16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Zerbitzu Abantailak
● Ingurugiro-laginetan mikrobioen konposizioa isolatu gabe eta azkar identifikatzea
● Bereizmen handia ingurumen-laginetan ugaritasun gutxiko osagaietan
● Azken QIIME2-ren analisi-fluxua datu-baseari, oharpenei, OTU/ASVri dagokionez hainbat analisirekin.
● Errendimendu handikoa, zehaztasun handiagoa
● Hainbat mikrobio-komunitate ikerketetarako aplikagarria
● BMK-k esperientzia zabala du urtean 100.000 lagin baino gehiagorekin, lurra, ura, gasa, lohiak, gorotzak, hesteak, azala, hartzidura-salda, intsektuak, landareak, etab.
● BMKCloud-ek 45 analisi-tresna pertsonalizatu zituen datuen interpretazioa erraztu zuen
Zerbitzuaren zehaztapenak
| SekuentziazioaPlataforma | Liburutegia | Gomendatutako datuen etekina | Gutxi gorabeherako epea |
| Illumina NovaSeq plataforma | PE250 | 50K/100K/300K etiketak | 30 Egun |
Bioinformatikako analisiak
● Datu gordinak kalitate kontrola
● OTU clustering/De-noise (ASV)
● OTU oharpena
● Alfa aniztasuna
● Beta aniztasuna
● Taldeen arteko analisia
● Faktore esperimentalen aurkako elkartze-analisia
● Funtzio geneen iragarpena
Lagin-baldintzak eta entrega
Lagin-baldintzak:
Izan ereDNAren laburpenak:
| Lagin mota | Zenbatekoa | Kontzentrazioa | Garbitasuna |
| DNAren laburpenak | > 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Ingurumen laginetarako:
| Lagin mota | Gomendatutako laginketa-prozedura |
| Lurzorua | Laginketa kopurua: gutxi gorabehera.5 g;Gainontzeko substantzia ihartua gainazaletik kendu behar da;Pieza handiak xehatu eta 2 mm-ko iragazkitik pasatu;Alikuota laginak EP-hodi antzuetan edo zirohodietan erreserbatzeko. |
| Gorotzak | Laginketa kopurua: gutxi gorabehera.5 g;Bildu eta alikuota laginak EP-hodi edo kriohodi antzuetan erreserbatzeko. |
| Hesteetako edukiak | Laginak baldintza aseptikoetan prozesatu behar dira.Garbitu bildutako ehuna PBSarekin;Zentrifugatu PBS eta bildu hauspeatzailea EP-hodietan. |
| Lohiak | Laginketa kopurua: gutxi gorabehera.5 g;Bildu eta lohi-lagina EP-hodi antzuan edo kriotudian erreserbatzeko |
| Ur-gorputza | Mikrobio kopuru mugatua duten laginetarako, hala nola iturriko ura, putzu-ura, etab., jaso gutxienez 1 L ur eta pasa 0,22 μm-ko iragazkia mintzean mikrobioak aberasteko.Gorde mintza hodi esterila batean. |
| Azala | Kontu handiz urratu larruazaleko gainazala kotoizko kotoiarekin edo pala kirurgikoarekin eta jarri hodi esterila batean. |
Laginaren entrega gomendatua
Izoztu laginak nitrogeno likidoan 3-4 orduz eta gorde nitrogeno likidoan edo -80 gradu epe luzerako erreserbarako.Laginak izotz lehorrekin bidaltzea beharrezkoa da.
Zerbitzuaren Lan Fluxua
Laginaren entrega
Liburutegiaren eraikuntza
Sekuentziazioa
Datuen azterketa
Salmenta osteko zerbitzuak
1.Espezieen banaketa
2.Bero-mapa: Espezieen aberastasunaren multzokatzea
3.Fakzioaren kurba arraroa
4.NMDS azterketa
5.Lefse azterketa
BMK kasua
2 motako diabetesa duten eta ez duten gizabanako obesoek hesteetako mikrobioen gaitasun funtzional eta konposizio desberdinak erakusten dituzte
Argitaratu:Zelula ostalaria eta mikrobioa, 2019
Sekuentziazio estrategia:
Diabetesa ez argala (n=633);obesoa ez-diabetesa (n=494);Obesitatea-2 motako diabetesa (n=153);
Helburuko eskualdea: 16S rDNA V1-V2
Plataforma: Illumina Miseq (NGS-en oinarritutako anplikoien sekuentziazioa)
DNAren laburpenen azpimultzoa Illumina Hiseq-en sekuentziazio metagenomikoa jasan zuten
Emaitza nagusiak
Gaixotasun metaboliko hauen mikrobio-profilak arrakastaz bereizi ziren.
16S sekuentziazioak sortutako mikrobioen ezaugarriak alderatuz, obesitatea mikrobioen konposizioan, ezaugarri indibidualetan, batez ere Akkermansia, Faecalibacterium, Oscillibacter, Alistipes, eta abarretako aldaketekin lotuta zegoela aurkitu zen. .
Erreferentzia
Thingholm, LB, et al."2 motako diabetesa duten eta ez duten obesoek hesteetako mikrobioen gaitasun funtzional eta konposizio desberdinak erakusten dituzte".Zelula ostalaria eta mikrobioa26.2 (2019).
