-
Kromatina immunoprezipitazioaren sekuentziazioa (ChIP-seq)
ChIP-Seq-ek histonak aldatzeko, transkripzio-faktoreetarako eta DNAri lotutako beste proteina batzuetarako DNA helburuen genoma osoko profila eskaintzen du.Kromatina immuno-prezipitazioaren (ChIP) selektibitatea konbinatzen du proteina-DNA konplexu espezifikoak berreskuratzeko, hurrengo belaunaldiko sekuentziazioaren (NGS) ahalmenarekin, berreskuratutako DNAren errendimendu handiko sekuentziaziorako.Gainera, proteina-DNA konplexuak zelula bizietatik berreskuratzen direnez, lotura-guneak zelula-mota eta-ehun ezberdinetan edo baldintza ezberdinetan konpara daitezke.Aplikazioak transkripzio-erregulaziotik hasi eta garapen-bideetara gaixotasun-mekanismoetara eta haratago daude.
Plataforma: Illumina NovaSeq Plataforma
-
Genoma osoko bisulfitoen sekuentziazioa
Zitosinaren (5-mC) bosgarren posizioan dagoen DNA metilazioa funtsezko eragina du geneen adierazpenean eta jarduera zelularrean.Metilazio-eredu anormalak hainbat baldintza eta gaixotasunekin lotuta egon dira, hala nola minbizia.WGBS urrezko estandarra bihurtu da genoma osoko metilazioa oinarri bakarreko bereizmenean aztertzeko.
Plataforma: Illumina NovaSeq Plataforma
-
Transposasaren bidez irisgarria den kromatinaren saiakuntza, errendimendu handiko sekuentziazioarekin (ATAC-seq)
ATAC-seq genoma osoko kromatinaren irisgarritasuna aztertzeko errendimendu handiko sekuentziazio metodo bat da, eta hori garrantzitsua da geneen adierazpenaren kontrol epigenetiko globalerako.Sekuentziazio-egokitzaileak kromatina-eskualde irekietan sartzen dira Tn5 transposasa hiperaktiboaren bidez.PCR anplifikazioaren ondoren, sekuentziazio liburutegi bat eraikitzen da.Kromatina-eskualde ireki guztiak espazio-denbora-baldintza zehatz batean lor daitezke, transkripzio-faktore baten lotura guneetara mugatuta ez ezik, edo histona eraldatutako eskualde jakin batera.
-
Errepresentazio murriztuko bisulfitoen sekuentziazioa (RRBS)
DNAren metilazioari buruzko ikerketa beti izan da gai nagusietako bat gaixotasunen ikerketan, eta estu lotuta dago geneen adierazpenarekin eta ezaugarri fenotipikoekin.RRBS DNA metilazioa ikertzeko metodo zehatza, eraginkorra eta ekonomikoa da.Sustatzaileen eta CpG uharte-eskualdeen aberastea mozketa entzimatikoaren bidez (Msp I), Bisulfitoaren sekuentziazioarekin konbinatuta, bereizmen handiko DNAren metilazioa detektatzeko aukera ematen du.
Plataforma: Illumina NovaSeq Plataforma
