Landare/Animalaren Genoma Osoaren Sekuentziazioa
1.Zerbitzuaren abantailak
Esperientzia zabala genomaren sekuentziazioan 1000 espezie baino gehiagorentzat.
800 kasu baino gehiago argitaratu dira 4000 baino gehiagoko eragin-faktore metatua dutenak.
Bariazio-deiari eta funtzioen analisiari buruzko bioinformatika-analisi integrala.
2. Zerbitzuaren zehaztapenak
| Plataforma | Liburutegia | Gomendatutako sekuentziaren sakonera | |
| Argia | PE 150 | SNPrako, InDel deiak ≥ 10x SV-rako, CNY deiak ≥ 30x
| |
| Nanoporoa
| 8 kb | SV-rako, CNY deiak ≥ 20x | |
| Pacbio | CCS | 15 kb | SNP, InDel, SV, CNY ≥ 10x deietarako |
3. Lagin-baldintzak
| Plataforma | Konk.(ng/μL)
| Zenbatekoa (ng)
| Garbitasuna
| Agarosa gel
| ||
| OD260/280 | OD260/230 | 1. Garbitu banda nagusia gabe edo mugatu gabegelan ikusitako degradazioa. 2. RNA edo proteina kutsadurarik ez edo mugatua
| ||||
| Argia | ≥1 | ≥30
| - | - | ||
| Nanoporoa
| ≥30 | Datuen etekinaren araberakoa da 10μg/zelula | 1.7-2.2 | ≥1,5 | ||
| Pacbio | CCS | ≥50 | 1.7-2.2 | 1,8-2,5 | ||
4. Bioinformazioaren analisia
5. Zerbitzu-lan-fluxua
Laginaren entrega
DNA erauztea
Liburutegiaren eraikuntza
Sekuentziazioa
Datuen azterketa
Datuak ematea
1) Genomaren Maparen Estatistika
1. taula Maparen emaitzaren estatistikak
1. irudia Txertaketaren tamainaren eta irakurketen estalduraren banaketa.
2) Detekzio aldakorra
2. Irudia SNP/INDEL/SV-ren estatistikak eta oharrak Laginen artean
3. irudia Genoma osoan iragarkien banaketa
3) Aldaketen oharpen funtzionala
| 2019 | Naturaren komunikazioak | Genoma osoaren birsekuentziazioak Brassica napus jatorria eta bere hobekuntzan parte hartzen duten loci genetikoak agerian uzten ditu |
| 2020 | PNAS | Urre-arrainaren (Carassius auratus) jatorri ebolutiboa eta etxekotzearen historia |
| 2021 | Landare Bioteknologia Aldizkaria | Landutako bi jute espezieen erreferentziazko genomak |
| 2021 | Landare Bioteknologia Aldizkaria | Brassicajuncea landare eta olio-hazi alopoliploideen sinadura genomikoak eta glukosinolatoen metaketa kontrolatzen duten loci genetikoak |
| 2019 | Landare Molekularra | Koltza-hazien bilduma baten mundu osoko genoma birsekuentziatzeak euren ekotipoen dibergentziaren oinarri genetikoak agerian uzten ditu |
| 2022 | Baratzezaintza Ikerketa | Genoma osoko asoziazio-analisiak sandia-haziaren tamainaren aldakuntza naturalari buruzko ikuspegi molekularra eskaintzen du |
| 2021 | Botanika Esperimentalaren Aldizkaria | Genoma osoko elkartearen ikerketak GhSAD1-en aldaerak identifikatzen ditu kotoiari hotzari tolerantzia ematen diotenak. |
| 2021 | Botanika Esperimentalaren Aldizkaria | Genoma osoko asoziazio-azterketak eta transkriptomaren konparaketak koltza petaloen tamaina kontrolatzen duten QTL eta gene hautagai berriak agerian uzten dituzte |
