-
Nukleo bakarreko RNAren sekuentziazioa
Zelula bakarreko harrapaketa eta banakako liburutegiak eraikitzeko teknikaren aurrerapenak errendimendu handiko sekuentziazioarekin konbinatuz, gene-adierazpenaren azterketak ahalbidetzen ditu zelulaz zelula.Zelula-populazio konplexuen sistema-analisi sakonagoa eta osoa ahalbidetzen du, eta, neurri handi batean, haien heterogeneotasuna ezkutatzea saihesten du zelula guztien batez bestekoa hartuz.
Hala ere, zelula batzuk ez dira egokiak zelula bakarreko esekidura bihurtzeko, beraz, laginak prestatzeko beste metodo batzuk behar dira: ehunetatik nukleoa ateratzea, hau da, nukleoa ehunetatik edo zelulatik zuzenean ateratzen da eta nukleo bakarreko esekiduran prestatzen da. zelulen sekuentziazioa.
BMK-k 10× Genomics ChromiumTM oinarritutako RNA zelula bakarreko sekuentziazio zerbitzua eskaintzen du.Zerbitzu hau oso erabilia izan da gaixotasunekin lotutako azterketetan, hala nola, zelula immunologikoen bereizketa, tumoreen heterogeneotasuna, ehunen garapena, etab.
Transkriptoma espazialaren txipa: 10× Genomika
Plataforma: Illumina NovaSeq Plataforma
-
Landare/Animalaren Genoma Osoaren Sekuentziazioa
Genoma osoa birsekuentziatzeak, WGS izenez ere ezagutzen dena, genoma osoan mutazio arruntak zein arraroak agertzea ahalbidetzen du nukleotido bakarreko polimorfismoa (SNP), txertatze ezabaketa (InDel), egitura aldakuntza (SV) eta kopia kopurua aldakuntza (CNV) barne. ).SVek aldakuntza-oinarriaren zati handiagoa osatzen dute SNPek baino eta eragin handiagoa dute genoman, eta horrek eragin handia du izaki bizidunetan.Irakurketa luzeko birsekuentziazioak zati handien eta aldakuntza konplikatuen identifikazio zehatzagoa ahalbidetzen du, irakurketa luzeek askoz errazten baitute kromosomikoen gurutzaketa eskualde konplikatuetan zehar, hala nola tandem errepikapenak, GC/AT-abereak diren eskualdeak eta eskualde hiperaldagarriak.
Plataforma: Illumina, PacBio, Nanopore
-
BMKMANU S1000 transkriptome espaziala
Transkriptomika espaziala berrikuntza zientifikoaren abangoardian dago, eta ikertzaileei ahalmena ematen die ehunen barruko gene-espresio-eredu korapilatsuetan sakontzeko, beren testuinguru espaziala mantenduz.Hainbat plataformaren artean, BMKGene-k BMKManu S1000 Spatial Transcriptome Chip-a garatu du,bereizmen hobetua5µM-koa, barruti azpizelularra iritsiz eta ahalbidetuzmaila anitzeko bereizmen ezarpenak.S1000 txipak, gutxi gorabehera 2 milioi puntu dituena, espazioko barra kodedun harrapatzeko zundekin kargatutako aleekin geruzatutako mikroputzuak erabiltzen ditu.Barra-kode espazialez aberastutako cDNA liburutegi bat S1000 txiptik prestatzen da eta, ondoren, Illumina NovaSeq plataforman sekuentziatzen da.Espazioko barra-kodeen laginen eta UMIen konbinazioak sortutako datuen zehaztasuna eta zehaztasuna bermatzen du.BMKManu S1000 txiparen ezaugarri berezia bere aldakortasunean datza, maila anitzeko bereizmen ezarpenak eskaintzen ditu, ehun eta xehetasun-maila desberdinetara fin-fin sintonizatu daitezkeenak.Egokigarritasun honek txipa aukera bikain gisa kokatzen du transkriptomika espazialeko hainbat azterketetarako, eta espazio-multzo zehatza zarata minimoarekin bermatzen du.
BMKManu S1000 txipa eta beste transkriptomika espazialeko teknologia batzuk erabiliz, ikertzaileek zelulen antolakuntza espaziala eta ehunen barruan gertatzen diren interakzio molekular konplexuak hobeto ezagutu ditzakete, hainbat arlotan prozesu biologikoen azpian dauden mekanismoei buruzko informazio eskerga eskainiz, besteak beste. onkologia, neurozientzia, garapenaren biologia, immunologia eta botanika ikasketak.
Plataforma: BMKManu S1000 txipa eta Illumina NovaSeq
-
10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Transkriptomika espaziala punta-puntako teknologia da, ikertzaileek ehunen barruko gene-adierazpen-ereduak ikertzeko aukera ematen dien espazio-testuingurua mantenduz.Domeinu honetako plataforma indartsu bat 10x Genomics Visium da Illumina sekuentziazioarekin batera.10X Visium-en printzipioa txip espezializatu batean dago, ehun-atalak jartzen diren harrapatzeko eremu bat duen.Harrapaketa-eremu honek barra-kodeko puntuak ditu, bakoitza ehunaren barruko kokapen espazial bakarrari dagozkionak.Ondoren, ehunetik harrapatutako RNA molekulak identifikatzaile molekular esklusiboekin (UMI) etiketatzen dira alderantzizko transkripzio prozesuan.Barra kodetutako leku eta UMI hauek geneen adierazpenaren mapa espazial zehatza eta kuantifikazioa ahalbidetzen dute zelula bakarreko bereizmenean.Espazioko barra-kodeen laginen eta UMIen konbinazioak sortutako datuen zehaztasuna eta zehaztasuna bermatzen du.Espazio-Transcriptomics teknologia hau erabiliz, ikertzaileek zelulen antolakuntza espaziala eta ehunen barnean gertatzen diren interakzio molekular konplexuen ulermen sakonago bat lor dezakete, prozesu biologikoen azpian dauden mekanismoei buruzko informazio eskerga eskainiz hainbat arlotan, onkologia, neurozientzia, garapenaren biologia eta immunologia barne. , eta ikasketa botanikoak.
Plataforma: 10X Genomics Visium eta Illumina NovaSeq
-
Luzera osoko mRNA sekuentziazioa-Nanoporoa
NGS-n oinarritutako mRNA sekuentziatzeak gene-adierazpena kuantifikatzeko tresna polifazetiko gisa balio duen arren, irakurketa laburretan duen konfiantzak bere eraginkortasuna mugatzen du analisi transkriptomiko konplexuetan.Nanoporoen sekuentziazioak, berriz, irakurketa luzeko teknologia erabiltzen du, luzera osoko mRNA transkripzioak sekuentziatzea ahalbidetzen duena.Ikuspegi honek splicing alternatiboen, geneen fusioen, poliadenilazioaren eta mRNA isoformen kuantifikazioaren esplorazio integrala errazten du.
Nanoporoen sekuentziazioa nanoporo molekula bakarreko denbora errealeko seinale elektrikoetan oinarritzen da.Proteina motorrek gidatuta, hari bikoitzeko DNA biofilm batean txertatutako nanoporo proteinekin lotzen da, tentsio-diferentzia baten pean nanoporoen kanaletik igarotzean desegiten da.DNA katearen gainean base ezberdinek sortzen dituzten seinale elektriko bereizgarriak denbora errealean detektatu eta sailkatzen dira, nukleotidoen sekuentziazio zehatza eta jarraitua erraztuz.Ikuspegi berritzaile honek irakurketa laburreko mugak gainditzen ditu eta analisi genomiko korapilatsuetarako plataforma dinamiko bat eskaintzen du, azterketa transkriptomiko konplexuak barne hartzen ditu.
Plataforma: Nanopore Promethion P48
-
Luzera osoko mRNA sekuentziazioa -PacBio
NGSn oinarritutako mRNA-ren sekuentziazioa gene-adierazpena kuantifikatzeko tresna polifazetikoa den arren, irakurketa laburretan duen konfiantzak analisi transkriptomiko konplexuetan erabiltzea mugatzen du.PacBioren sekuentziazioak (Iso-Seq), berriz, irakurketa luzeko teknologia erabiltzen du, luzera osoko mRNA transkripzioak sekuentziatzea ahalbidetzen duena.Ikuspegi honek splicing alternatiboen, geneen fusioen eta poliadenilazioaren esplorazio integrala errazten du, nahiz eta gene-adierazpena kuantifikatzeko aukera nagusia ez den, behar den datu kopuru handia dela eta.
PacBio sekuentziazio-teknologia molekula bakarreko, denbora errealean (SMRT) sekuentziazioan oinarritzen da, luzera osoko mRNA transkripzioak harrapatzeko abantaila nabarmena eskaintzen duena.Ikuspegi berritzaile honek zero-moduko uhin-gidak (ZMWs) erabiltzea dakar, sekuentziazioan DNA polimerasaren jarduera denbora errealean behatzea ahalbidetzen duten putzu mikrofabrikatuak.ZMW horien barruan, PacBio-ren DNA polimerasak DNAren kate osagarri bat sintetizatzen du, eta mRNA-ren transkripzio osoak hartzen dituen irakurketa luzeak sortzen ditu.PacBio-ren funtzionamendua Circular Consensus sequencing (CCS) moduan zehaztasuna hobetzen du molekula bera behin eta berriz sekuentziatuz.Sortutako HiFi irakurketek NGSren pareko zehaztasuna dute, eta, gainera, ezaugarri transkriptomiko konplexuen azterketa integral eta fidagarrian laguntzen dute.Plataforma: PacBio Sequel II
-
ARNm eukariotoen sekuentziazioa-Illumina
mRNA sekuentziatzeak zelulen barruan mRNA transkripzio guztien profil osoa ahalbidetzen du baldintza zehatzetan.Punta-puntako teknologia honek tresna indartsu gisa balio du, hainbat prozesu biologikorekin lotutako gene-adierazpen-profil korapilatsuak, gene-egiturak eta mekanismo molekularrak ezagutaraziz.Oinarrizko ikerketan, diagnostiko klinikoan eta sendagaien garapenean oso onartua, mRNA-ren sekuentziazioak dinamika zelularren eta erregulazio genetikoaren konplexutasunari buruzko ikuspegia eskaintzen du.
Plataforma: Illumina NovaSeq X
-
Ez-erreferentzian oinarritutako mRNA sekuentziazioa-Illumina
mRNA sekuentziatzeak zelulen barruan mRNA transkripzio guztien profil osoa ahalbidetzen du baldintza zehatzetan.Punta-puntako teknologia honek tresna indartsu gisa balio du, hainbat prozesu biologikorekin lotutako gene-adierazpen-profil korapilatsuak, gene-egiturak eta mekanismo molekularrak ezagutaraziz.Oinarrizko ikerketan, diagnostiko klinikoan eta sendagaien garapenean oso onartua, mRNA-ren sekuentziazioak dinamika zelularren eta erregulazio genetikoaren konplexutasunari buruzko ikuspegia eskaintzen du.
Plataforma: Illumina NovaSeq X
-
Koderik gabeko sekuentziazio luzea-Illumina
Kodetzen ez den RNA luzeak (lncRNA) 200 nukleotido baino luzeagoak diren RNAak dira, kodetze potentzial minimoa dutenak eta RNA ez-kodetzailearen barnean funtsezko elementuak direnak.Nukleoan eta zitoplasman aurkituak, RNA hauek funtsezko eginkizunak betetzen dituzte erregulazio epigenetikoan, transkripzioan eta transkripzio osteko erregulazioan, prozesu zelularrak eta molekularrak moldatzeko duten garrantzia azpimarratuz.LncRNA sekuentziazioa tresna indartsua da zelulen bereizkuntzan, ontogenesian eta giza gaixotasunetan.
Plataforma: Illumina NovaSeq
-
RNA txikiaren sekuentziazioa-Illumina
RNA txikiak (sRNA) molekulak, normalean 200 nukleotido baino gutxiagoko luzera dutenak, mikroRNAak (miRNAs), interferentziazko RNA txikiak (siRNAs) eta piwi-interakzionatzen dituzten RNAak (piRNAak) barne hartzen dituzte.Horien artean, miRNAk, 20-24 nukleotido inguruko luzera dutenak, bereziki nabarmentzen dira hainbat prozesu zelularretan duten funtsezko erregulazio-eginkizunengatik.Ehunen eta etapa espezifikoen adierazpen-ereduekin, miRNAek kontserbazio handia erakusten dute espezie ezberdinetan.
Plataforma: Illumina NovaSeq
-
circRNA sekuentziazioa-Illumina
RNA zirkularren sekuentziazioa (circRNA-seq) RNA zirkularren profila eta analisia egitea da, RNA molekulen klase bat, splicing gertakari ez-kanonikoak direla-eta begizta itxiak osatzen dituztenak, RNA horiei egonkortasun handiagoa emanez.ZirRNA batzuek mikroRNA belaki gisa jokatzen dutela frogatu den arren, mikroRNAak bahituz eta haien xede-mRNA-ak erregulatzea eragotziz, beste zirRNA batzuek proteinekin elkarreragina dezakete, geneen adierazpena modulatu edo prozesu zelularretan eginkizunak izan ditzakete.circRNA adierazpenaren analisiak molekula horien erregulazio-eginkizunak eta hainbat prozesu zelularretan, garapen-fasetan eta gaixotasun-baldintzetan duten garrantziari buruzko argibideak eskaintzen ditu, geneen adierazpenaren testuinguruan RNA erregulazioaren konplexutasuna hobeto ulertzen laguntzen du.
-
Transkriptoma osoaren sekuentziazioa - Illumina
Transkriptoma osoko sekuentziazioak RNA molekula anitzak profilatzeko ikuspegi integrala eskaintzen du, RNA kodetzaileak (mRNA) eta kode ez-kodetzaileak (lncRNA, circRNA eta miRNA) barne hartzen dituena.Teknika honek zelula espezifikoen transkriptoma osoa harrapatzen du une jakin batean, prozesu zelularraren ulermen oso bat ahalbidetuz."RNAren sekuentziazio osoa" izenez ere ezagutzen dena, transkriptoma mailan erregulazio-sare korapilatsuak ezagutaraztea du helburu, RNA endogeno lehiakorra (ceRNA) eta RNA bateratuaren analisia bezalako analisi sakonak ahalbidetuz.Honek karakterizazio funtzionalaren hasierako urratsa markatzen du, batez ere circRNA-miRNA-mRNA-n oinarritutako ceRNA elkarrekintzak dituzten sare erregulatzaileak argitzeko.
