16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Zerbitzu Abantailak
● Irakurketa luzeak 16S/18S/ITS-ren sekuentzia luzea erakusten dutenak
● Oinarrizko deiak oso zehatzak PacBio CCS moduaren sekuentziazioarekin
● Espezie mailako bereizmena OTU/ASV oharpenean
● Azken QIIME2-ren analisi-fluxua datu-baseari, oharpenei, OTU/ASVri dagokionez hainbat analisirekin.
● Hainbat mikrobio-komunitate ikerketetarako aplikagarria
● BMK-k esperientzia zabala du urtean 100.000 lagin baino gehiagorekin, lurra, ura, gasa, lohiak, gorotzak, hesteak, azala, hartzidura-salda, intsektuak, landareak, etab.
● BMKCloud-ek 45 analisi-tresna pertsonalizatu zituen datuen interpretazioa erraztu zuen
Zerbitzuaren zehaztapenak
| SekuentziazioaPlataforma | Liburutegia | Gomendatutako datuak | Erantzun Denbora |
| PacBio Sequel II | SMRT-kanpaia | 5K/10K/20K etiketak | 44 lanegun |
Bioinformatikako analisiak
● Datu gordinak kalitate kontrola
● OTU clustering/De-noise (ASV)
● OTU oharpena
● Alfa aniztasuna
● Beta aniztasuna
● Taldeen arteko analisia
● Faktore esperimentalen aurkako elkartze-analisia
● Funtzio geneen iragarpena
Lagin-baldintzak eta entrega
Lagin-baldintzak:
Izan ereDNAren laburpenak:
| Lagin mota | Zenbatekoa | Kontzentrazioa | Garbitasuna |
| DNAren laburpenak | ＞ 1 μg | > 20 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Ingurumen laginetarako:
| Lagin mota | Gomendatutako laginketa-prozedura |
| Lurzorua | Laginketa kopurua: gutxi gorabehera.5 g;Gainontzeko substantzia ihartua gainazaletik kendu behar da;Pieza handiak xehatu eta 2 mm-ko iragazkitik pasatu;Alikuota laginak EP-hodi antzuetan edo zirohodietan erreserbatzeko. |
| Gorotzak | Laginketa kopurua: gutxi gorabehera.5 g;Bildu eta alikuota laginak EP-hodi edo kriohodi antzuetan erreserbatzeko. |
| Hesteetako edukiak | Laginak baldintza aseptikoetan prozesatu behar dira.Garbitu bildutako ehuna PBSarekin;Zentrifugatu PBS eta bildu hauspeatzailea EP-hodietan. |
| Lohiak | Laginketa kopurua: gutxi gorabehera.5 g;Bildu eta lohi-lagina EP-hodi antzuan edo kriotudian erreserbatzeko |
| Ur-gorputza | Mikrobio kopuru mugatua duten laginetarako, hala nola iturriko ura, putzu-ura, etab., jaso gutxienez 1 L ur eta pasa 0,22 μm-ko iragazkia mintzean mikrobioak aberasteko.Gorde mintza hodi esterila batean. |
| Azala | Kontu handiz urratu larruazaleko gainazala kotoizko kotoiarekin edo pala kirurgikoarekin eta jarri hodi esterila batean. |
Laginaren entrega gomendatua
Izoztu laginak nitrogeno likidoan 3-4 orduz eta gorde nitrogeno likidoan edo -80 gradu epe luzerako erreserbarako.Laginak izotz lehorrekin bidaltzea beharrezkoa da.
Zerbitzuaren Lan Fluxua
Laginaren entrega
Liburutegiaren eraikuntza
Sekuentziazioa
Datuen azterketa
Salmenta osteko zerbitzuak
1.V3+V4(Illumina) oinarritutako mikrobioen komunitatearen profilaren ohartarazpen-tasa vs. luzera (PacBio) oinarritutako profila.
(Ausaz hautatutako 30 proiekturen datuak aplikatu ziren estatistiketarako)
2. Luzera osoko anplikoien sekuentziazio-tasa espezie-mailan lagin mota desberdinetan
3.Espezieen banaketa
4.Zuhaitz filogenetikoa
BMK kasua
Artsenikoaren esposizioak heste-hesiaren kalteak eragiten ditu eta ondorioz heste-gibelaren ardatzaren aktibazioa eragiten du ahateetan gibelaren hantura eta piroptosia.
Argitaratu:Ingurumen osoaren Zientzia,2021
Sekuentziazio estrategia:
Laginak: Kontrola vs 8 mg/kg ATO jasandako taldea
Sekuentziazio datuen etekina: 102.583 CCS sekuentzia gordinak guztira
Kontrola: 54.518 ± 747 CCS eraginkorra
ATOren eraginpean: 45.050 ± 1675 CCS eraginkorra
Emaitza nagusiak
Alfa aniztasuna:ATO esposizioak nabarmen aldatu zuen hesteetako mikrobioen aberastasuna eta aniztasuna ahateetan.
Metastatikoak aztertzea:
Filum mailan: 2 bakterio phyla kontrol-taldeetan bakarrik detektatu dira
Genero mailan: 6 genero ugaritasun erlatiboan nabarmen desberdinak aurkitu ziren
Espezie mailan: 36 espezie identifikatu ziren guztira, horietako 6 nabarmen desberdinak biziberritzeko ugaritasunean.
Erreferentzia
Thingholm, LB, et al."2 motako diabetesa duten eta ez duten obesoek hesteetako mikrobioen gaitasun funtzional eta konposizio desberdinak erakusten dituzte".Zelula ostalaria eta mikrobioa26.2 (2019).
