Produktuak

Ez-erreferentzian oinarritutako mRNA sekuentziazioa-Illumina

mRNA sekuentziatzeak hurrengo belaunaldiko sekuentziazio teknika (NGS) hartzen du, funtzio berezi batzuk aktibatzen ari diren epe jakin batean RNA mezularia (mRNA) eukariotoa harrapatzeko.Spliced transkripzio luzeena 'Unigene' deitzen zen eta ondorengo analisirako erreferentzia-sekuentzia gisa erabili zen, hau da, erreferentziarik gabe espeziearen mekanismo molekularra eta erregulazio-sarea aztertzeko baliabide eraginkorra.

Transcriptomaren datuen muntaketa eta unigenearen oharpen funtzionalaren ondoren

(1)SSR analisia, CDS iragarpena eta gene-egitura egingo dira.

(2)Lagin bakoitzean adierazpen unigenearen kuantifikazioa egingo da.

(3) Laginen (edo taldeen) arteko modu ezberdinean adierazitako unigeneak espresio unigenoaren arabera aurkituko dira.

(4) Diferentzialki adierazitako unigenesen multzokatzea, oharpen funtzionala eta aberaste-analisia egingo da.

Jarri gurekin harremanetan

Zerbitzuaren xehetasunak

Bioinformatika

Demo emaitzak

Kasu Azterketa

Ezaugarriak

● Erreferentziazko edozein genomatik independentea,

● Datuak transkripzioen egitura eta adierazpena aztertzeko erabil litezke

● Ebakitzeko guneak aldagaiak identifikatzea

Zerbitzu Abantailak

● BMKCloud-en oinarritutako emaitzen entrega: Emaitzak datu-fitxategi eta txosten interaktibo gisa bidaltzen dira BMKCloud plataformaren bidez, eta horrek analisi konplexuen irteerak irakurtzea ahalbidetzen du eta datu-meatzaritza pertsonalizatua analisi bioinformatika estandarraren oinarrian.

● Salmenta osteko zerbitzuak: salmenta osteko zerbitzuak 3 hilabeterako balio du proiektua amaitzean, proiektuen jarraipena, arazoak konpontzea, emaitzen galderak eta abar barne.

Lagin-baldintzak eta entrega

Lagin-baldintzak:

Nukleotidoak:

Konk. (ng/μl)

Kantitatea (μg)

Garbitasuna

Osotasuna

≥ 20

≥ 0,5

OD260/280=1,7-2,5

OD260/230=0,5-2,5

Gelan agertzen da proteina edo DNA kutsadura mugatua edo ez.

Landareetarako: RIN≥6,5;

Animalientzat: RIN≥7,0;

5.0≥28S/18S≥1.0;

Oinarrizko kota mugatua edo ez

Ehuna: Pisua (lehorra): ≥1 g
*5 mg baino txikiagoak diren ehunetarako, izoztutako (nitrogeno likidoan) ehun lagina bidaltzea gomendatzen dugu.

Zelula esekidura: Zelula kopurua = 3×10⁷
* Izoztutako zelula lisatua bidaltzea gomendatzen dugu.Gelaxka hori 5×10 baino txikiagoa bada⁵, nitrogeno likidoan izoztutako flasha gomendatzen da.

Odol laginak:
PA×geneBloodRNATube;
6 mlTRIzol eta 2 ml odol (TRIzol:Odola=3:1)

Laginaren entrega gomendatua

Edukiontzia:
2 ml zentrifuga-hodi (ez da gomendagarria eztainu-papera)
Laginaren etiketatzea: Taldea+erreplika, adibidez, A1, A2, A3;B1, B2, B3....

Bidalketa:
1.Izotz lehorra: laginak poltsetan sartu eta izotz lehorrean lurperatu behar dira.
2.RNAstable hodiak: RNA laginak RNA egonkortzeko hodian lehortu daitezke (adibidez, RNAstable®) eta giro-tenperaturan bidal daitezke.

Zerbitzuaren Lan Fluxua

Esperimentuen diseinua

Laginaren entrega

RNA erauzketa

Liburutegiaren eraikuntza

Sekuentziazioa

Datuen azterketa

Salmenta osteko zerbitzuak

Aurrekoa: Koderik gabeko sekuentziazio luzea-Illumina

Hurrengoa: ARNm eukariotoen sekuentziazioa-Illumina

Bioinformatika

1.mRNA(denovo) Muntaketaren printzipioa

Trinity-k, irakurketak zati txikiagotan zatitzen dira, K-mer izenez ezagutzen direnak.Ondoren, K-mer hauek kontigetan hedatzeko hazi gisa erabiltzen dira eta, ondoren, kontig-gainjartzeetan oinarritutako osagaiak.Azkenik, De Bruijn aplikatu zen hemen osagaietako transkripzioak ezagutzeko.

mRNA-(De-novo)-Trinitatearen ikuspegi orokorra

mRNA (De novo) Trinitatearen ikuspegi orokorra

2.mRNA (De novo) Gene Adierazpen Mailaren banaketa

RNA-Seq geneen adierazpenaren estimazio oso sentikorra lortzeko gai da.Normalean, transkripzioen FPKM adierazpenen sorta detektagarria 10^-2 eta 10^6 bitartekoa da.

mRNA-(De-novo)-FPKM-dentsitatearen-banaketa-lagin bakoitzean

mRNA (De novo) FPKM dentsitatearen banaketa lagin bakoitzean

3.mRNA (De novo) GO DEGen aberastearen analisia

GO (Gene Ontology) datu-basea geneen eta gene produktuen funtzioen hiztegi estandar bat daukan oharpen biologiko sistema egituratua da.Hainbat maila ditu, non maila zenbat eta txikiagoa den, orduan eta zehatzagoak diren funtzioak.

mRNA-(De-novo)-GO-sailkapena-DEG-en-bigarren mailan

mRNA (De novo) DEGen GO sailkapena bigarren mailan

BMK kasua

Sakarosaren metabolismoaren transkriptomoaren analisia bonboaren hantura eta garapenean tipulan (Allium cepa L.)

Argitaratu: landare zientzien mugak, 2016

Sekuentziazio estrategia

Illumina HiSeq2500

Lagin-bilketa

Ikerketa honetan Utah Yellow Sweet Spain "Y1351" cultivar erabili zen.Bildutako lagin kopurua izan zen
Bulboaren hantura (DAS) ondorengo 15. egunean (2 cm-ko diametroa eta 3-4 g-ko pisua), 30. DAS (5 cm-ko diametroa eta 100-110 g-ko pisua) eta ~3. 40. DAS-en (7 cm-ko diametroa eta 260-300 gramo).

Emaitza nagusiak

1. Venn diagraman, guztira 146 DEG detektatu ziren hiru garapen-etapa pareetan.
2. "Karbohidratoen garraioa eta metabolismoa" 585 unigenoek bakarrik adierazten zuten (hau da, COG komentatuaren % 7).
3. GO datu-basean arrakastaz idatzitako Unigenes hiru kategoria nagusitan sailkatu ziren bulbaren garapenaren hiru fase desberdinetarako."Prozesu biologikoa" kategoria nagusian ordezkaturik gehien "prozesu metabolikoa" izan zen, eta ondoren "prozesu zelularra"."Funtzio molekularraren" kategoria nagusian gehien irudikatu ziren bi kategoria "lotura" eta "jarduera katalitikoa" ziren.

PB-luzera osoa-RNA-Sekuentziazioa-kasu-azterketa

Talde ortologoen multzoen histograma (COG) sailkapena

Gene ontologiaren histograma (GO) sailkapena bonbiletatik eratorritako unigenesentzako hiru garapen-faseetan

Venn-en diagrama tipula-errazaren garapenaren bi fasetan modu desberdinean adierazitako geneak erakusten dituena

Erreferentzia

Zhang C, Zhang H, Zhan Z, et al.Sakarosaren Metabolismoaren Transkriptomaren Analisia Bulboaren Hanturan eta Tipulan Garapenean (Allium cepa L.)[J].Frontiers in Plant Science, 2016, 7:1425-.DOI: 10.3389/fpls.2016.01425