Genomika Konparatua
Zerbitzu Abantailak
● Analisien pakete integrala, gehien eskatzen diren zortzi analisiak biltzen dituena
● Fidagarritasun handia analisian, emaitzen interpretazio zehatza eta erraz ulergarria izanik
● Ondo diseinatutako figurak argitaratzeko prest
● Gaitasun handiko bioinformatika-taldeak hainbat analisi pertsonalizatuen eskakizunak betetzen ditu
● Erantzuteko denbora laburragoa analisian zehaztasun handiagoarekin
● Esperientzia ugari 90 kasu arrakastatsu baino gehiagorekin argitaratutako inpaktu-faktore metatua 900etik gorakoa
Zerbitzuaren zehaztapenak
| Gutxi gorabeherako epea | Espezie kopurua | Azterketak |
| 30 lanegun | 6-12 | Gene-familia multzokatzea Gene-familiaren hedapena eta uzkurdura Zuhaitz filogenetikoa eraikitzea Dibergentzia denboraren estimazioa (fosilen kalibrazioa behar da) LTR sartzeko denbora (Landareetarako) Genoma osoa bikoiztea (Landareentzat) Presio selektiboa Sinteniaren analisia |
Bioinformatikako analisiak
● Gene familia
● Filogenetika
● Dibergentzia-denbora
● Presio selektiboa
● Sinteniaren analisia
Lagin-baldintzak eta entrega
Lagin-baldintzak:
Genomaren sekuentziazio eta muntaketa egiteko ehuna edo DNA
Ehunetarako
| Espezieak | Ehuna | Inkesta | PacBio CCS |
| Animalia | Ehun erraia | 0,5 ~ 1 g | ≥ 3,5 g |
| Muskulu-ehuna | |||
| ≥ 5,0 g | |||
| ≥ 5,0 ml | |||
| Ugaztunen odola | |||
| ≥ 0,5 ml | |||
| Hegazti/arrain odola | |||
| Landarea | Hosto Freskoa | 1 ~ 2 g | ≥ 5,0 g |
| Petalo/Zurtoina | 1 ~ 2 g | ≥ 10,0 g | |
| Erro/Hazia | 1 ~ 2 g | ≥ 20,0 g | |
| Zelulak | Zelula haziak | - | ≥ 1 x 108 |
Datuak
Erlazionatutako espezieen genomaren sekuentzia fitxategiak (.fasta) eta oharpen fitxategiak (.gff3)
Zerbitzuaren Lan Fluxua
Esperimentuen diseinua
Laginaren entrega
Liburutegiaren eraikuntza
Sekuentziazioa
Datuen azterketa
Salmenta osteko zerbitzuak
*Hemen erakusten diren demo-emaitzak Biomarker Technologies-ekin argitaratutako genometatik datoz
1.LTR txertatze-denboraren estimazioa: irudiak LTR-RT-ak txertatzeko denboran banaketa bimodal berezia erakusten du Weining zekalearen genoman, beste espezie batzuekin alderatuta.Azken gailurra duela 0,5 milioi urte inguru agertu zen.
Li Guang et al.,Naturaren Genetika, 2021
2.Filogenia eta gene-familiaren analisia chayotearen gainean (Sechium edule): Chayotearen eta geneen familiako beste 13 espezie erlazionatuta aztertuta, Chayote-a suge-kalabazarekin (Trichosanthes anguina) erlaziorik estuena zuela aurkitu zen.27-45 Mya inguruan suge-kalabaz eratorritako chayote eta genoma osoko bikoizketa (WGD) 25±4 Mya-n ikusi zen chayotean, hau da, cucuibitaceae-en hirugarren WGD gertaera.
Fu A et al.,Baratzezaintza Ikerketa, 2021
3.Sintenia analisia: fruituaren garapenean fitohormonekin erlazionatutako gene batzuk chayotean, suge-kalabazan eta kalabazan aurkitu ziren.Chayote eta squash-en arteko korrelazioa chayote eta suge-kalabazaren artekoa baino apur bat handiagoa da.
Fu A et al.,Baratzezaintza Ikerketa, 2021
4.Gene-familiaren analisia: G.thurberi eta G.davidsonii genometan gene-familiaren hedapenean eta uzkurtzean KEGG aberasteak erakutsi zuen esteroideen biosintesia eta brassinosteroidearen biosintesiarekin lotutako geneak zabaldu zirela.
Yang Z et al.,BMC Biologia, 2021
5.Genoma osoaren bikoizketa-analisia: 4DTV eta Ks banaketa-analisiak genoma osoa bikoizteko gertaera erakutsi du.Espezie barneko gailurrek bikoizketa-gertaerak erakutsi zituzten.Espezieen arteko gailurrek espeziazio-gertaerak erakutsi zituzten.Analisiak esan zuen oso erlazionatuta dauden beste hiru espezieekin alderatuz gero, O. europaea eskala handiko geneen bikoizketa jasan duela duela gutxi.
Rao G et al.,Baratzezaintza Ikerketa, 2021
BMK kasua
Arrosa pikorrik gabe: hezetasun-egokitzapenarekin lotutako ikuspegi genomikoak
Argitaratu: National Science Review, 2021
Sekuentziazio estrategia:
'BasyerenaArantzarik gabe' (R.Wichurainan) genoma:
Gutxi gorabehera.93 X PacBio + gutxi gorabehera.90 X Nanopore + 267 X Illumina
Emaitza nagusiak
1.Kalitate handiko R.wichuraiana genoma irakurketa luzeko sekuentziazio-teknikak erabiliz eraiki zen, 530,07 Mb-ko muntaia lortzen dutenak (estimatutako genomaren tamaina 525,9 Mb zen gutxi gorabehera fluxu zitometriaren arabera eta 525,5 genomaren inkestaren arabera); Heterozigositatea % 1,03 ingurukoa zen.BUSCOren puntuazioa % 93,9koa izan zen."Old blush" (haploOB)rekin alderatuta, genoma honen kalitatea eta osotasuna oinarri bakarreko zehaztasunarekin eta LTR muntaia indizearekin (LAI=20,03) baieztatu ziren.R.wichuraiana genomak 32.674 proteina kodetzen dituen gene ditu.
2.Multi-omics baterako analisiak, genomika konparatiboaz, transkriptomikaz, populazio genetikoaren QTL analisiaz osatua, R. wichuraiana eta Rosa chinensis-en arteko espeziazio erabakigarria agerian utzi zuen.Gainera, QTL-n erlazionatutako geneen espresio-aldakuntza zurtoinaren prickle-ren ereduarekin erlazionatuta egon liteke.
Basye;s Thornless eta Rosa chinensis-en arteko genomikaren analisi konparatiboak, sinteniaren analisia, gene-familia multzoa, hedapena eta uzkurdura-analisia barne, aldakuntza ugari agerian utzi zituen, arrosen ezaugarri erabakigarriekin zerikusia dutenak.NAC eta FAR1/FRS geneen familiako hedapen berezia oso litekeena zen puntu beltzen aurkako erresistentziarekin lotzea.
BT eta haploOB genomaren arteko genomikaren analisi konparatiboa.
Zhong, M., et al."Arrosorik gabeko arrosa: hezetasun-egokitzapenarekin lotutako ikuspegi genomikoak"National Science Review, 2021;, nwab092.
