-
Landare/Animal De novo Genomaren Sekuentziazioa
Berrizsekuentziazioa espezie baten genoma osoa eraikitzeari deritzo sekuentziazio teknologiak erabiliz, adibidez, PacBio, Nanopore, NGS, etab., erreferentziazko genomarik ezean.Hirugarren belaunaldiko sekuentziazio teknologien irakurketaren luzeraren hobekuntza nabarmenak aukera berriak ekarri ditu genoma konplexuak mihiztatzeko, hala nola, heterozigositate handia dutenak, eskualde errepikakorren proportzio altua dutenak, poliploideak, etab. Irakurketa luzera hamarnaka kilobase mailan dutenez, sekuentziazio irakurketa hauek ahalbidetzen dute. Elementu errepikakorrak, GC eduki anormalak dituzten eskualdeak eta oso konplexuak diren beste eskualde batzuk ebaztea.
Plataforma: PacBio Sequel II /Nanopore PromethION P48/Illumina NovaSeq6000
-
Hi-C oinarritutako Genoma Asanblada
Hi-C kromosomaren konfigurazioa harrapatzeko diseinatutako metodo bat da, hurbiltasunean oinarritutako interakzioak eta errendimendu handiko sekuentziazioa konbinatuz.Elkarrekintza horien intentsitatea kromosometako distantzia fisikoarekin negatiboki erlazionatuta dagoela uste da.Hori dela eta, Hi-C-ko datuek genoma zirriborro batean bildutako sekuentzien multzokatzea, ordenatzea eta orientatzea eta horiek kromosoma kopuru jakin batean ainguratzea gidatu dezakete.Teknologia honek kromosoma-mailako genoma muntaia ahalbidetzen du populazioetan oinarritutako mapa genetikorik ezean.Genoma bakoitzak Hi-C bat behar du.
Plataforma: Illumina NovaSeq6000 / DNBSEQ
-
Genetika ebolutiboa
Genetika ebolutiboa aldakuntza genetikoetan oinarritutako material ebolutiboari buruzko interpretazio integrala emateko diseinatutako sekuentziazio-zerbitzu bat da, SNP, InDels, SV eta CNV barne.Populazioen eboluzio-aldaketak eta ezaugarri genetikoak deskribatzeko beharrezkoak diren oinarrizko analisi guztiak eskaintzen ditu, hala nola, populazioen egitura, aniztasun genetikoa, filogenia-erlazioak, etab. Gene-fluxuari buruzko azterketak ere biltzen ditu, populazio-tamaina eraginkorra eta dibergentzia-denbora zenbatesteko ahalmena ematen dutenak.
-
Genomika Konparatua
Genomika konparatiboak, literalki, espezie ezberdinen genoma sekuentzia eta egitura osoak alderatzea esan nahi du.Diziplina honek espezieen eboluzioa, geneen funtzioa, genoma mailan gene erregulazio-mekanismoa ezagutaraztea du helburu, espezie ezberdinetan kontserbatu edo bereizten diren sekuentzia-egiturak eta elementuak identifikatuz.Genomika konparatiboko ohiko azterketak geneen familian, garapen ebolutiboan, genoma osoaren bikoizketan, presio selektiboan, etab.
-
Bulked Segregant analisia
Bulked segregant analysis (BSA) fenotipoarekin lotutako markatzaile genetikoak azkar identifikatzeko erabiltzen den teknika da.BSAren lan-fluxu nagusiak fenotipo oso kontrajarriak dituzten bi gizabanako talde hautatzen ditu, gizabanako guztien DNA batuz bi DNAren zati bat osatzeko, bi multzoen arteko sekuentzia diferentzialak identifikatuz.Teknika hau oso erabilia izan da landare/animalien genometan zuzendutako geneekin oso lotuta dauden marka genetikoak identifikatzeko.
