Genetika ebolutiboa
Zerbitzu Abantailak
Takagi et al.,Landareen aldizkaria, 2013
● Espezieen dibergentzia-denbora eta abiadura kalkulatzea nukleotidoen eta aminoazidoen mailan dauden aldaketetan oinarrituta.
● Espezieen arteko erlazio filogenetiko fidagarriagoa agerian jartzea, bilakaera konbergentearen eta eboluzio paraleloaren eragin txikiagoarekin.
● Aldaketa genetikoen eta fenotipoen arteko loturak eraikitzea ezaugarriekin lotutako geneak ezagutzeko
● Aniztasun genetikoa kalkulatzea, espezieen eboluzio-ahalmena islatzen duena
● Erantzuteko denbora azkarragoa
● Esperientzia zabala: BMK-k 12 urte baino gehiago daramatza populazioarekin eta eboluzioaren inguruko proiektuetan esperientzia handia pilatu du, ehunka espezie eta abar hartzen dituena, eta Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal, etab. argitaratutako goi-mailako 80 proiektutan lagundu du.
Zerbitzuaren zehaztapenak
Materialak:
Normalean, gutxienez hiru azpipopulazio gomendatzen dira (adibidez, azpiespezieak edo anduiak).Azpipopulazio bakoitzak 10 indibiduo baino gutxiago izan behar ditu (landareak > 15, espezie arraroentzat murriztu daitezke).
Sekuentziazio estrategia:
* WGS kalitate handiko erreferentziako genoma duten espezieetarako erabil daiteke, eta SLAF-Seq erreferentziazko genoma duten edo ez duten edo kalitate txarreko erreferentziazko genoma duten espezieetan aplika daiteke.
| Genomaren tamainari aplikagarria | WGS | SLAF-Etiketak (×10.000) |
| ≤ 500 Mb | 10×/banaka | WGS gomendagarria da |
| 500 Mb - 1 Gb | 10 | |
| 1 Gb - 2 Gb | 20 | |
| ≥2 Gb | 30 |
Bioinformatikako analisiak
● Azterketa ebolutiboa
● Ekorketa selektiboa
● Gene-fluxua
● Historia demografikoa
● Dibergentzia-denbora
Lagin-baldintzak eta entrega
Lagin-baldintzak:
| Espezieak | Ehuna | WGS-NGS | SLAF |
| Animalia
| Ehun erraia |
0,5~1g
|
0,5 g
|
| Muskulu-ehuna | |||
| Ugaztunen odola | 1,5 ml
| 1,5 ml
| |
| Hegazti/arrain odola | |||
| Landarea
| Hosto Freskoa | 1 ~ 2 g | 0,5~1g |
| Petalo/Zurtoina | |||
| Erro/Hazia | |||
| Zelulak | Zelula haziak |
| gDNA | Kontzentrazioa | Zenbatekoa (ug) | OD260/OD280 |
| SLAF | ≥35 | ≥1,6 | 1,6-2,5 |
| WGS-NGS | ≥1 | ≥0,1 | - |
Zerbitzuaren Lan Fluxua
Esperimentuen diseinua
Laginaren entrega
Liburutegiaren eraikuntza
Sekuentziazioa
Datuen azterketa
Salmenta osteko zerbitzuak
*Hemen erakusten diren demo-emaitzak BMKGENErekin argitaratutako genometakoak dira
1.Eboluzioaren azterketak zuhaitz filogenetikoaren, populazioaren egituraren eta aldaera genetikoetan oinarritutako PCAren eraikuntza ditu.
Zuhaitz filogenetikoak arbaso komuna duten espezieen arteko erlazio taxonomikoak eta ebolutiboak adierazten ditu.
PCAk azpipopulazioen arteko hurbiltasuna ikusaraztea du helburu.
Populazio-egiturak genetikoki bereizten diren azpipopulazioen presentzia erakusten du alelo-maiztasunei dagokienez.
Chen, et.al.,PNAS, 2020
2.Ekorketa selektiboa
Ekorketa selektiboa gune onuragarri bat hautatzen den eta estekatutako gune neutroen maiztasunak handitzen diren eta loturarik gabeko guneen maiztasunak murrizten dituen prozesu bati egiten dio erreferentzia, eta ondorioz, eskualdekoen murrizketa da.
Ekorketa-eskualde selektiboetan genoma osoko detekzioa populazioaren indize genetikoa (π，Fst, Tajima-ren D) SNP guztien indize genetikoa kalkulatuz prozesatzen da leiho labainkor batean (100 Kb) urrats jakin batean (10 Kb).
Nukleotidoen aniztasuna (π)
Tajimaren D
Finkatze-indizea (Fst)
Wu, et.al.,Landare Molekularra, 2018
3.Gene Fluxua
Wu, et.al.,Landare Molekularra, 2018
4.Histori demografikoa
Zhang, et.al.,Natura Ekologia&Eboluzioa, 2021
5.Dibergentzia denbora
Zhang, et.al.,Natura Ekologia&Eboluzioa, 2021
BMK kasua
Aldakuntza genomikoaren mapa batek Udaberriko Txinako Aza (Brassica rapa ssp. Pekinensis) hautaketaren oinarri genetikoari buruzko informazioa eskaintzen du.
Argitaratu: Landare Molekularra, 2018
Sekuentziazio estrategia:
Birsekuentziazioa: sekuentziazio-sakonera: 10×
Emaitza nagusiak
Ikerketa honetan, 194 aza txinatar prozesatu ziren berriro sekuentziatzeko 10×ko batez besteko sakonerarekin, eta horrek 1.208.499 SNP eta 416.070 InDel eman zituen.194 lerro hauen azterketa filogenetikoak erakutsi zuen lerro hauek hiru ekotipotan bana daitezkeela, udaberria, uda eta udazkena.Horrez gain, populazio-egiturak eta PCA azterketak adierazi zuten udaberriko Txinako aza Shandong-eko (Txina) udazkeneko aza batetik sortu zela.Ondoren, hauek Korea eta Japonian sartu ziren, tokiko lerroekin gurutzatu ziren eta beranduko bolting-barietate batzuk Txinara itzuli ziren eta azkenean Udaberriko Txinako aza bihurtu ziren.
Udaberriko txinatar aza eta udazkeneko aza hautatzean genomaren osoko eskaneatzea hautespen sendoa jasan duten 23 loci genomiko agerian utzi zituen, horietako bi QTL-mapean oinarritutako bolting-denbora kontrolatzeko eskualdearekin gainjarri ziren.Bi eskualde hauek loraldia erregulatzen duten gene nagusiak zeudela aurkitu zuten, BrVIN3.1 eta BrFLC1.Bi gene hauek bolting-denboran parte hartzen zutela baieztatu zuten transkriptomiaren azterketa eta esperimentu transgenikoen bidez.
 Biztanleriaren egituraren azterketa Txinako azetan |  Txinako aza hautaketari buruzko informazio genetikoa |
Tongbing, et al."Aldakuntza genomikoaren mapa batek udaberriko txinatar aza (Brassica rapa ssp.pekinensis) hautaketaren oinarri genetikoari buruzko ikuspegiak eskaintzen ditu".Landare molekularrak,11 (2018): 1360-1376.
