GWAS
Izenburua: Genoma osoaren birsekuentziazioak Brassica napus jatorria eta bere hobekuntzan parte hartzen duten loci genetikoak agerian uzten ditu
Aldizkaria: Natura Komunikazioak
NGS |WGS |Birsekuentziazioa |GWAS |Transkriptoma |RNAseq |Brassica napus |Bilakaera |Etxekotzea
Ikerketa honetan, Biomarker Technologies-ek NGS sekuentziazioari buruzko Zerbitzuak eskaini zituen, baita sekuentziazio-datuen analisi bioinformatikari buruzko laguntza teknikoa ere.
Aurrekariak
Brassica napus(koltza) olio-hazi garrantzitsua eta eredu bikaina da espeziazio, eboluzio eta hautapen poliploideen prozesuak ikertzeko.Hala ere, espezie basatiak edo etxeko emaileak gurasoen progenitoreak ziren eta koltza etxekotzea eta hobekuntzan lagundu zuten geneak oraindik ezezagunak dira.
materialak eta metodoak
Materialak:588B. napusikerketa honetan atxikimenduak parte hartu zuten, Asiako 466, Europako 102, Ipar Amerikako 13 eta Australiako 7.Hazkunde-ohituraren erregistroetan oinarrituta, material hauek hiru ekotipotan banatu ziren;udaberria (86 atxikimendu), negua (74 atxikimendu) eta negu erdia (428 atxikimendu).
Sekuentziazioa:Batez bestekoa gutxi gorabehera.5× (3,37× eta 7,71× artekoa)
Sekuentziazio plataforma:Illumina Hiseq 4000
Datuen ekoizpena:4,03 Tb datu garbiak
SNP deia:BWA + GATK.5.294.158 SNP eta 1.307.151 InDel lortu ziren.
Emaitzak
B. napus-en jatorria
B. napusAzpigenoma bat Europako arbiaren arbasotik eboluzionatu zen.Gene-fluxuaren gertaera bat Europako arbiatikB. napus Duela 106–1170 urte azpigenoma bat gertatu zen.B. napusC azpigenoma leinu hauen arbaso komunetik eboluzionatu zitekeen.ren arbasoaB. napusB. oleracea lau azpiespezieren arbaso komunetik banatu zen, azkenaldian gene-fluxuarekinB. napusDuela 108–898 urte.B. napusC azpigenomak A Subgenomak baino jatorri konplexuagoa du.Bi azpigenometan botila-lepo indartsu bat garatu zenB. napusbilakaera.Negua eta erdi-neguaB. napusekotipoak duela ~60 urte aldendu ziren, negua eta udaberria, berrizB. napusduela ~416 urte aldendu ziren, eta oleaginosoa eta oleaginosoa ez direnakB. napusduela ~ 277 urte aldendu zen.
2. irudia 588 B. napus atxikimenduen eta B. rapa atxikimenduen 199 biztanleriaren egitura.
3. irudia 588 B. napus atxikimenduen eta B. oleracea atxikiketen 119ren populazio-egitura
Hautaketa-seinaleak eta Genoma osoko elkarte-azterketak.
Hobekuntzaren lehen fasean (FSI), dibertsitate genetiko gehiago galdu zen B. napus C azpigenoman A azpigenoman baino.Desberdintasun genetiko gutxiago gertatu zen FSIan hobekuntzaren bigarren fasean (SSI) baino.SSI-hautaketaren seinale-eskualdeetako geneak estresaren tolerantzian, garapenean eta bide metabolikoetan aberastu ziren.10 helburu-ezaugarrirekin nabarmen lotuta dauden 60 loci identifikatu ziren, besteak beste, 5 haziaren errendimenduarekin, 3 silikaren luzerarekin, 4 olio edukiarekin eta 48 haziaren kalitatearekin.
4. irudia B. napus-en SSI-n zehar hautatutako eskualdeen genoma osoko miaketa eta oharrak.
Transcriptomaren analisia
Glukosinolato biosintetiko prozesuarekin erlazionatutako geneak identifikatutako 11 ehunen RNAseq-eko datuak olio-eduki handiko eta bikoitz-baxuko kultibako eta olio-eduki baxuko eta bikoitz-altuko kultibateko geneak nabarmen ordezkatu ziren.
5. irudia B. napus-en ekotipo-hobekuntza hautatzean loraldi-denboraren erregulazioaren ikuspegi orokorra.
Eztabaida
Ikerketa honek baliabide baliotsu bat eman zuen haren jatorria eta hobekuntza-historia ulertzekoB. napuseta ezaugarri konplexu agronomiko garrantzitsuen oinarri genetikoen disekzioa erraztuko du.Aldaera onuragarriekin, hautapen-seinaleekin eta gene hautagaiekin lotutako SNP esanguratsuek ekarpen handia egingo dute etorkizunean, batez ere azken laborantza alopoliploide honen eta haren senideen errendimendua, haziaren kalitatea, olio edukia eta moldagarritasuna hobetzen.
Erreferentzia
Genoma osoko birsekuentziazioak Brassica napus jatorria eta bere hobekuntzan parte hartzen duten loci genetikoak agerian uzten ditu [J].Natura Komunikazioak, 2019, 10.(1).
Albisteak eta Nabarmenak Biomarker Technologiesekin azken kasu arrakastatsuak partekatzea du helburu, lorpen zientifiko berriak eta ikerketan zehar aplikatutako teknika nabarmenak jasoz.
Argitalpenaren ordua: 2022-05-05