Landare/Animal De Novo Genomaren Sekuentziazioa
Zerbitzu Abantailak
Sekuentziazio-plataformen eta bioinformatikaren garapenade novogenomaren muntaia
(Amarasinghe SL et al.,Genoma Biologia, 2020)
● Interesgarri diren espezieentzako genoma berriak eraikitzea eta dauden erreferentziazko genomak hobetzea.
● Muntaian zehaztasun, jarraitutasun eta osotasun handiagoa
● Sekuentziaren polimorfismoa, QTLak, geneen edizioa, hazkuntza, etab. ikerketarako oinarrizko baliabideak eraikitzea.
● Hirugarren belaunaldiko sekuentziazio-plataformen espektro osoz hornitua: genoma muntatzeko soluzio bakarra.
● Sekuentziazio- eta muntaketa-estrategia malguak ezaugarri desberdinak dituzten genoma anitzak betez
● Gaitasun handiko bioinformatika-taldea esperientzia handia duena genoma-muntai konplexuetan, poliploideetan, genoma erraldoietan, etab.
● 100 kasu arrakastatsu baino gehiago argitaratutako eragin-faktore metatua 900etik gorakoa
● Kromosoma-mailako genomaren muntaketa egiteko 3 hilabete bezain azkar buelta emateko denbora.
● Euskarri tekniko sendoa, bai alde esperimentalean bai bioinformatikan, patente eta software egile-eskubide batzuekin.
Zerbitzuaren zehaztapenak
|
Edukia
|
Plataforma
|
Irakurri Luzera
|
Estaldura
|
| Genomaren Inkesta
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥ 50X
|
| Genomaren Sekuentziazioa
| PacBio Revio
| 15 kb HiFi irakurketak
| ≥ 30X
|
| Kaixo-C
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥100X
|
Lan-fluxua
Lagin-baldintzak eta entrega
Lagin-baldintzak:
| Espezieak | Ehuna | PacBiorentzat | Nanoporerako |
| Animaliak | Organo erraiak (gibela, barea, etab.) | ≥ 1,0 g | ≥ 3,5 g |
| Gihar | ≥ 1,5 g | ≥ 5,0 g | |
| Ugaztunen odola | ≥ 1,5 ml | ≥ 5,0 ml | |
| Arrainen edo txorien odola | ≥ 0,2 ml | ≥ 0,5 ml | |
| Landareak | Hosto freskoak | ≥ 1,5 g | ≥ 5,0 g |
| Petaloa edo zurtoina | ≥ 3,5 g | ≥ 10,0 g | |
| Sustraiak edo haziak | ≥ 7,0 g | ≥ 20,0 g | |
| Zelulak | Zelula-kultura | ≥ 3×107 | ≥ 1×108 |
Laginaren entrega gomendatua
Ontzia: 2 ml zentrifugatzaile-hodia (ez da gomendagarria eztainu-papera)
Lagin gehienetarako, etanolean ez kontserbatzea gomendatzen dugu.
Laginak etiketatzea: laginak argi eta garbi etiketatuta egon behar dira eta bidalitako laginaren informazio-inprimakiaren berdinak.
Bidalketa: izotz lehorra: laginak poltsetan sartu behar dira lehenik eta izotz lehorrean lurperatu.
Zerbitzuaren Lan Fluxua
Esperimentuen diseinua
Laginaren entrega
DNA erauztea
Liburutegiaren eraikuntza
Sekuentziazioa
Datuen azterketa
Salmenta osteko zerbitzuak
*Hemen erakusten diren demo-emaitzak Biomarker Technologies-ekin argitaratutako genometakoak dira
1.Kromosoma-mailako genomaren muntaketa-zirkuakG. rotundifoliumNanopore sekuentziazio plataformaren bidez
Wang M et al.,Biologia Molekularra eta Eboluzioa, 2021
2.Weining zekalearen genomaren muntaketa eta ohartazioaren estatistikak
Li G et al.,Naturaren Genetika, 2021
3.Geen iragarpenaSechium edulegenoma, hiru iragarpen metodoetatik eratorria:Berriziragarpena, Homologian oinarritutako iragarpena eta RNA-Seq datuetan oinarritutako iragarpena
Fu A et al.,Baratzezaintza Ikerketa, 2021
4.Kotoiaren hiru genometan oso-osorik dauden errepikapen terminal luzeak identifikatzea
Wang M et al.,Biologia Molekularra eta Eboluzioa, 2021
5.Hi-C bero-mapaC. acuminatagenoma osoko elkarrekintzak erakusten dituena.Hi-C interakzioen intentsitatea kontigren arteko distantzia linealarekiko proportzionala da.Bero-mapa honetako lerro zuzen garbi batek kromosometan kontigen ainguraketa oso zehatza dela adierazten du.(Contig ainguraketa ratioa: % 96,03
kang M et al.,Natura Komunikazioak,2021
BMK kasua
Kalitate handiko genoma-multzo batek zekalearen ezaugarri genomikoak eta agronomikoki garrantzitsuak diren geneak nabarmentzen ditu
Argitaratu: Naturaren Genetika, 2021
Sekuentziazio estrategia:
Genomaren muntaia: PacBio CLR modua 20 kb-ko liburutegiarekin (497 Gb, 63× inguru)
Sekuentziaren zuzenketa: NGS 270 bp DNA liburutegiarekin (430 Gb, 54× inguru) Illumina plataforman
Kontigs ainguraketa: Hi-C liburutegia (560 Gb, 71× inguru) Illumina plataforman
Mapa optikoa: (779,55 Gb, 99× inguru) Bionano Irys-en
Emaitza nagusiak
1. Weining zekalearen genomaren muntaketa bat argitaratu zen 7,74 Gb-ko genomaren tamaina guztira (fluxu-zitometriaren bidez estimatutako genomaren tamainaren %98,74).Muntaia honetako scaffold N50-k 1,04 Gb lortu zuen.Kontig-en % 93,67 7 sasi-kromosometan ongi ainguratu ziren.Muntaia hau lotura maparen, LAI eta BUSCOren bidez ebaluatu zen, eta ebaluazio guztietan puntuazio altua lortu zuten.
2.Genomika konparatiboari, lotura genetikoen mapari eta transkriptomikari buruzko ikerketa gehiago egin ziren genoma honen oinarrian.Ezaugarri genomikoekin erlazionatutako ezaugarri batzuk agerian utzi ziren, besteak beste, genoma osoko geneen bikoizketak eta almidoiaren biosintesiaren geneetan duten eragina;prolamin-loku konplexuen antolamendu fisikoa, gene-adierazpenaren ezaugarriak goiburuko ezaugarri goiztiarrak eta etxekotzeari lotutako eskualde kromosomikoak eta toki-lokuak zekalean.
 Weining zekalearen genomaren ezaugarri genomikoei buruzko zirkuko diagrama |  Zekalearen genomaren bilakaera eta kromosomaren sinteniaren analisiak |
Li, G., Wang, L., Yang, J.et al.Kalitate handiko genoma-multzo batek zekalearen ezaugarri genomikoak eta agronomikoki garrantzitsuak diren geneak nabarmentzen ditu.Nat Genet 53,574–584 (2021).
https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z
