BMKCloud Log in
条形banner-03

Berriak

Errendimendu handiko genotipizazioa, batez ere eskala handiko populazioan, oinarrizko urratsa da elkarte genetikoen ikerketetan, gene funtzionalak ezagutzeko, eboluzio-analisirako, etab. oinarri genetikoak eskaintzen dituena. ) lagin bakoitzeko sekuentziazio kostua minimizatzeko aurkezten da, markatzaile genetikoen aurkikuntzan zentzuzko eraginkortasuna mantentzen duen bitartean.Hori normalean, muga-zatiak erauziz lortzen da tamaina-tarte jakin batean, zeina errepresentazio murriztuko liburutegia (RRL) deitzen dena.Loku espezifikoko fragmentuen sekuentziazioa (SLAF-Seq) SNP de novo aurkitzeko eta populazio handien SNP genotipatzeko auto-garatutako estrategia bat da.

Lan-fluxu teknikoa

SLAF-tech-flow
SLAF-Seq-workflow-1011x1024

SLAF vs Lehendik dauden RRL metodoak

SLAF

SLAFen abantailak

Markatzaile genetikoak aurkitzeko eraginkortasun handiagoa– Errendimendu handiko sekuentziazio teknologiarekin konbinatuta, SLAF-Seq-ek genoma osoan aurkitutako ehunka mila etiketa lor ditzake hainbat ikerketa-proiekturen eskaera betetzeko, erreferentziazko genoma batekin edo gabe.

Diseinu esperimental pertsonalizatua eta malgua– Ikerketa-helburu edo espezie desberdinetarako, digestio entzimatikoko estrategia desberdinak daude eskuragarri, besteak beste, entzima bakarreko, entzima bikoitzeko eta entzima anitzeko digestioa.Digestio estrategia in silico aldez aurretik ebaluatuko da entzimaren diseinu optimoa ziurtatzeko.

Eraginkortasun handia digestio entzimatikoan– Aurrez diseinatutako digestio entzimatikoek kromosomako SLAFak modu uniformean banatuta eskaintzen dituzte.Zati bilketa eraginkorrak % 95 baino gehiago lor dezake.

Saihestu sekuentzia errepikakorra– SLAF-Seq datuetan sekuentzia errepikakorren ehunekoa % 5 baino gutxiagora murrizten da, batez ere elementu errepikakorren maila handia duten espezieetan, hala nola garia, artoa, etab.

Norberak garatutako lan-fluxu bioinformatikoa– BMK-k SLAF-Seq teknologiari aplikagarria den lan-fluxu bioinformatiko integratua garatu zuen, azken irteeraren fidagarritasuna eta zehaztasuna bermatzeko.

SLAF aplikazioa

Lotura genetikoen mapa

Dentsitate handiko mapa genetikoa eraikitzea eta lore motako ezaugarriak kontrolatzen dituzten lokuen identifikazioa Chrysanthemum (Chrysanthemum x morifolium Ramat.)

Aldizkaria: Baratze Ikerketa Argitalpena: 2020.7

GWAS

Soja-hazietan isofavone edukiarekin lotutako gene hautagai baten identifikazioa genoma osoko elkarketa eta lotura-mapa erabiliz.

Aldizkaria: The Plant Journal Argitaratua: 2020/08/2020

Genetika ebolutiboa

Biztanleriaren analisi genomikoak eta de novo muntaketak arroz belar txarraren jatorria eboluzio-joko gisa agerian uzten du

Aldizkaria: Molecular Plant Argitaratua: 2019.5

Bulked Segregant Analysis (BSA)

GmST1, sulfotransferasa bat kodetzen duena, erresistentzia ematen die soja-mosaiko birusaren G2 eta G3 anduiei.

Aldizkaria: Landare, Zelula eta Ingurumena Argitaratutako: 2021.04

SLAF-BSA

Erreferentzia

Sun X, Liu D, Zhang X, et al.SLAF-Seq: eskala handiko SNP-ren aurkikuntza eta genotipatze metodo eraginkorra errendimendu handiko sekuentziazioa erabiliz [J].Plos bat, 2013, 8(3):e58700
Song X, Xu Y, Gao K, et al.Dentsitate handiko mapa genetikoa eraikitzea eta lore motako ezaugarriak kontrolatzen dituzten lokuen identifikazioa Chrysanthemum (Chrysanthemum × morifolium Ramat.).Hortic Res.2020;7:108.
Wu D, Li D, Zhao X, et al.Soja-hazietan isoflavona-edukiarekin lotutako gene hautagai baten identifikazioa genoma osoko elkarketa eta lotura-mapa erabiliz.Plant J. 2020;104(4): 950-963.
Sun J, Ma D, Tang L, et al.Population Genommic Analysis eta De Novo Assembly-k arroz belarriaren jatorria eboluzio-joko gisa agerian uzten dute.Mol Landarea.2019;12(5):632-647.Mol Landarea.2018;11(11):1360-1376.
Zhao X, Jing Y, Luo Z, et al.GmST1, sulfotransferasa bat kodetzen duena, erresistentzia ematen die soja-mosaiko birus G2 eta G3 anduiei.Landare-zelulen ingurunea.2021;10.1111/pce.14066


Argitalpenaren ordua: 2022-04-04

Bidali zure mezua: