● Targeted Protein Coding Region: proteina kodetzeko eskualdea harrapatuz eta sekuentziatuz, hWES erabiltzen da proteinen egiturarekin lotutako aldaerak agertzeko;
● Zehaztasun handia: sekuentziazio-sakonera handiarekin, hWESek % 1 baino maiztasun txikiagoa duten aldaera arruntak eta aldaera arraroak hautematea errazten du;
● Kostu eraginkorra: hWES giza genomaren % 1etik giza gaixotasunen mutazioen % 85 gutxi gorabehera ematen du;
● Prozesu osoa estaltzen duten bost QC prozedura zorrotz Q30>% 85 bermatuta.
Plataforma
| Liburutegia
| Exon Harrapatzeko Estrategia
| Sekuentziazio Estrategia gomendatu
|
Illumina NovaSeq plataforma
| PE150 | Agilent SureSelect Human All Exon V6 IDT xGen Exome Hyb Panel V2 | 5 Gb 10 Gb |
Lagin mota
| Zenbatekoa(Qubit®)
| Bolumena
| Kontzentrazioa
| Garbitasuna (NanoDrop™) |
DNA genomikoa
| ≥ 300 ng | ≥ 15 μL | ≥ 20 ng/μL | OD260/280=1,8-2,0 ez degradaziorik, ez kutsadurarik
|
Mendeliar nahasteetarako/gaixotasun arraroetarako: sekuentziazio-sakonera eraginkorra 50×tik gorakoa
Tumore laginetarako: sekuentziazio-sakonera eraginkorra 100×tik gorakoa
1.Lerrokatze-estatistikak
1. taula Maparen emaitzaren estatistikak
2. taula Exomaren harrapaketari buruzko estatistikak
2.Aldakuntza detektatzeko
1. irudia SNV eta InDel-en estatistikak
3.Analisi Aurreratua
2. Irudia Genoma-zabaleko SNV eta InDel kaltegarrien Circos grafikoa
3. taula Gaixotasunak eragiten dituzten geneen baheketa