GENOMAREN BILAKAERA
Genoma De novo
Muntaia|Sexuaren determinazioa Sekuentziazio lan osoa eta zerbitzu bioinformatiko partzialak Biomarker Techonologies-ek eskaini zituen.
Abstraktua
“Itsas-dragoien fenotipo ikonikoak hosto-itxurako eranskinak, hortz gabeko aho tubularra eta arrautzak ernaldutako arrautzak inkubatzen dituen arrautza "ume-adabaki" irekian inkubatzen ditu.Itsas dragoi arruntaren (Phyllopteryx taeniolatus) eta bere estuki erlazionatuta dagoen espeziearen, aligator pipa-arraina (Syngnathoides biaculeatus) genomak sekuentziatu genituen de novo.Berritasun ebolutibo baten transkripzio-profilek, hosto-itxurako eranskinek, erakusten dute hegatsaren garapenean normalean parte hartzen duten gene-multzo bat hartu dela, baita transkripzioen aberastasun bat ere ehunen konponketa potentzialetarako eta defentsa immunologikorako geneetarako.Singnatido guztietan galtzen den scpp5-ren zebra-arrainen mutanteek faringe-hortzak ez zituzten edo deformatuak zituzten, scpp5-ren galerak singnatidoetan hortzak galtzen lagundu duelako hipotesia onartzen du.Seadragon eta aligator pipa-arrain arruntek partekatzen duten ar-espezifikoa den amhr2y gene bat kodetzen duen sexua zehazteko locus bat identifikatu zen. ”
Materialak eta metodoak:
Materialak
Fgure itsasdragoi arrunta (P. taeniolatus) eta bi aligator pipa-arrain (S. biaculeatus) aleak.Bi itsas-dragoi arrunt (arra eta emea) eta bi aligator pipa-arrain (ar bat eta emea) genoma osoko sekuentziaziorako, eta beste bi arra arrain arrain-arrain erabili ziren genoma birsekuentziatzeko.
Genomaren sekuentziazio estrategia
270/350 bp liburutegia (Hiseq 2500) + Pacbio 20Kb (Sequel) edo Nanopore 30 Kb (MinION)+ Hi-C (NovaSeq 6000).sekuentziazioa, eta beste bi itsas-dragoi banako gizonezko erabili ziren genomaren birsekuentziaziorako.
Transkriptomaren sekuentziazioa
Fedo itsas-dragoi arrunta, garuna, begia, zakaia, gibela, bihotza, giltzurruna, mesenterioa, hesteak, muskuluak, hegatsak, larruazala, hosto-eranskinak, barrabilak eta obulutegiak bildu ziren.
Genoma de novo muntatzeko estrategia
Canu (Zuzenketa) + WTDBG2 (Muntaketa) + Pilon (Polonia) + Lachesis (Hi-C).
Emaitza nagusiak
1. irudia. Itsas dragoi arruntaren (P. taeniolatus) eta aligator pipa-arrainaren (S. biaculeatus) ezaugarri nagusiak eta haien posizio filogenetikoak.
2. irudia. Itsas dragoi arruntean (P. taeniolatus) hosto-itxurako eranskinen morfologia eta osaera genetikoa.
3. irudia. Sexuaren determinazioko genea itsas dragoi arruntean (P. taeniolatus) eta aligator pipa-arrainan (S. biaculeatus).
4. Irudia. Hortz faringeoen fenotipoak scpp5 mutante homozigoto zebra-arrainetan.
Argitalpenaren ordua: 2022-08-08