Nukleoen isolamendua 10× Genomics ChromiumTM bidez lortzen da, gurutzaketa bikoitzak dituen zortzi kanaleko mikrofluidika-sistema osatzen duena.Sistema honetan, barra-kode eta primer, entzimak eta nukleo bakarreko gel-aleak nanolitro-tamainako olio tanta batean kapsulatzen dira, Gel Bead-in-Emulsion (GEM) sortuz.Behin GEM eratuta, zelulen lisi eta barra-kodeen askapena egiten da GEM bakoitzean.mRNA alderantziz transkribatzen da 10× barra-kodeekin eta UMIrekin cDNA molekuletan, eta horiek sekuentziazio liburutegi estandarraren eraikuntzaren menpe daude.
Zelula / Ehuna | Arrazoia |
Izoztutako ehun freskoa | Ezin dira eskuratu erakunde berriak edo aspaldi gordeak |
Muskulu-zelulak, megakariozitoak, gantzak... | Zelula-diametroa handiegia da tresnara sartzeko |
Gibela… | Hauskorregia hausteko, zelula bakarrak bereizteko gai ez direnak |
Neurona zelula, garuna... | Sensibleagoak, estresatzeko errazagoak, sekuentziazioaren emaitzak aldatuko ditu |
Pankrea, tiroidea... | Entzima endogenoetan aberatsa da, zelula bakarreko esekiduraren ekoizpenean eragiten duena |
Nukleo bakarrekoa | Zelula bakarrekoak |
Zelula-diametro mugagabea | Zelula-diametroa: 10-40 μm |
Materiala ehun izoztua izan daiteke | Materialak ehun freskoa izan behar du |
Izoztutako zelulen estres baxua | Entzimaren tratamenduak zelulen estres erreakzioa eragin dezake |
Ez da globulu gorririk kendu behar | Globulu gorriak kendu behar dira |
Nuklearrak bioinformazioa adierazten du | Zelula osoak bioinformazioa adierazten du |
Liburutegia | Sekuentziazio estrategia | Datuen bolumena | Lagin-baldintzak | Ehuna |
10× Genomika nukleo bakarreko liburutegia | 10x Genomics -Illumina PE150 | 100.000 irakurketa/zelula gutxi gorabehera.100-200 Gb | Telefono-zenbakia: > 2 × 105 Zelula konk.700-1.200 zelula/μL-tan | ≥ 200 mg |
Laginak prestatzeko orientabideei eta zerbitzu-fluxuari buruzko xehetasun gehiago lortzeko, mesedez hitz egin aske aBMKGENE aditua
1.Spot clustering
2.Markatzaile-adierazpen ugari multzokatzea bero-mapa
3.Maker geneen banaketa multzo ezberdinetan
4.Zelulen ibilbidearen azterketa/pseudodenbora