GENOMAREN BILAKAERA, PANGENOMEA
Zer da Pan-genoma?
Metatutako frogak erakusten dute espezie bateko andui ezberdinen arteko bariantza handia izan daitekeela.Genoma bakarra espezie bakar baten informazio genetikoaren argazki osoa lortzeko nahikoa da.Pan-genomaren azterketaren helburua espezie baten grafiko genomiko zabalagoa lortzea eta ezaugarrien eta kode genetikoen arteko erlazioak deskodetzea da andui ugariren genoma de novo muntaketa eginez, eta horrek aldakuntzak sakonago eta zabalago bat ustiatzea ahalbidetzen du.
Pan-genomaren azterketaren joerak
1. irudia Pan-genomaren ikerketa-lan argitaratuen joerak.
Oharra: irudiak "pan-genoma" hitz gako gisa hartu izanaren emaitza erakusten du Nature, Cell and Science aldizkarietan argitaratutako artikuluen izenburuak bilatzeko.
a.Hainbat lagintako irakurketak erreferentzia batera lerrokatzen dira eta lerrokatu gabekoak kontig berrietan biltzen dira.Kontig berri hauek jatorrizko erreferentzia-sekuentziari gehituz, pangenoma erreferentzia bat eraiki daiteke.Eskualde baztergarriak pangenomari irakurketa guztiak mapatzean oinarrituta zehazten dira.
b.Atxikizio anitzen genomak de novo biltzeak genoma osoak lerrokatzeko hurbilketak ahalbidetzen ditu bazter daitezkeen eskualde genomikoak identifikatzeko.
c.Pan-genoma grafikoa genoma osoko lerrokatzeetatik edo de novo grafikoen muntaketaz eraiki daiteke, eta horrek modu eraginkorrean gordetzen du erabilgarri dauden eskualdeen aldaera-informazioa grafikoan zehar bide bakar gisa.
Nola eraiki Pan-genoma bat?
2. Irudia Pan-genomaren ikuspegien konparaketa1
a.Hainbat lagintako irakurketak erreferentzia batera lerrokatzen dira eta lerrokatu gabekoak kontig berrietan biltzen dira.Kontig berri hauek jatorrizko erreferentzia-sekuentziari gehituz, pangenoma erreferentzia bat eraiki daiteke.Eskualde baztergarriak pangenomari irakurketa guztiak mapatzean oinarrituta zehazten dira.
b.Atxikizio anitzen genomak de novo biltzeak genoma osoak lerrokatzeko hurbilketak ahalbidetzen ditu bazter daitezkeen eskualde genomikoak identifikatzeko.
c.Pan-genoma grafikoa genoma osoko lerrokatzeetatik edo de novo grafikoen muntaketaz eraiki daiteke, eta horrek modu eraginkorrean gordetzen du erabilgarri dauden eskualdeen aldaera-informazioa grafikoan zehar bide bakar gisa.
Berriki argitaratutako Pan-genomak
● Bortxaketa pan-genomak2
● Tomate pan-genomak 3
● Arroz Pan -genoma4
● Ekilorearen Pan-genoma5
● Soja Pan-genoma 6
● Arrozaren Pan-genoma7
● Garagar Pan-genoma8
● Garia Pan-genoma9
● Sorgo Pan-genoma10
● Fitoplanktona Pan-genoma11
Erreferentzia
1. Bayer PE, Golicz AA, Scheben A, Batley J, Edwards D. Landare pan-genomak dira erreferentzia berria.Nat Landareak.2020;6(8):914-920.doi:10.1038/s41477-020-0733-0
2. Song JM, Guan Z, Hu J, et al.Kalitate handiko zortzi genomek Brassica napusen pan-genomaren arkitektura eta ekotipoen bereizketa erakusten dute.Nat Landareak.2020;6(1):34-45.doi:10.1038/s41477-019-0577-7
3. Gao L, Gonda I, Sun H, et al.Tomatearen pan-genomak gene berriak eta fruta-zaporea erregulatzen duen alelo arraro bat deskubritzen du.Nat Genet.2019;51(6):1044-1051.doi:10.1038/s41588-019-0410-2
4. Zhao Q, Feng Q, Lu H, et al.Pan-genomaren analisiak arroz landu eta basatien aldakuntza genomikoaren hedadura nabarmentzen du [argitaratutako zuzenketa Nat Genet-en agertzen da.2018ko abuztua;50(8):1196].Nat Genet.2018;50(2):278-284.doi:10.1038/s41588-018-0041-z
5. Hübner S, Bercovich N, Todesco M, et al.Ekilorearen pan-genomaren azterketak erakusten du hibridazioak geneen edukia eta gaixotasunen erresistentzia aldatu zituela.Nat Landareak.2019;5(1):54-62.doi:10.1038/s41477-018-0329-0
6. Liu Y, Du H, Li P, et al.Soja basati eta landuen pan-genoma.Zelula.2020;182(1):162-176.e13.doi:10.1016/j.cell.2020.05.023
7. Qin P, Lu H, Du H, et al.Genetikoki askotariko 33 arroz-sartzeren pan-genomaren azterketak ezkutuko aldaera genomikoak agerian uzten ditu [linean argitaratua inprimatu aurretik, 2021eko maiatzaren 25ean].Zelula.2021;S0092-8674(21)00581-X.doi:10.1016/j.cell.2021.04.046
8. Jayakodi M, Padmarasu S, Haberer G, et al.Garagar pan-genomak mutazio-hazkuntzaren ondarea agerian uzten du.Natura.2020;588(7837):284-289.doi:10.1038/s41586-020-2947-8
9. Walkowiak S, Gao L, Monat C, et al.Gariaren genoma anitzek hazkuntza modernoaren aldakuntza globala erakusten dute.Natura.2020;588(7837):277-283.doi:10.1038/s41586-020-2961-x
10. Tao Y, Luo H, Xu J, et al.Sorgo landu eta basatien pan-genomaren aldakuntza zabala [linean argitaratua inprimatu aurretik, 2021eko maiatzaren 20a].Nat Landareak.2021;10.1038 / s41477-021-00925-x.doi:10.1038/s41477-021-00925-x
11. Fan X, Qiu H, Han W, et al.Fitoplankton pangenomak hainbat funtziotako gene horizontal prokariotoen transferentzia zabala erakusten du.Zientzia Adv.2020;6(18):eaba0111.2020ko apirilaren 29an argitaratua. doi:10.1126/sciadv.aba0111
Argitalpenaren ordua: 2022-04-04