-
Kromatina immunoprezipitazioaren sekuentziazioa (ChIP-seq)
ChIP-Seq-ek histonak aldatzeko, transkripzio-faktoreetarako eta DNAri lotutako beste proteina batzuetarako DNA helburuen genoma osoko profila eskaintzen du.Kromatina immuno-prezipitazioaren (ChIP) selektibitatea konbinatzen du proteina-DNA konplexu espezifikoak berreskuratzeko, hurrengo belaunaldiko sekuentziazioaren (NGS) ahalmenarekin, berreskuratutako DNAren errendimendu handiko sekuentziaziorako.Gainera, proteina-DNA konplexuak zelula bizietatik berreskuratzen direnez, lotura-guneak zelula-mota eta-ehun ezberdinetan edo baldintza ezberdinetan konpara daitezke.Aplikazioak transkripzio-erregulaziotik hasi eta garapen-bideetara gaixotasun-mekanismoetara eta haratago daude.
Plataforma: Illumina NovaSeq Plataforma
-
Sekuentziazio metagenomikoa -NGS
Metagenoma organismo misto baten material genetiko osoaren bildumari deitzen zaio, hala nola ingurumen-metagenoma, giza metagenoma, etab. Mikroorganismo landu daitezkeen eta landu ezin direnen genomak ditu.Sekuentziazio metagenomikoa ingurumen-laginetatik ateratako material genomiko mistoak aztertzeko erabiltzen den tresna molekularra da, eta informazio zehatza ematen du espezieen aniztasuna eta ugaritasuna, populazioaren egitura, erlazio filogenetikoa, gene funtzionalak eta ingurumen-faktoreekin korrelazio-sarea.
Plataforma:Illumina NovaSeq plataforma
-
Sekuentziazio metagenomikoa-Nanoporoa
Metagenomika inguruneko laginetatik ateratako material genomiko mistoak aztertzeko erabiltzen den tresna molekularra da, eta informazio zehatza eskaintzen du espezieen aniztasuna eta ugaritasuna, populazioaren egitura, erlazio filogenetikoa, gene funtzionalak eta ingurumen-faktoreekiko korrelazio-sarea, etab. azterketa metagenomikoetara.Irakurketa luzean duen errendimendu bikainak korrontean beherako analisi metagenomikoa hobetu zuen, batez ere metagenomaren muntaia.Irakurketa-luzeraren abantailak aprobetxatuz, Nanopore-n oinarritutako azterketa metagenomikoak muntaketa jarraituagoa lortzeko gai da eskopeta metagenomikarekin alderatuta.Argitaratu da Nanoporetan oinarritutako metagenomikak mikrobiometatik bakterioen genoma osoak eta itxiak sortu zituela (Moss, EL, et. al.Nature Biotech, 2020)
Plataforma:Nanopore PromethION P48
-
Genoma osoko bisulfitoen sekuentziazioa
Zitosinaren (5-mC) bosgarren posizioan dagoen DNA metilazioa funtsezko eragina du geneen adierazpenean eta jarduera zelularrean.Metilazio-eredu anormalak hainbat baldintza eta gaixotasunekin lotuta egon dira, hala nola minbizia.WGBS urrezko estandarra bihurtu da genoma osoko metilazioa oinarri bakarreko bereizmenean aztertzeko.
Plataforma: Illumina NovaSeq Plataforma
-
Transposasaren bidez irisgarria den kromatinaren saiakuntza, errendimendu handiko sekuentziazioarekin (ATAC-seq)
ATAC-seq genoma osoko kromatinaren irisgarritasuna aztertzeko errendimendu handiko sekuentziazio metodo bat da, eta hori garrantzitsua da geneen adierazpenaren kontrol epigenetiko globalerako.Sekuentziazio-egokitzaileak kromatina-eskualde irekietan sartzen dira Tn5 transposasa hiperaktiboaren bidez.PCR anplifikazioaren ondoren, sekuentziazio liburutegi bat eraikitzen da.Kromatina-eskualde ireki guztiak espazio-denbora-baldintza zehatz batean lor daitezke, transkripzio-faktore baten lotura guneetara mugatuta ez ezik, edo histona eraldatutako eskualde jakin batera.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
16S eta 18S rRNAren azpiunitatea oso kontserbatuak eta hiperaldagarriak diren eskualdeak dituena hatz-marka molekular ezin hobea da organismo prokariotoak eta eukariotoak identifikatzeko.Sekuentziazioa aprobetxatuz, anplikoi hauek kontserbatutako zatietan oinarrituta bideratu daitezke eta eskualde hiperaldagaiak guztiz karakterizatu daitezke mikrobioen identifikaziorako, mikrobioen dibertsitatearen azterketa, taxonomia, filogenia, etab. ) PacBio plataformaren sekuentziazioak irakurketa luzeak oso zehatzak lortzeko aukera ematen du, luzera osoko anplikoiak (1,5 Kb inguru) estal ditzaketenak.Eremu genetikoaren ikuspegi zabalak bakterioen edo onddoen komunitateko espezieen oharpenen bereizmena asko hobetu zuen.
Plataforma:PacBio Sequel II
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
16S/18S/ITS anplikoien sekuentziazioak mikrobio-komunitate batean filogenia, taxonomia eta espezieen ugaritasuna agerian uztea du helburu, zati oso konversatuak eta hiperaldagaiak dituzten etxeko markatzaile genetikoen PCR produktuak ikertuz.Woeses et al-ek (1977) hatz-marka molekular perfektu hauek sartzeak isolamendurik gabeko mikrobiomaren profila ahalbidetzen du.16S (bakterioak), 18S (onddoak) eta Barne transkribatutako espazioa (ITS, onddoak) sekuentziatzeak espezie ugariak zein espezie arraroak eta identifikatu gabekoak identifikatzeko aukera ematen du.Teknologia hau oso erabilia eta tresna nagusi bihurtu da mikrobioen konposizio diferentziala identifikatzeko hainbat ingurunetan, hala nola gizakiaren ahoan, hesteak, gorotzak, etab.
Plataforma:Illumina NovaSeq plataforma
-
Bakterioen eta Onddoen Genoma Osoaren Sekuentziazioa
Bakterio eta onddoen genoma osoa birsekuentziatzea tresna kritikoa da bakterio eta onddo ezagunen genomak osatzeko, baita genoma anitz konparatzeko edo organismo berrien genomak mapatzeko ere.Garrantzi handia du bakterioen eta onddoen genoma osoak sekuentziatzea erreferentziazko genoma zehatzak sortzeko, mikrobioen identifikazioa eta beste genoma azterketa konparatiboak egiteko.
Plataforma: Illumina NovaSeq Plataforma
-
PacBio-luzera osoko 16S/18S/ITS anplikoien sekuentziazioa
Amplicon (16S/18S/ITS) plataforma mikrobioen aniztasunaren proiektuaren analisian urteetako esperientziarekin garatzen da, oinarrizko analisi estandarizatua eta analisi pertsonalizatua dituena: oinarrizko analisiak egungo mikrobioen ikerketaren analisi nagusiaren edukia hartzen du, analisiaren edukia aberatsa eta integrala da, eta analisien emaitzak proiektuen txosten moduan aurkezten dira;Analisi pertsonalizatuaren edukia anitza da.Laginak hauta daitezke eta parametroak malgutasunez ezarri daitezke oinarrizko analisi-txostenaren eta ikerketa-helburuaren arabera, eskakizun pertsonalizatuak betetzeko.Windows sistema eragilea, sinplea eta azkarra.
-
PacBio-luzera osoko transkriptomoa (erreferentziarik gabea)
Pacific Biosciences (PacBio) Isoform sekuentziazio datuak sarrera gisa hartuta, aplikazio honek luzera osoko transkripzio sekuentziak identifikatzeko gai da (muntaketarik gabe).Luzera osoko sekuentziak erreferentziazko genomaren mapa eginez, transkripzioak gene, transkripzio, eskualde kodetzaile eta abar ezagunen bidez optimizatu daitezke. Kasu honetan, mRNA egituren identifikazio zehatzagoa lor daiteke, hala nola splicing alternatiboa, etab.NGS transkriptomaren sekuentziazio-datuekin batera egindako analisiak oharpen zabalagoa eta kuantifikazio zehatzagoa ahalbidetzen du transkripzio mailan, eta horrek neurri handi batean beheranzko adierazpen diferentziala eta analisi funtzionalak mesede egiten ditu.
-
Errepresentazio murriztuko bisulfitoen sekuentziazioa (RRBS)
DNAren metilazioari buruzko ikerketa beti izan da gai nagusietako bat gaixotasunen ikerketan, eta estu lotuta dago geneen adierazpenarekin eta ezaugarri fenotipikoekin.RRBS DNA metilazioa ikertzeko metodo zehatza, eraginkorra eta ekonomikoa da.Sustatzaileen eta CpG uharte-eskualdeen aberastea mozketa entzimatikoaren bidez (Msp I), Bisulfitoaren sekuentziazioarekin konbinatuta, bereizmen handiko DNAren metilazioa detektatzeko aukera ematen du.
Plataforma: Illumina NovaSeq Plataforma
-
mRNA prokariotoen sekuentziazioa
mRNA sekuentziatzeak zelulen barruan mRNA transkripzio guztien profil osoa ahalbidetzen du baldintza zehatzetan.Punta-puntako teknologia honek tresna indartsu gisa balio du, hainbat prozesu biologikorekin lotutako gene-adierazpen-profil korapilatsuak, gene-egiturak eta mekanismo molekularrak ezagutaraziz.Oinarrizko ikerketan, diagnostiko klinikoan eta sendagaien garapenean oso onartua, mRNA-ren sekuentziazioak dinamika zelularren eta erregulazio genetikoaren konplexutasunari buruzko ikuspegia eskaintzen du.Gure mRNA prokariotikoen laginen prozesatzea transkriptoma prokariotikoetarako egokituta dago, rRNA agortzea eta norabide-liburutegiaren prestaketa barne.
Plataforma: Illumina NovaSeq X
