Errendimendu handiko genotipizazioa, batez ere eskala handiko populazioan, oinarrizko urratsa da elkarte genetikoen ikerketetan, gene funtzionalak ezagutzeko, eboluzio-analisirako, etab. oinarri genetikoak eskaintzen dituena. ) lagin bakoitzeko sekuentziazio kostua minimizatzeko aurkezten da, markatzaile genetikoen aurkikuntzan zentzuzko eraginkortasuna mantentzen duen bitartean.Hori normalean, muga-zatiak erauziz lortzen da tamaina-tarte jakin batean, zeina errepresentazio murriztuko liburutegia (RRL) deitzen dena.Loku espezifikoko fragmentuen sekuentziazioa (SLAF-Seq) SNP de novo aurkitzeko eta populazio handien SNP genotipatzeko auto-garatutako estrategia bat da.
Lan-fluxu teknikoa
SLAF vs Lehendik dauden RRL metodoak
SLAFen abantailak
Markatzaile genetikoak aurkitzeko eraginkortasun handiagoa– Errendimendu handiko sekuentziazio teknologiarekin konbinatuta, SLAF-Seq-ek genoma osoan aurkitutako ehunka mila etiketa lor ditzake hainbat ikerketa-proiekturen eskaera betetzeko, erreferentziazko genoma batekin edo gabe.
Diseinu esperimental pertsonalizatua eta malgua– Ikerketa-helburu edo espezie desberdinetarako, digestio entzimatikoko estrategia desberdinak daude eskuragarri, besteak beste, entzima bakarreko, entzima bikoitzeko eta entzima anitzeko digestioa.Digestio estrategia in silico aldez aurretik ebaluatuko da entzimaren diseinu optimoa ziurtatzeko.
Eraginkortasun handia digestio entzimatikoan– Aurrez diseinatutako digestio entzimatikoek kromosomako SLAFak modu uniformean banatuta eskaintzen dituzte.Zati bilketa eraginkorrak % 95 baino gehiago lor dezake.
Saihestu sekuentzia errepikakorra– SLAF-Seq datuetan sekuentzia errepikakorren ehunekoa % 5 baino gutxiagora murrizten da, batez ere elementu errepikakorren maila handia duten espezieetan, hala nola garia, artoa, etab.
Norberak garatutako lan-fluxu bioinformatikoa– BMK-k SLAF-Seq teknologiari aplikagarria den lan-fluxu bioinformatiko integratua garatu zuen, azken irteeraren fidagarritasuna eta zehaztasuna bermatzeko.
SLAF aplikazioa
Lotura genetikoen mapa
Dentsitate handiko mapa genetikoa eraikitzea eta lore motako ezaugarriak kontrolatzen dituzten lokuen identifikazioa Chrysanthemum (Chrysanthemum x morifolium Ramat.)
Aldizkaria: Baratze Ikerketa Argitalpena: 2020.7
GWAS
Soja-hazietan isofavone edukiarekin lotutako gene hautagai baten identifikazioa genoma osoko elkarketa eta lotura-mapa erabiliz.
Aldizkaria: The Plant Journal Argitaratua: 2020/08/2020
Genetika ebolutiboa
Biztanleriaren analisi genomikoak eta de novo muntaketak arroz belar txarraren jatorria eboluzio-joko gisa agerian uzten du
Aldizkaria: Molecular Plant Argitaratua: 2019.5
Bulked Segregant Analysis (BSA)
GmST1, sulfotransferasa bat kodetzen duena, erresistentzia ematen die soja-mosaiko birusaren G2 eta G3 anduiei.
Aldizkaria: Landare, Zelula eta Ingurumena Argitaratutako: 2021.04
Erreferentzia
Sun X, Liu D, Zhang X, et al.SLAF-Seq: eskala handiko SNP-ren aurkikuntza eta genotipatze metodo eraginkorra errendimendu handiko sekuentziazioa erabiliz [J].Plos bat, 2013, 8(3):e58700
Song X, Xu Y, Gao K, et al.Dentsitate handiko mapa genetikoa eraikitzea eta lore motako ezaugarriak kontrolatzen dituzten lokuen identifikazioa Chrysanthemum (Chrysanthemum × morifolium Ramat.).Hortic Res.2020;7:108.
Wu D, Li D, Zhao X, et al.Soja-hazietan isoflavona-edukiarekin lotutako gene hautagai baten identifikazioa genoma osoko elkarketa eta lotura-mapa erabiliz.Plant J. 2020;104(4): 950-963.
Sun J, Ma D, Tang L, et al.Population Genommic Analysis eta De Novo Assembly-k arroz belarriaren jatorria eboluzio-joko gisa agerian uzten dute.Mol Landarea.2019;12(5):632-647.Mol Landarea.2018;11(11):1360-1376.
Zhao X, Jing Y, Luo Z, et al.GmST1, sulfotransferasa bat kodetzen duena, erresistentzia ematen die soja-mosaiko birus G2 eta G3 anduiei.Landare-zelulen ingurunea.2021;10.1111/pce.14066
Argitalpenaren ordua: 2022-04-04