehiago itxitako SLAF-Seq proiektuak ehunka espezieri buruzkoak, landareak, ugaztunak, hegaztiak, intsektuak, ur-organismoak, etab.
Norberak garatutako lan-fluxu bioinformatikoa- BMKGENEk SLAF-Seq-erako lan-fluxu bioinformatiko integratua garatu zuen azken irteeraren fidagarritasuna eta zehaztasuna bermatzeko.
Zerbitzuaren zehaztapenak
| Plataforma | Konk. (ng/gl) | Guztira (ug) | OD260/280 |
| Illumina NovaSeq | >35 | >1.6(Bolumena> 15μl) | 1,6-2,5 |
Gomendatutako Sekuentziazio Estrategia
Sekuentziazio-sakonera: 10X/Tag
| Genomaren Tamaina | SLAF etiketa gomendatuak |
| < 500 Mb | 100K edo WGS |
| 500 Mb- 1 Gb | 100 K |
| 1 Gb -2 Gb | 200 K |
| Genoma erraldoiak edo konplexuak | 300 - 400K |
| Aplikazioak
| Gomendagarria Biztanleria Eskala
| Sekuentziazio estrategia eta sakontasuna
| |
| Sakonera
| Etiketa-zenbakia
| ||
| GWAS
| Lagin-zenbakia ≥ 200
| 10X
|
Ren arabera genomaren tamaina
|
| Bilakaera genetikoa
| Bakoitzaren norbanakoak azpitaldea ≥ 10; guztira ≥ 30 laginak
| 10X
| |
Laginaren entrega gomendatua
Ontzia: 2 ml zentrifugatzaile-hodia
Lagin gehienetarako, etanolean ez kontserbatzea gomendatzen dugu.
Laginak etiketatzea: laginak argi eta garbi etiketatuta egon behar dira eta bidalitako laginaren informazio-inprimakiaren berdinak.
Bidalketa: izotz lehorra: laginak poltsetan sartu behar dira lehenik eta izotz lehorrean lurperatu.
Zerbitzuaren lan-fluxua
Lagina QC
Esperimentu pilotua
SLAF-esperimentua
Liburutegiaren Prestaketa
Sekuentziazioa
Datuen Analisia
Salmenta osteko Zerbitzuak
1. Maparen emaitzaren estatistikak
2. SLAF markatzaileen garapena
3. Bariazio-anotazioa
| Urtea | Aldizkaria | IF | Izenburua | Aplikazioak |
| 2022 | Naturaren komunikazioak | 17.694 | Zuhaitz peoniaren giga-kromosomaren eta giga-genomaren oinarri genomikoa Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Fitologo berria | 7.433 | Etxeko aztarnek garrantzi agronomikoa duten eskualde genomikoak ainguratzen dituzte soja | SLAF-GWAS |
| 2022 | Ikerketa Aurreratuen Aldizkaria | 12.822 | Genoma osoko Gossypium barbadense-ren introgresio artifizialak G. hirsutum-en kotoi-zuntzaren kalitatea eta etekina aldi berean hobetzeko loci superiorak agerian uzten ditu ezaugarriak | SLAF-Eboluzioaren genetika |
| 2019 | Landare Molekularra | 10.81 | Population Genomic Analysis eta De Novo Assembly-k Weedyren jatorria agerian uzten dute Arroza joko ebolutibo gisa | SLAF-Eboluzioaren genetika |
| 2019 | Naturaren Genetika | 31.616 | Cyprinus carpio karp arruntaren genomaren sekuentzia eta aniztasun genetikoa | SLAF-Linkage mapa |
| 2014 | Naturaren Genetika | 25.455 | Landatutako kakahuetearen genomak lekaleen kariotipoen berri ematen du, poliploideak bilakaera eta laboreen etxekotzea. | SLAF-Linkage mapa |
| 2022 | Landare Bioteknologia Aldizkaria | 9.803 | ST1 identifikatzeak hazien morfologiaren autostop egitean aukeraketa bat erakusten du eta olio-edukia soja etxekotzean | SLAF-Marker garapena |
| 2022 | Zientzia Molekularren Nazioarteko Aldizkaria | 6.208 | Identifikazioa eta DNA markatzaileen garapena Wheat-Leymus mollis 2Ns (2D) Kromosomaren ordezkapen disomikoa | SLAF-Marker garapena |
