Sekuentziazio metagenomikoa -NGS
Zerbitzu Abantailak
● Komunitate mikrobioen profilak egiteko isolamendurik eta laborantzarik gabe
● Bereizmen handia ingurumen-laginetan ugaritasun baxuko espezieak detektatzeko
● “Meta-” ideiak ezaugarri biologiko guztiak integratzen ditu maila funtzionalean, espezie mailan eta gene mailan, eta horrek errealitatetik hurbilago dagoen ikuspegi dinamikoa islatzen du.
● BMK-k esperientzia handia pilatzen du hainbat lagin motatan 10.000 lagin baino gehiago prozesatutakoekin.
Zerbitzuaren zehaztapenak
| Plataforma | Sekuentziazioa | Gomendatutako datuak | Erantzuteko denbora |
| Illumina NovaSeq plataforma | PE150 | 6 G/10 G/20 G | 45 lanegun |
Bioinformatikako analisiak
● Datu gordinak kalitate kontrola
● Metagenomaren muntaia
● Erredundanterik gabeko gene multzoa eta oharpena
● Espezie aniztasunaren azterketa
● Funtzio genetikoen aniztasunaren azterketa
● Taldeen arteko analisia
● Faktore esperimentalen aurkako elkartze-analisia
Lagin-baldintzak eta entrega
Lagin-baldintzak:
Izan ereDNAren laburpenak:
| Lagin mota | Zenbatekoa | Kontzentrazioa | Garbitasuna |
| DNAren laburpenak | > 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Ingurumen laginetarako:
| Lagin mota | Gomendatutako laginketa-prozedura |
| Lurzorua | Laginketa kopurua: gutxi gorabehera.5 g;Gainontzeko substantzia ihartua gainazaletik kendu behar da;Pieza handiak xehatu eta 2 mm-ko iragazkitik pasatu;Alikuota laginak EP-hodi antzuetan edo zirohodietan erreserbatzeko. |
| Gorotzak | Laginketa kopurua: gutxi gorabehera.5 g;Bildu eta alikuota laginak EP-hodi edo kriohodi antzuetan erreserbatzeko. |
| Hesteetako edukiak | Laginak baldintza aseptikoetan prozesatu behar dira.Garbitu bildutako ehuna PBSarekin;Zentrifugatu PBS eta bildu hauspeatzailea EP-hodietan. |
| Lohiak | Laginketa kopurua: gutxi gorabehera.5 g;Bildu eta lohi-lagina EP-hodi antzuan edo kriotudian erreserbatzeko |
| Ur-gorputza | Mikrobio kopuru mugatua duten laginetarako, hala nola iturriko ura, putzu-ura, etab., jaso gutxienez 1 L ur eta pasa 0,22 μm-ko iragazkia mintzean mikrobioak aberasteko.Gorde mintza hodi esterila batean. |
| Azala | Kontu handiz urratu larruazaleko gainazala kotoizko kotoiarekin edo pala kirurgikoarekin eta jarri hodi esterila batean. |
Laginaren entrega gomendatua
Izoztu laginak nitrogeno likidoan 3-4 orduz eta gorde nitrogeno likidoan edo -80 gradu epe luzerako erreserbarako.Laginak izotz lehorrekin bidaltzea beharrezkoa da.
Zerbitzuaren Lan Fluxua
Laginaren entrega
Liburutegiaren eraikuntza
Sekuentziazioa
Datuen azterketa
Salmenta osteko zerbitzuak
1.Histograma: espezieen banaketa
2. KEGG bide metabolikoetan anotatutako gene funtzionalak
3.Bero-mapa: Geneen ugaritasun erlatiboan oinarritutako funtzio diferentzialak
4.CARD antibiotikoen erresistentzia geneen zirkua
BMK kasua
Antibiotikoen erresistentzia geneen eta bakterio patogenoen prebalentzia lurzoruaren eta mangladiaren erroaren continuum-ean
Argitaratu:Material Arriskutsuen Aldizkaria, 2021
Sekuentziazio estrategia:
Materialak: mangladi sustraiekin lotutako lau zatiren ADN-estraktuak: landatu gabeko lurzorua, errizosfera, episfera eta endosfera konpartimentuak
Plataforma: Illumina HiSeq 2500
Helburuak: Metagenoma
16S rRNA genea V3-V4 eskualdea
Emaitza nagusiak
Sekuentziazio metagenomikoa eta metabarkodearen profila mangladi-arbolen lur-sustraiaren continuumean prozesatu ziren antibiotikoen erresistentzia geneak (ARG) lurzorutik landareetara hedatzen diren aztertzeko.Metagenomiko datuek agerian utzi zuten antibiotikoen erresistentzia geneen % 91,4 normalean identifikatu zirela goian aipatutako lurzoruko lau konpartimentuetan, eta horrek etengabeko moda erakusten zuen.16S rRNA anplikoien sekuentziazioak 29.285 sekuentzia sortu zituen, 346 espezie ordezkatuz.Anplikoien sekuentziazioaren bidez espezieen profilarekin konbinatuz, hedapen hori sustraiekin lotutako mikrobiotaren independentea zela ikusi zen, hala ere, elementu genetikoen mugikorren bidez erraztu liteke.Azterketa honek ARG eta patogenoen fluxua identifikatu zuen lurzorutik landareetara, elkarrekin loturiko lurzoru-sustrai jarraituaren bidez.
Erreferentzia
Wang, C., Hu, R., Strong, PJ, Zhuang, W. eta Shu, L..(2020).Antibiotikoen erresistentzia geneen eta bakterio patogenoen prebalentzia lurzoruaren eta mangladiaren erroaren continuum-ean.Material Arriskutsuen Aldizkaria, 408, 124985.
