Produktuak

DNA/RNA sekuentziazioa -PacBio Sequencer

PacBio sekuentziazio plataforma irakurketa luzeko sekuentziazio plataforma bat da, Hirugarren belaunaldiko sekuentziazio (TGS) teknologietako bat bezala ere ezagutzen dena.Oinarrizko teknologiak, molekula bakarreko denbora errealean (SMRT), hamarnaka kilo-baseko luzera duten irakurketak sortzea ahalbidetzen du."Sekuentziazio bidezko sintesian" oinarrian, nukleotido bakarreko bereizmena Zero-moduko uhin-gidak (ZMW) lortzen da, non beheko bolumen mugatua (molekula sintesiaren gunea) bakarrik argitzen den.Horrez gain, SMRT sekuentziatzeak NGS sisteman sekuentziaren alborapen espezifikoa saihesten du neurri handi batean, PCR anplifikazio-urrats gehienak ez baitira beharrezkoak liburutegiak eraikitzeko prozesuan.

Plataforma: Sequel II, Revio

Jarri gurekin harremanetan

Zerbitzuaren xehetasunak

Demo emaitzak

Ezaugarriak

Bi sekuentziazio modu PacBio sekuentziatzailean: Etengabeko irakurketa luzea (CLR) eta Circular Consensus Read (CCS)

Sekuentziazio modua

Liburutegiaren Tamaina

Datu teorikoakEtekina (zelula bakoitzeko)

Oinarri bakarrekoaZehaztasuna

Aplikazioak

CLR

20Kb, 30Kb, etab.

80 Gb eta 130 Gb

Gutxi gorabehera.%85

Berriz, SV deiak, etab.

CCS

15-20 Kb

14 eta 40 Gb/zelula (Sequel II)

70 eta 110 Gb/zelula (Revio)

Laginen araberakoa da

Gutxi gorabehera.%99

Berriz, SNP/Indel/SV deiak, Iso-Seq,

Revio eta Sequel II-ren errendimenduaren eta ezaugarrien konparaketa

Baldintzak	Sequel II sistema	Revio sistema	Areagotu
Dentsitate handiagoa	8 milioi ZMW	25 milioi ZMW	3x
Etapa independenteak	1	4	4x
Iraupen denbora laburragoak	30 ordu	24 ordu	1,25x
30X HiFi giza genomak / urtean	88	1.300	15x orokorrean

Zerbitzu Abantailak

● 8 urte baino gehiagoko esperientzia PacBio sekuentziazio plataforman hainbat espezierekin itxitako milaka proiekturekin.

● Guztiz hornituta dagoen PacBio Sequencing plataforma berrienekin, Revio, sekuentziazio-ekarpen nahikoa bermatzeko.

● Erantzuteko denbora azkarragoa, datu-errendimendu handiagoa eta datu zehatzagoak.

● PacBio-n oinarritutako inpaktu handiko ehunka argitalpenetan lagundu zuen.

Lagin-baldintzak

Lagin mota

Zenbatekoa

Kontzentrazioa （Qubit®）

Bolumena

Garbitasuna

Beste batzuk

DNA genomikoa

Datu-eskakizunaren arabera

≥50 ng/μl

≥15μl

OD260/280=1,7-2,2;
OD260/230 = 1,8-2,5;
260 nm-ko gailur garbia,kutsadurarik ez

Kontzentrazioa Qubit eta Qubit/Nanopore = 0,8-2,5 neurtu behar da

RNA osoa

≥1,2μg

≥120 ng/μl

≥15μl

OD260/280=1,7-2,5;
OD260/230 = 0,5-2,5;kutsadurarik ez

RIN balioa ≥7,5

5≥28S/18S≥1

Zerbitzuaren lan-fluxua

Laginak prestatzea

Liburutegiaren eraikuntza

Sekuentziazioa

Datuen azterketa

Proiektuaren entrega

Aurrekoa: OEM fabrikatzailea Mrna Sequencing Zerbitzua - Koderik gabeko sekuentziazio luzea-Illumina - Biomarkatzailea

Hurrengoa: Illumina eta BGI

1.Etxeko Datuen Etekina

63 CCS zeluletatik sortutako datuak (26 espezietakoak)

DATUAK-PacBio-CCS-15 Kb	Batez bestekoa	Max	Min	Mediana
Errendimendua - azpiirakurketak (Gb)	421.12	544,27	221.38	426,58
Emandakoa - CCS (Gb)	25.93	38.59	10.86	25.43
Polimerasa N50	145.651	175.430	118.118	144.689
Azpiirakurketa N50	17.509	23.924	12.485	17.584
CCS N50	14.490	19.034	9.876	14.747
Batez besteko luzera-Polimerasa	67.995	89.379	49.664	66.433
Batez besteko luzera-Azpi-ogia	15.866	21.036	11.657	16.012
Batez besteko luzera-CCS	14.489	19.074	8.575	14.655

16 CLR zeluletatik sortutako datuak (76 espezietakoak)

DATUAK-PacBio-CLR-30Kb	Batez bestekoa	Max	Min	Mediana
Errendimendua - azpiirakurketak (Gb)	142.20	291,40	50,55	142,49
Polimerasa N50	39.456	121.191	15.389	35.231
Azpiirakurketa N50	28.490	41.012	14.430	29.063
Batez besteko luzera-Polimerasa	22.063	48.886	8.747	21.555
Batez besteko luzera-Azpi-ogia	17.720	27.225	8.293	17.779

2.Data QC - DemoDatuen etekinari buruzko estatistikak

Lagina	ccs Zenb. irakurtzen du	ccs oinarriak guztira (bp)	ccs irakurtzen du N50 (bp)	ccs Batez besteko luzera (bp)	ccs irakurketa luzeena (bp)	azpiirakurtzen ditu oinarriak (bp)	ccs tasa (%)
PB_BMKxxx	3.444.159	54.164.122.586	15.728	15.726	36.110	863.326.330.465	6.27