Bulked Segregant analisia
Zerbitzu Abantailak
Takagi et al., The plant journal, 2013
● Lokalizazio zehatza: 30 + 30 eta 200 + 200 pertsonarekin ontziratuak nahastea hondoko zarata minimizatzeko;mutante ez-sinonimoetan oinarritutako eskualde hautagaien iragarpena.
● Azterketa integrala: gene hautagaiaren funtzioen oharpen sakona, NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG, etab.
● Erantzuteko denbora azkarragoa: geneen lokalizazio azkarra 45 lanegunetan.
● Esperientzia zabala: BMK-k milaka ezaugarriren lokalizazioan lagundu du, hainbat espezie barne hartuta: laboreak, uretako produktuak, basoak, loreak, fruituak, etab.
Zerbitzuaren zehaztapenak
Biztanleria:
Fenotipo kontrajarriak dituzten gurasoen ondorengoak bereiztea.
adib. F2 ondorengoak, Backcrossing (BC), Birkonbinazio endogamia-lerroa (RIL)
Nahasketa igerilekua
Ezaugarri kualitatiboetarako: 30 eta 50 banako (gutxienez 20)/masa
Tratis kuantitatiboetarako: populazio osoan muturreko fenotipoak dituzten %5 eta %10eko indibiduo nagusiak (gutxienez 30+30).
Sekuentziazio-sakonera gomendatua
Gutxienez 20X/guraso eta 1X/kume-banako (adibidez, 30+30 banakako ondorengoen nahasketa-igerilekuan, sekuentziazio-sakonera 30X izango da multzo bakoitzeko)
Bioinformatikako analisiak
● Genoma osoaren birsekuentziazioa
● Datuen tratamendua
● SNP/Indel deia
● Hautagaien eskualdeko emanaldia
● Hautagaien gene-funtzioaren oharpena
Lagin-baldintzak eta entrega
Lagin-baldintzak:
Nukleotidoak:
| gDNA lagina | Ehun-lagina |
| Kontzentrazioa: ≥30 ng/μl | Landareak: 1-2 g |
| Kantitatea: ≥2 μg (Bolumena ≥15 μl) | Animaliak: 0,5-1 g |
| Garbitasuna: OD260/280= 1,6-2,5 | Odol osoa: 1,5 ml |
Zerbitzuaren Lan Fluxua
Esperimentuen diseinua
Laginaren entrega
RNA erauzketa
Liburutegiaren eraikuntza
Sekuentziazioa
Datuen azterketa
Salmenta osteko zerbitzuak
1.Elkarteen analisiaren oinarria Euklidean Distantzian (ED) eskualde hautagaia identifikatzeko.Hurrengo irudian
X ardatza: Kromosoma zenbakia;Puntu bakoitzak SNP baten ED balio bat adierazten du.Lerro beltza egokitutako ED balioari dagokio.ED balio handiagoak gunearen eta fenotipoaren arteko lotura esanguratsuagoa adierazten du.Marra gorriak asoziazio esanguratsuaren atalasea adierazten du.
2.SNP-indizerik gabeko elkarteen analisia
X ardatza: Kromosoma zenbakia;Puntu bakoitzak SNP-indizearen balioa adierazten du.Lerro beltzak SNP-indizearen balio egokitua adierazten du.Zenbat eta balioa handiagoa izan, orduan eta esanguratsuagoa da elkartea.
BMK kasua
Fnl7.1 ezaugarri kuantitatiboko efektu nagusiak pepinoaren fruitu lepoaren luzerarekin lotutako enbriogenesi berantiarreko proteina ugaria kodetzen du.
Argitaratu: Landare Bioteknologia Aldizkaria, 2020
Sekuentziazio estrategia:
Gurasoak (Jin5-508, YN): genoma osoa birsekuentziatzea 34× eta 20×-rako.
DNA-igerilekuak (50 lepo luze eta 50 lepo labur): 61× eta 52×-rako birsekuentziazioa
Emaitza nagusiak
Azterketa honetan, populazio bereizketa (F2 eta F2: 3) lepo luzeko pepino lerroa Jin5-508 eta lepo laburreko YN zeharkatuz sortu zen.Muturreko lepo luzeko 50 pertsona eta muturreko lepo motzeko 50 gizabanakok bi DNA-igerileku eraiki zituzten.Efektu nagusiko QTL Chr07-n identifikatu zen BSA analisiaren eta QTL mapeo tradizionalaren bidez.Eskualde hautagaia gehiago murriztu zen mapeo finaren, gene-adierazpenaren kuantifikazioaren eta esperimentu transgenikoen bidez, lepoaren luzera kontrolatzeko gene gakoa agerian utzi zutenak, CsFnl7.1.Horrez gain, CsFnl7.1 eskualde sustatzaileko polimorfismoa dagokion adierazpenarekin lotuta zegoela aurkitu zen.Azterketa filogenetiko gehiagok iradoki zuen Fnl7.1 locus-a oso litekeena dela Indiatik sortua izatea.
 QTL-mapping BSA analisian pepinoaren lepoaren luzerari lotutako eskualde hautagaia identifikatzeko |  Chr07-n identifikatutako pepino lepoko QTL-ren LOD profilak |
Xu, X., et al."Fnl7.1 ezaugarri kuantitatiboko efektu nagusiak pepinoaren fruitu lepoaren luzerarekin lotutako enbriogenesi berantiarreko proteina ugaria kodetzen du".Landare Bioteknologia aldizkaria 18.7 (2020).
