Produktuak

Luzera osoko mRNA sekuentziazioa -PacBio

Berrizluzerako transkriptomaren sekuentziazioa, izenez ere ezagunaBerrizIso-Seq-ek PacBio sekuentziadorearen abantailak hartzen ditu irakurketaren luzeran, eta horrek luzera osoko cDNA molekulen sekuentziazioa ahalbidetzen du inolako etenaldirik gabe.Honek transkripzioaren muntaketa-urratsetan sortutako akatsak guztiz saihesten ditu eta isoforma-mailako bereizmenarekin unigene multzoak eraikitzen ditu.Unigene multzo honek informazio genetiko indartsua eskaintzen du "erreferentzia genoma" gisa transkriptomo-mailan.Horrez gain, hurrengo belaunaldiko sekuentziazio datuekin konbinatuz, zerbitzu honek isoforma-mailako adierazpenaren kuantifikazio zehatza ahalbidetzen du.

Plataforma: PacBio Sequel II

Liburutegia: SMRT kanpai liburutegia

Jarri gurekin harremanetan

Zerbitzuaren xehetasunak

Demo emaitzak

Kasu Azterketa

Zerbitzu Abantailak

● Luzera osoko cDNA molekularen irakurketa zuzena 3'-muturretik 5'- muturreraino.

● Iso-forma mailako bereizmena sekuentzia-egituran

● Zehaztasun eta osotasun handiko transkripzioak

● Oso bateragarria den espezieekin

● Sekuentziazio ahalmen handia 4 PacBio Sequel II sekuentziazio plataformarekin hornituta

● Esperientzia handia Pacbio-n oinarritutako RNA sekuentziatzeko 700 proiektu baino gehiagotan

● BMKCloud-en oinarritutako emaitzak entrega: datu-meatzaritza pertsonalizatua eskuragarri dago plataforman.

● Salmenta osteko zerbitzuak 3 hilabeterako balio du proiektua amaitzean

Zerbitzuaren zehaztapenak

Plataforma: PacBio Sequel II

Sekuentziazio liburutegia: Poly A- aberastutako mRNA liburutegia

Gomendatutako datu-errendimendua: 20 Gb/lagin (espeziearen arabera)

FLNC (%): ≥% 75

*FLNC: Transzipzio ez-kimeriko luzeak

Bioinformatikako analisiak

● Datu gordinak prozesatzea

● Transkripzioaren identifikazioa

● Sekuentziaren egitura

● Adierazpenen Kuantifikazioa

● Funtzio-oharra

Lagin-baldintzak eta entrega

Lagin-baldintzak:

Nukleotidoak:

Konk. (ng/μl)

Kantitatea (μg)

Garbitasuna

Osotasuna

≥ 120

≥ 0,6

OD260/280=1,7-2,5

OD260/230=0,5-2,5

Gelan agertzen da proteina edo DNA kutsadura mugatua edo ez.

Landareetarako: RIN≥7,5;

Animalientzat: RIN≥8,0;

5.0≥ 28S/18S≥1.0;

Oinarrizko kota mugatua edo ez

Ehuna: Pisua (lehorra):≥1 g
*5 mg baino txikiagoak diren ehunetarako, izoztutako (nitrogeno likidoan) ehun lagina bidaltzea gomendatzen dugu.

Zelula esekidura:Gelaxka kopurua = 3×10⁶- 1×10⁷
* Izoztutako zelula lisatua bidaltzea gomendatzen dugu.Gelaxka hori 5×10 baino txikiagoa bada⁵, nitrogeno likidoan izoztutako flasha gomendatzen da, eta hori hobe da mikro erauzketarako.

Odol laginak:Bolumena ≥1 ml

Mikroorganismoa:Masa ≥ 1 g

Laginaren entrega gomendatua

Edukiontzia:
2 ml zentrifuga-hodi (ez da gomendagarria eztainu-papera)
Laginaren etiketatzea: Taldea+erreplika, adibidez, A1, A2, A3;B1, B2, B3....

Bidalketa:

1. Izotz lehorra: laginak poltsetan sartu eta izotz lehorrean lurperatu behar dira.
2. RNAstable hodiak: RNA laginak RNA egonkortzeko hodi batean lehortu daitezke (adib. RNAstable®) eta giro-tenperaturan bidal daitezke.

Zerbitzuaren Lan Fluxua

Esperimentuen diseinua

Laginaren entrega

RNA erauzketa

Liburutegiaren eraikuntza

Sekuentziazioa

Datuen azterketa

Salmenta osteko zerbitzuak

Aurrekoa: ARNm eukariotoen sekuentziazioa-Illumina

Hurrengoa: Luzera osoko mRNA sekuentziazioa-Nanoporoa

1.FLNC luzera banaketa

Irakurketa ez-kimerikoaren luzera (FLNC) cDNAren luzera adierazten du liburutegiaren eraikuntzan.FLNC luzeraren banaketa adierazle erabakigarria da liburutegien eraikuntzaren kalitatea ebaluatzeko.

mRNA-FLNC-irakurketa-luzera-banaketa

FLNC irakurri luzera banaketa

2.ORF eskualdeko luzera banaketa osoa

TransDecoder erabiltzen dugu proteina kodetzeko eskualdeak eta dagozkion aminoazido-sekuentziak aurreikusteko unigene-multzoak sortzeko, lagin guztietan erredundantea ez den transkripzio-informazio osoa duena.

mRNA-Osa-ORF-luzera-banaketa

ORF eskualdearen luzera banaketa osoa

3.KEGG bidearen aberastearen azterketa

Diferentzialki adierazitako transkripzioak (DET) identifika daitezke PacBioren sekuentziazio datuek sortutako luzera osoko transkripzio-multzoetan NGSn oinarritutako RNA sekuentziazio-datuak lerrokatuz.DET hauek hainbat analisi funtzionaletarako prozesatu daitezke, adibidez, KEGG bideen aberastearen azterketa.

mRNA-DEG-KEGG-bide-aberastea

DET KEGG bidearen aberastea -Dot plot

BMK kasua

Populus zurtoinaren transcriptomaren garapen-dinamika

Argitaratu: Landare Bioteknologia Aldizkaria, 2019

Sekuentziazio estrategia:
Lagin bilduma:zurtoin-eskualdeak: erpina, lehen entrenodoa (IN1), bigarren barnekodea (IN2), hirugarren barnekodea (IN3), barnekodea (IN4) eta barnekodea (IN5) Nanlin895etik
NGS-sekuentzia:15 indibiduoren RNA lagin biologiko gisa batu zen.Puntu bakoitzaren hiru erreplika biologiko prozesatu ziren NGS sekuentziarako
TGS-sekuentzia:Zurtoin-eskualdeak hiru eskualdetan banatu ziren, hau da, apex, IN1-IN3 eta IN4-IN5.Eskualde bakoitza PacBio sekuentziatzeko lau liburutegi motarekin prozesatu zen: 0-1 kb, 1-2 kb, 2-3 kb eta 3-10 kb.

Emaitza nagusiak

1.Guztira 87150 transkripzio luze identifikatu ziren, eta horietan, 2081 isoforma berri eta 62058 isoforma alternatibo berritzaile identifikatu ziren.
2.1187 lncRNA eta 356 fusio-gene identifikatu ziren.
3.Hazkunde primariotik bigarren mailako hazkuntzara, 995 diferentzialki adierazitako geneen 15838 transkripzio identifikatu ziren.DEG guztietan, 1216 transkripzio-faktoreak ziren, eta horietako gehienak oraindik ez dira jakinarazi.
4.GO aberaste azterketak zelulen zatiketaren eta oxidazio-erredukzio prozesuaren garrantzia agerian utzi zuen lehen eta bigarren mailako hazkuntzan.