Sartu ikerketa-espezie basatiak ikertzeko ahalmenean, BMKGENEren bezeroen kasu funtsezko baten adibidea.Plant Biotechnology Journal aldizkariaren aurtengo edizioan argitaratu berri den, "Chromosoma-level Wild Hevea brasiliensis Genome: Empowering Genomic-Assisted Breeding and Unearthing Vital Loci for Elevated Rubber Yield" erreferentzia baliotsu gisa nabarmentzen da.
Brasilgo kautxu zuhaitza (Hevea brasiliensis) altua da kautxu naturalaren iturri nagusi gisa.Joan den mendean zehar, hazkuntza-metodologia tradizionalak kautxuaren ekoizpenaren sei aldiz gorakada nabarmena eragin zuen.Hala ere, kautxuaren etekin potentzialaren hobekuntzaren erantzule den oinarri genetikoak enigmatiko jarraitzen du.
Azterketa honek kromosoma-mailako genoma bat eraikitzeari ekin zion kautxu basatien zuhaitzari, Nanopore irakurketa luzeko sekuentziazioaren, Illumina NGS sekuentziazioaren eta Hi-C teknologiaren sinergia erabiliz.
Paraleloki, 147 germoplasma-baliabidez osaturiko bilketa bat bildu zen, errendimendu handiko aldaerak, andui basatiak eta erlazionatutako espezieak biltzen dituena, Illumina plataforma erabiliz genoma osoa birsekuentziatzeko (WGS).Ondorengo sekuentziazio-datuek populazio-genetikaren azterketa zorrotza egin zuten, populazioaren egitura, aniztasuna eta lotura desoreka disekatu ahal izateko.Azterketa honek populazioen arteko etxekotze aldaerak argitu ditu.
Ikerketa gehiagok Fst, π, Tajima-ren D eta LD barne hartzen zituen analisiak barne hartu zituzten, latexaren etekin hobetik sortutako hautapen-seinaleak ezagutzera emateko asmoz, Wickham-en klonetan zentratuz batez ere.
Genoma-Wide Association Analysis (GWAS) batean amaituta, errendimendu-ezaugarriekin lotutako markatzaileak eta, ondoren, errendimenduarekin erlazionatutako geneak zehaztu ziren.Hasierako baliozkotzeak transkripzio-jarduera bereizgarriak agerian utzi zituen bi ERF geneen mutante desberdinetan, haien esangura funtzionalaren aldez aurretiko ikuspegia emanez.Datozen ikerketen barruan egiaztapen gehiago aurreikusita dago.
BMKGENE harro dago populazio handi honen genoma osoaren birsekuentziazioan laguntzeaz, bioinformatikako analisian eginkizun handia duelako.Gure esperientzia zabalak NGS/TGS sekuentziazioa eta multiomika bioinformatika analisiak barne hartzen ditu 1000 espezie baino gehiagotan.Datozen proiektuetan zurekin lankidetzan aritzeko aukera espero dugu.
Egin klik hemenikasi azterketa honi buruz gehiago
Argitalpenaren ordua: 2023-abuztuaren 29a