2021ean, BMKGENEk 31 De novo genomaren ikerketa ikusi zituen arrakasta handiko eragin handiko aldizkarietan 320 baino gehiagoko eragin-faktoreekin.
2022. urtea hasi eta berehala, dagoeneko bi ikerketa-artikulu argitaratu dira "Natural Genetics" eta "Molecular Plant" aldizkarian, hurrenez hurren.Hauek dira, "Two divergent haplotypes from a very heterozygot lychee genome suggest independent domestication events for early and late-maturing cultivars" (Lychee genomaren ikerketa, College of Horticulture, South China Agricultural University-k eta kolaboratzaile zientifikoak, Natural Genetics-en argitaratua). ), eta "Genome sequences of the five Sitopsis species of Aegilops and the origin of polyploid wheat B-subgenome" (Five Sitopsis species genoma, Bao Liu irakaslearen Northeast Normal University-ko ikerketa-taldeak zuzendua.).Bi artikulu hauek ere aztertuko ditugu eta gure irakurleekin partekatuko ditugu.
Orain, ikus ditzagun 2021ean argitaratutako ikerketa-artikulu bikainei BMK-k eta gure lankidetzan egindako instalazioek.
Landareen genoma - Espezie anitzeko aurrerapenak.
1.Kalitate handiko genoma-multzo batek zekalearen ezaugarri genomikoak eta agronomikoki garrantzitsuak diren geneak nabarmentzen ditu
Lankidetza-instalazioa: Henan Nekazaritza Unibertsitatea
Aldizkaria: Genetika Naturala
Eragin-faktorea: 38,31
Proiektu honetan, Weining zekalearen genoma, eliteko zekale txinatarra, sekuentziatu zen.Muntatutako kontigek (7,74 Gb) estimatutako genomaren tamainaren % 98,47 hartzen zuten (7,86 Gb), kontigen % 93,67 (7,25 Gb) zazpi kromosomari esleituta.Elementu errepikakorrak bildutako genomaren % 90,31 osatzen zuten.Weining-en batzarreko analisi gehiagok argi berria ematen dute genoma osoko geneen bikoizketetan eta almidoiaren biosintesiaren geneetan, prolamin-loku konplexuen antolakuntza fisikoan, goiburu-ezaugarriaren azpian dauden gene-adierazpen-ezaugarrietan eta etxekotzeari lotutako eskualde kromosomiko eta zekale-lokuetan.Genoma-sekuentzia honek zekale eta erlazionatutako zereal-laboreetan genomiko eta ugalketa-azterketak bizkortuko dituela agintzen du.
2.Arrosa pikurik gabe: hezetasun-egokitzapenarekin lotutako ikuspegi genomikoak
Kolaboratutako instalazioa: Kunming Institutua botanika, Txinako Zientzien Akademia
Aldizkaria: National Science Review
Eragin-faktorea: 17.273
Proiektu honetan, 'Basye's Thornless' (BT, Rosa wichuraiana-ren pricklerik gabeko cultivar), 'Old Blush' (OB, arrosa etxekotzeko genotipo sortzailea), haien F1 hibridoak eta BCF1 laginak bildu ziren.Eta kalitate handiko erreferentziako genoma muntaia bat sortu zen, zurtoinaren garapenarekin lotutako elementu genetikoak identifikatzeko.Genomaren tamaina 530,6 Mb ingurukoa da.Muntatutako genomaren kalitatea egiaztatzeko, mapa genetikoen konparaketa bezalako analisiak, BUSCO, NGS irakurketak birmuntatzea, OB haplotipoarekin alderatzea, sekuentziazio-oinarrizko errore-tasaren kontrola eta genoma osoko LTR Assembly Index balioaren egiaztapena (LAI=20,03) egin dira.Ikerketa honek zurtoinen zurtoinen herentzia-eredu konplexua eta erregulazio-mekanismoa agerian uzten du eta oinarri eta baliabide berriak eskaini dizkigu arrosaren biologia eta ezaugarri garrantzitsuekin lotutako meatze-markatzaile molekularra aztertzeko.
3. Cucumis-en sintetizatutako alopoliploideen genoma osoko sekuentziak alopoliploidizazioaren genomaren bilakaerari buruzko ikuspegiak erakusten ditu
Lankidetza-instalazioa: Nanjing-eko Nekazaritza Unibertsitatea
Aldizkaria: Advanced Science
Eragin-faktorea: 16.801
Ikerketa honek pepinoaren (C. sativus, 2n = 14) eta bere espezie erlatibo basatiaren (C. hystrix, 2n = 24) eta ondorengo kromosomaren bikoizketaren bidez lortutako hibridazio interespezifikoa erabiliz lortutako kalitate handiko genomaren berri eman zuen. guztiz sekuentziatua alopoliploide sintetikoa.Genomaren muntaketak "PacBio+BioNano+Hi-C+Illumina" sekuentziazioaren lan-fluxua aplikatu zuen, 530,8Mb-ko genomaren tamaina eta N50 = 6,5Mb kontig.Irakurketak 19 pseudokromosoma eta azpigenomari esleitu zitzaizkien.Emaitzek adierazi zuten hibridazioak, genomaren bikoizketak baino, aldaketa genomiko gehienak eragiten dituela bai nuklear eta bai cp genometan.Heterozigositate finkoak C.×hytivus estresaren egokitzapena areagotzen duela iradoki zuen.Emaitzek landareen poliploidiaren bilakaerari buruzko ikuspegi berriak eskaintzen dituzte eta etorkizuneko laboreetarako ugalketa-estrategia bat eskaintzen dute.
4. Genomaren analisi konparatiboak Nabarmendu transposoi bidezko genomaren hedapena eta kotoiaren 3D toleste genomikoaren arkitektura ebolutiboa.
Lankidetzako instalazioa: Huazhong Nekazaritza Unibertsitatea
Aldizkaria: Biologia Molekularra eta Eboluzioa
Eragin-faktorea: 16.242
Proiektu honek Nanopore Sequencing erabili zuen hiru kotoi espezieren genoma muntatzeko, hots: Gossypium rotundifolium (K2, genomaren tamaina = 2,44 Gb, contigN50 = 5,33 Mb), G. arboreum (A2, genomaren tamaina = 1,62 Gb, contigN50 = Mb), eta 1. G. raimondii (D5, genomaren tamaina = 0,75 Gb, contigN50 = 17,04 Gb).Hiru genomaren % 99 baino gehiago Hi-C bidez bildu ziren.BUSCO analisiaren emaitzak %92,5, %93,9 eta %95,4 dira hurrenez hurren.Zenbaki horiek guztiek hiru muntaketa-genomak erreferentziazko graduak direla adierazten zuten.Genomaren analisi konparatiboek genomaren tamaina desberdintasun handietan laguntzen duten leinuari buruzko TE anplifikazioaren xehetasunak dokumentatu zituzten.Azterketa honek transposoi bidezko genomaren hedapenak landareetan goi mailako kromatina egituraren bilakaeran duen papera argitzen du.
5.Miscanthus lutarioriparius genoma biomasa-laborearen kromosoma eskalan muntatzea eta aztertzea
Lankidetza-instalazioa: Landare Molekularreko Zientzietan Bikaintasunerako CAS Zentroa
Aldizkaria: Nature Communications
Eragin-faktorea: 14.912
Proiektu honek Miscanthus lutarioriparius genomaren kromosoma eskalako muntaketa baten berri eman zuen, Oxford Nanopore sekuentziazioa eta Hi-C teknologiak konbinatuz.2,07 Gb-ko muntaiak genomaren % 96,64 estaltzen du, 1,71 Mb-ko N50 kontigarekin.Sekuentzia guztien % 94,30 inguru 19 pseudokromosometan ainguratuta zeuden.BAC sekuentziarekin alderatuta, LAI ebaluazioa, BUSCO ebaluazioa, NGS datuekin birmuntatzea, transkriptomiaren datuen birmuntaketaren bidez, genoma kalitate handiko eta jarraitutasun gisa ebaluatu zen.M. lutarioriparius-en jatorri alotetraploidea satelite zentromerikoaren errepikapenen bidez baieztatzen da.M. lutarioriparius-en tandem bikoiztutako geneak aberastu funtzionalak dira, estresaren erantzunarekin erlazionatutako terminoetan ez ezik, zelulen hormaren biosintesiarekin ere.Gene bikoiztuek ziurrenik C4 fotosintesian zeregina dute eta Miscanthus C4 fotosintesian laguntzen dute tenperatura baxuan.Ikerketak erreferentzia garrantzitsua eman zuen landare iraunkorrak aztertzeko.
6.Kromosoma-mailako Camptotheca acuminata genomaren muntaketa batek camptothecinaren biosintesiaren jatorri ebolutiboari buruzko argibideak ematen ditu.
Lankidetzako instalazioa: Sichuan Unibertsitatea
Aldizkaria: Nature Communications
Eragin-faktorea: 14.912
Proiektu honek kalitate handiko kromosoma-mailako C. acuminata genomaren muntaketa baten berri eman zuen, 414,95 Mb-ko genomaren tamaina eta N50 1,47 Mb-koa.C. acuminata-k genoma osoko bikoizketa independentea jasaten duela ikusi dugu eta hortik eratorritako gene ugari kanptotezinaren biosintesiarekin lotuta daude.LAMT genearen dibergentzia funtzionalak eta bi SLAS geneen bilakaera positiboak, beraz, biek asko lagundu zuten C. acuminata-n kanptotezinaren biosintesian.Emaitzek kalitate handiko genomaren muntaketaren garrantzia azpimarratu zuten bigarren metabolito baten jatorri ebolutiboan aldaketa genetikoak identifikatzeko.
7.Aleloek definitutako genomak bereizketa bialelikoa erakusten du maniokaren bilakaeran
Lankidetutako instalazioa: Nekazaritza Tropikalen Zientzien Txinako Akademia
Aldizkaria: Landare Molekularra
Eragin-faktorea: 13.162
Proiektu honek kontigN50 1,1Mb duen maniokoaren erreferentzia genoma bat muntatu du Pacific Biosciences (PacBio) sekuentziazio plataforma erabiliz.BUSCOk, LAI indizeak eta dentsitate handiko mapa genetikoak ebaluatu ondoren, muntatutako genoma erreferentzia-maila dela baieztatzen da.Eskualde erredundanteak identifikatu ziren eta kontigak 18 pseudokromosomatan ainguratu ziren Hi-C loturak erabiliz.Kalitate handiko eta aleloz definitutako erreferentzia-genoma hau baliotsua da kromosoma homologoetan bi-alelo dibergenteak identifikatzeko, bi-aleloen bereizketa eta adierazpen nagusitasuna eta haien azpiko eboluzio-indarrak aztertzeko.Manioka eta oso heterozigotoak diren beste labore batzuetan hazteko estrategia berritzaileak erraztu zituen.
8. Paulownien hazkuntza azkarrari eta Paulownia sorginen erratzaren sorrerari buruzko ikuspegi genomikoak
Lankidetzako instalazioa: Henan Nekazaritza Unibertsitatea
Aldizkaria: Landare Molekularra
Eragin-faktorea: 13.162
Proiektu honek Paulownia fortunei-ren kalitate handiko genoma nuklearra muntatu zuen, 511,6 Mb-ko tamainakoa, sekuentzien % 93,2 20 pseudokromosomatan ainguratuta.Eraginkortasun fotosintetiko handiagoa lortzen da C3 fotosintesia eta krassulacean azidoaren metabolismoaren bidea integratuz, eta horrek paulownia zuhaitzen hazkuntza-ohitura oso azkarra izan dezake.PaWB fitoplasmaren genomaren sekuentziazio gehigarriak, analisi funtzionalekin konbinatuta, PaWB-SAP54 efektoreak Paulownia PfSPLa-rekin zuzenean elkarreragiten duela adierazi zuen, eta horrek, aldi berean, PfSPLa degradazioa eragiten du ubikitinaren bitartez eta sorginen erratza eratzen du.Datuek paulownien biologiari eta PaWB eratzeko mekanismo erregulatzaileei buruzko ikuspegi esanguratsuak eman zituzten.
Animalien genoma - Espezieen eboluzioaren ikuspegi sakona
1.Nautilus pompilius-en genomak begien bilakaera eta biomineralizazioa argitzen ditu
Lankidetza-instalazioa: Hego Txinako Itsasoko Ozeanologia Institutua, CAS
Aldizkaria: Natural Ecology & evolution
Eragin-faktorea: 15.462
Proiektu honek Nautilus pompiliusentzako genoma osoa aurkeztu zuen.Sekuentziatutako zefalopodoen artean genoma minimalista du, hau da, 730,58 Mb-rekin contigN50 = 1,1 Mb-rekin.BUSCOren ebaluazioaren emaitza %91,31koa da.Transkriptomarekin, proteomarekin, gene-familiarekin eta analisi filogenetikoarekin konbinatuta, genoma honek oinarrizko erreferentzia bat eman zuen zefalopodoen berrikuntzei, hala nola begi estenopeikoari eta biomineralizazioari buruz.Ikerketak adierazi zuen Hox gene-multzoaren osotasunean izandako kalteak Moluskuen oskolaren desagerpenarekin zerikusia izan dezakeela.Garrantzitsua da, berrikuntza genomiko anitzek gene-galerak, gene-familia espezifikoen uzkurketa independentea eta hedapena barne eta haiei lotutako sare erregulatzaileak ziurrenik nautilus pinhole begiaren bilakaera moldatu zutela.Nautilusaren genoma baliabide baliotsua izan zen egungo zefalopodoak eratzen dituzten eboluzio-eszenatokiak eta berrikuntza genomikoak berreraikitzeko.
2. Seadragon genomaren azterketak bere fenotipoaren eta sexuaren determinazio-lokuaren inguruko argibideak eskaintzen ditu
Lankidetza-instalazioa: Hego Txinako Itsasoko Ozeanologia Institutua, CAS
Aldizkaria: Science Advances
Eragin-faktorea: 14.132
Proiektu honek de novo-sekuentziatu ditu itsasdragoi arruntaren (Phyllopteryx taeniolatus) eta oso erlazionatuta dagoen espeziearen, aligator pipa-arrainaren (Syngnathoides biaculeatus) genoma ar eta emeak.Phyllopteryx taeniolatus-en genomaren tamaina ~659 Mb（♂）eta ~663 Mb（♀） da, 10,0Mb eta 12,1mb-ko contigN50-arekin.Phyllopteryx taeniolatus-en genomaren tamaina 637 Mb（♂）eta ~648 Mb（♀） da, 18,0Mb eta 21,0Mb-ko contigN50-arekin.Analisi filogenetikoen bidez, itsas-dragoi arrunta eta aligator pipa-arraina Syngnathinae-ren ahizpa taxonak dira, eta duela 27,3 Ma inguruan aldendu ziren.Eboluzio-berritasun baten transkripzio-profilek, hosto-itxurako eranskinek, erakusten dute hegatsaren garapenean esku hartzen duten gene multzo bat hartu dela, baita ehunen konponketa potentzialetarako eta defentsa immunologikorako gene potentzialetarako transkripzioak aberastu ere.Seadragon eta aligator pipa-arrain arruntek partekatzen duten ar-espezifikoa den amhr2y gene bat kodetzen duen sexua zehazteko locus bat identifikatu zen.Proiektu honek ebidentzia kritikoa eman zuen eboluzio moldatzaileari buruzko azterketetarako.
Argitalpenaren ordua: 2022-09-19