Terve transkriptoomi järjestus – Illumina
Funktsioonid
● Kahekordne raamatukogu täieliku transkriptoomi järjestamiseks: rRNA ammendumine, millele järgneb PE150 raamatukogu ettevalmistamine ja suuruse valik, millele järgneb SE50 raamatukogu ettevalmistamine
● mRNA, lncRNA, tsircRNA ja miRNA täielik bioinformaatika analüüs eraldi bioinformaatika aruannetes
● Kogu RNA ekspressiooni ühine analüüs kombineeritud aruandes, sealhulgas ceRNA võrkude analüüs.
Teenuse eelised
●Regulatiivsete võrgustike süvaanalüüs: ceRNA võrguanalüüsi võimaldab mRNA, lncRNA, tsirRNA ja miRNA ühine sekveneerimine ning põhjalik bioinformaatiline töövoog.
●Põhjalik annotatsioon: kasutame erinevalt ekspresseeritud geenide (DEG) funktsionaalseks märkimiseks ja vastava rikastamisanalüüsi tegemiseks mitut andmebaasi, mis annab ülevaate transkriptoomivastuse aluseks olevatest raku- ja molekulaarsetest protsessidest.
●Laialdased teadmised: meie meeskond on edukalt lõpetanud üle 2000 terve transkriptsiooniprojekti erinevates uurimisvaldkondades ja toob igasse projekti kaasa hulgaliselt kogemusi.
●Range kvaliteedikontroll: rakendame põhilisi kontrollpunkte kõigis etappides, alates proovide ja raamatukogu ettevalmistamisest kuni järjestamise ja bioinformaatikani.See hoolikas jälgimine tagab püsivalt kvaliteetsete tulemuste saavutamise.
● Põhjalik annotatsioon: kasutame erinevalt ekspresseeritud geenide (DEG) funktsionaalseks märkimiseks ja vastava rikastamisanalüüsi tegemiseks mitut andmebaasi, mis annab ülevaate transkriptoomivastuse aluseks olevatest raku- ja molekulaarsetest protsessidest.
●Müügijärgne tugi: Meie kohustus ulatub 3-kuulise müügijärgse teenindusperioodiga kaugemale kui projekti lõpetamine.Selle aja jooksul pakume projekti järelmeetmeid, tõrkeotsingu abi ning küsimuste ja vastuste seansse, et vastata tulemustega seotud küsimustele
Näidisnõuded ja kohaletoimetamine
| Raamatukogu | Järjestusstrateegia | Soovitatavad andmed | Kvaliteedi kontroll |
| rRNA ammendunud | Illumina PE150 | 16 Gb | Q30≥85% |
| Suurus valitud | Illumina SE50 | 10-20 miljonit lugemist |
Näidisnõuded:
Nukleotiidid:
| Kontsentr. (ng/μl) | Kogus (μg) | Puhtus | Terviklikkus |
| ≥ 100 | ≥ 1 | OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 Geelil näidatud valgu- või DNA-saaste on piiratud või puudub üldse. | Taimed: RIN≥6,5 Loom: RIN≥7,0 5,0≥28S/18S≥1,0; algtaseme tõus on piiratud või puudub |
Soovitatav näidiste kohaletoimetamine
Konteiner:
2 ml tsentrifuugitoru (tinafoolium ei ole soovitatav)
Näidismärgistus: rühm+kordus nt A1, A2, A3;B1, B2, B3.....
Saadetis:
1. Kuivjää: proovid tuleb pakkida kottidesse ja matta kuivjäässe.
2. RNA-stabiilsed torud: RNA proove saab kuivatada RNA stabiliseerimiskatsutis (nt RNAstable®) ja tarnida toatemperatuuril.
Teeninduse töövoog
Katsekujundus
Näidiste kohaletoimetamine
RNA ekstraheerimine
Raamatukogu ehitus
Järjestus
Andmete analüüs
Müügijärgsed teenused
Bioinformaatika
RNA ekspressiooni ülevaade
Erinevalt ekspresseeritud geenid
ceRNA analüüs
Erinevalt ekspresseeritud miRNA-d ja nendega seotud RNA-d
Tutvuge BMKGene'i kogu transkriptsioonide järjestamise teenustega seotud teadusuuringute edusammudega kureeritud väljaannete kogumise kaudu.
Dai, Y. et al.(2022) "MRNA-de, lncRNA-de ja miRNA-de põhjalikud ekspressiooniprofiilid RNA-sekveneerimisega tuvastatud Kashin-Becki tõve korral", Molecular Omics, 18(2), lk 154–166.doi: 10.1039/D1MO00370D.
Liu, N. nan et al.(2022) "Apis cerana külmakindluse täispikk transkriptoomide analüüs Changbai mäestikus talvitumisperioodil." Gene, 830, lk 146503–146503.doi: 10.1016/J.GENE.2022.146503.
Wang, XJ jt.(2022) „Konkureerivate endogeensete RNA regulatsioonivõrkude mitmekülgne integreerimine väikerakulise kopsuvähi korral: molekulaarsed omadused ja ravimikandidaadid”, Frontiers in Oncology, 12, lk.904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xu, P. et al.(2022) „LncRNA/circRNA-miRNA-mRNA ekspressiooniprofiilide integreeritud analüüs näitab uudseid teadmisi võimalikest mehhanismidest vastuseks juuresõlme nematoodidele maapähklis”, BMC Genomics, 23(1), lk 1–12.doi: 10.1186/S12864-022-08470-3/FIGURES/7.
Yan, Z. et al.(2022) „Terve transkriptoomiline RNA sekveneerimine tõstab esile molekulaarsed mehhanismid, mis on seotud brokoli koristusjärgse kvaliteedi säilitamisega punase LED-kiirguse abil”, Postharvest Biology and Technology, 188, lk.111878. doi: 10.1016/J.POSTHARVBIO.2022.111878.
