-
Sekuentziazio metagenomikoa -NGS
Metagenoma organismo misto baten material genetiko osoaren bildumari deitzen zaio, hala nola ingurumen-metagenoma, giza metagenoma, etab. Mikroorganismo landu daitezkeen eta landu ezin direnen genomak ditu.Sekuentziazio metagenomikoa ingurumen-laginetatik ateratako material genomiko mistoak aztertzeko erabiltzen den tresna molekularra da, eta informazio zehatza ematen du espezieen aniztasuna eta ugaritasuna, populazioaren egitura, erlazio filogenetikoa, gene funtzionalak eta ingurumen-faktoreekin korrelazio-sarea.
Plataforma:Illumina NovaSeq plataforma
-
Sekuentziazio metagenomikoa-Nanoporoa
Metagenomika inguruneko laginetatik ateratako material genomiko mistoak aztertzeko erabiltzen den tresna molekularra da, eta informazio zehatza eskaintzen du espezieen aniztasuna eta ugaritasuna, populazioaren egitura, erlazio filogenetikoa, gene funtzionalak eta ingurumen-faktoreekiko korrelazio-sarea, etab. azterketa metagenomikoetara.Irakurketa luzean duen errendimendu bikainak korrontean beherako analisi metagenomikoa hobetu zuen, batez ere metagenomaren muntaia.Irakurketa-luzeraren abantailak aprobetxatuz, Nanopore-n oinarritutako azterketa metagenomikoak muntaketa jarraituagoa lortzeko gai da eskopeta metagenomikarekin alderatuta.Argitaratu da Nanoporetan oinarritutako metagenomikak mikrobiometatik bakterioen genoma osoak eta itxiak sortu zituela (Moss, EL, et. al.Nature Biotech, 2020)
Plataforma:Nanopore PromethION P48
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
16S eta 18S rRNAren azpiunitatea oso kontserbatuak eta hiperaldagarriak diren eskualdeak dituena hatz-marka molekular ezin hobea da organismo prokariotoak eta eukariotoak identifikatzeko.Sekuentziazioa aprobetxatuz, anplikoi hauek kontserbatutako zatietan oinarrituta bideratu daitezke eta eskualde hiperaldagaiak guztiz karakterizatu daitezke mikrobioen identifikaziorako, mikrobioen dibertsitatearen azterketa, taxonomia, filogenia, etab. ) PacBio plataformaren sekuentziazioak irakurketa luzeak oso zehatzak lortzeko aukera ematen du, luzera osoko anplikoiak (1,5 Kb inguru) estal ditzaketenak.Eremu genetikoaren ikuspegi zabalak bakterioen edo onddoen komunitateko espezieen oharpenen bereizmena asko hobetu zuen.
Plataforma:PacBio Sequel II
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
16S/18S/ITS anplikoien sekuentziazioak mikrobio-komunitate batean filogenia, taxonomia eta espezieen ugaritasuna agerian uztea du helburu, zati oso konversatuak eta hiperaldagaiak dituzten etxeko markatzaile genetikoen PCR produktuak ikertuz.Woeses et al-ek (1977) hatz-marka molekular perfektu hauek sartzeak isolamendurik gabeko mikrobiomaren profila ahalbidetzen du.16S (bakterioak), 18S (onddoak) eta Barne transkribatutako espazioa (ITS, onddoak) sekuentziatzeak espezie ugariak zein espezie arraroak eta identifikatu gabekoak identifikatzeko aukera ematen du.Teknologia hau oso erabilia eta tresna nagusi bihurtu da mikrobioen konposizio diferentziala identifikatzeko hainbat ingurunetan, hala nola gizakiaren ahoan, hesteak, gorotzak, etab.
Plataforma:Illumina NovaSeq plataforma
-
Bakterioen eta Onddoen Genoma Osoaren Sekuentziazioa
Bakterio eta onddoen genoma osoa birsekuentziatzea tresna kritikoa da bakterio eta onddo ezagunen genomak osatzeko, baita genoma anitz konparatzeko edo organismo berrien genomak mapatzeko ere.Garrantzi handia du bakterioen eta onddoen genoma osoak sekuentziatzea erreferentziazko genoma zehatzak sortzeko, mikrobioen identifikazioa eta beste genoma azterketa konparatiboak egiteko.
Plataforma: Illumina NovaSeq Plataforma
-
Metatranskripziomen sekuentziazioa
Metatranskripzio-sekuentziazioak mikrobioen gene-adierazpena identifikatzen du (bai eukariotoak bai prokariotoak) ingurune naturalen barruan (hau da, lurzorua, ura, itsasoa, gorotzak eta tripa). Zehazki, zerbitzu honek mikrobio-komunitate konplexuen gene-espresioaren profil osoa lortzeko aukera ematen du, analisi taxonomikoa. espezieen, modu ezberdinean adierazitako geneen aberaste funtzionalaren analisia, etab.
Plataforma: Illumina NovaSeq Plataforma
-
Onddoen Genoma
Biomarker Technologies-ek onddoen genoma inkesta, genoma fina eta pene-genoma osoa eskaintzen dituzte ikerketa-helburu zehatzaren arabera.Genomaren sekuentziazioa, muntaketa eta oharpen funtzionala lor daitezke Hurrengo belaunaldiko sekuentziazioa + Hirugarren belaunaldiko sekuentziazioa konbinatuz maila altuko genomaren muntaketa lortzeko.Hi-C teknologia ere erabil daiteke kromosoma mailan genomaren muntaketa errazteko.
Plataforma:PacBio Sequel II
Nanopore PromethION P48
Illumina NovaSeq plataforma
-
Bakterioen Genoma osoa
Biomarker Technologies-ek zero hutsunea duten bakterioen genoma osoa eraikitzeko sekuentziazio zerbitzua eskaintzen du.Bakterioen genoma osoa eraikitzeko lan-fluxu nagusiak hirugarren belaunaldiko sekuentziazioa, muntaia, oharpen funtzionala eta analisi bioinformatiko aurreratuak barne hartzen ditu ikerketa-helburu zehatzak betetzen dituena.Bakterioen genomaren profil zabalago batek beren prozesu biologikoen azpian dauden oinarrizko mekanismoak ezagutzera ahalbidetzen du, eta horrek erreferentzia baliotsua ere eman dezake goi-espezie eukariotoetan ikerketa genomikoetarako.
Plataforma:Nanopore PromethION P48 + Illumina NovaSeq Plataforma
PacBio Sequel II
