-
Täispikk mRNA sekveneerimine-nanopore
RNA sekveneerimine on olnud igakülgse transkriptoomianalüüsi hindamatu vahend.Kahtlemata saavutas traditsiooniline lühikese lugemise järjestus siin mitmeid olulisi arenguid.Sellegipoolest puutub see sageli kokku piirangutega täispika isovormi tuvastamisel, kvantifitseerimisel ja PCR-i nihkes.
Nanopooride sekveneerimine eristub teistest sekveneerimisplatvormidest selle poolest, et nukleotiide loetakse otse ilma DNA sünteesita ja see tekitab pika lugemise kümnete kiloalustega.See võimaldab otselugemist täispikkade ärakirjade ületamiseks ja isovormi taseme uuringute väljakutsetega tegelemiseks.
Platvorm:Nanopore PromethION
Raamatukogu:cDNA-PCR
-
De novo Täispikk transkriptoomi sekveneerimine - PacBio
De novotäispikk transkriptoomide järjestamine, tuntud ka kuiDe novoIso-Seq kasutab PacBio sekvenseri eeliseid lugemispikkuses, mis võimaldab järjestada täispikka cDNA molekule ilma pausideta.See väldib täielikult transkriptsiooni koostamise etappides tekkivaid vigu ja loob unigeensed komplektid isovormi tasemel eraldusvõimega.Need unigeensed komplektid pakuvad transkriptoomi tasemel võimsat geneetilist teavet "võrdlusgenoomina".Lisaks annab see teenus kombineerituna järgmise põlvkonna järjestusandmetega isovormi tasemel ekspressiooni täpseks kvantifitseerimiseks.
Platvorm: PacBio Sequel IIRaamatukogu: SMRT kellade raamatukogu -
Eukarüootne mRNA sekveneerimine - Illumina
mRNA sekveneerimine võimaldab profileerida kõiki rakkudest transkripteeritud mRNA-sid spetsiifilistes tingimustes.See on võimas tehnoloogia geeniekspressiooniprofiili, geenistruktuuride ja teatud bioloogiliste protsesside molekulaarsete mehhanismide paljastamiseks.Praeguseks on mRNA sekveneerimist laialdaselt kasutatud alusuuringutes, kliinilises diagnostikas, ravimite väljatöötamises jne.
Platvorm: Illumina NovaSeq 6000
-
Mitteviitepõhine mRNA sekveneerimine - Illumina
mRNA sekveneerimine kasutab järgmise põlvkonna sekveneerimistehnikat (NGS), et püüda eukarüoodist sõnumitooja RNA (mRNA) kindlal perioodil, mil mõned erifunktsioonid aktiveerivad.Pikimat splaissitud transkripti nimetati Unigene'iks ja seda kasutati järgneva analüüsi võrdlusjärjestusena, mis on tõhus vahend liikide molekulaarse mehhanismi ja regulatiivse võrgustiku uurimiseks ilma viiteta.
Pärast transkriptsiooniandmete kogumist ja unigeenset funktsionaalset annotatsiooni
(1) Eelnevalt tehakse SNP analüüs, SSR analüüs, CDS ennustus ja geeni struktuur.
(2) Igas proovis tehakse unigeense ekspressiooni kvantifitseerimine.
(3) Proovide (või rühmade) erinevalt ekspresseeritud unigeenid avastatakse unigeense ekspressiooni põhjal
(4) Tehakse diferentsiaalselt ekspresseeritud unigeenide klasterdamine, funktsionaalne annotatsioon ja rikastusanalüüs
-
Pikk mittekodeeriv järjestus-Illumina
Pikad mittekodeerivad RNA-d (lncRNA-d) on RNA molekulide tüüp, mille pikkus ületab 200 nt ja mida iseloomustab äärmiselt madal kodeerimispotentsiaal.LncRNA-d kui mittekodeerivate RNA-de võtmeliiget leidub peamiselt tuumas ja plasmas.Sekveneerimistehnoloogia ja bioinformatika areng võimaldab tuvastada arvukalt uudseid lncRNA-sid ja seostada neid bioloogiliste funktsioonidega.Kuhjuvad tõendid viitavad sellele, et lncRNA on laialdaselt seotud epigeneetilise regulatsiooni, transkriptsiooni regulatsiooni ja transkriptsioonijärgse regulatsiooniga.
-
Väikese RNA sekveneerimine - Illumina
Väike RNA viitab mittekodeerivate RNA molekulide klassile, mille pikkus on tavaliselt alla 200 nt, sealhulgas mikro-RNA (miRNA), väike interferents-RNA (siRNA) ja piwi-interakteeruv RNA (piRNA).
MikroRNA (miRNA) on endogeensete väikeste RNA-de klass pikkusega umbes 20–24 nt, mis mängib rakkudes mitmesuguseid olulisi reguleerivaid rolle.miRNA osaleb paljudes eluprotsessides, mis paljastavad koe spetsiifilise ja staadiumispetsiifilise ekspressiooni ning on erinevates liikides väga konserveerunud.
-
tsircRNA sekveneerimine-Illumina
Terve transkriptoomi sekveneerimine on mõeldud igat tüüpi RNA molekulide, sealhulgas kodeerivate (mRNA) ja mittekodeerivate RNA-de (sealhulgas lncRNA, tsircRNA ja miRNA) profileerimiseks, mida transkribeerivad teatud rakud teatud ajahetkel.Terve transkriptoomi sekveneerimise, tuntud ka kui "RNA kogujärjestuse" eesmärk on paljastada ulatuslikud regulatiivsed võrgustikud transkriptsiooni tasemel.NGS-tehnoloogiat kasutades on tseRNA analüüsiks ja ühiseks RNA analüüsiks saadaval tervete transkriptoomiproduktide järjestused, mis on esimene samm funktsionaalse iseloomustamise suunas.TsircRNA-miRNA-mRNA-põhise tseRNA regulatiivse võrgu paljastamine.
-
Terve transkriptoomi järjestus – Illumina
Terve transkriptoomi sekveneerimine on mõeldud igat tüüpi RNA molekulide, sealhulgas kodeerivate (mRNA) ja mittekodeerivate RNA-de (sealhulgas lncRNA, tsircRNA ja miRNA) profileerimiseks, mida transkribeerivad teatud rakud teatud ajahetkel.Terve transkriptoomi sekveneerimise, tuntud ka kui "RNA kogujärjestuse" eesmärk on paljastada ulatuslikud regulatiivsed võrgustikud transkriptsiooni tasemel.NGS-tehnoloogiat kasutades on tseRNA analüüsiks ja ühiseks RNA analüüsiks saadaval tervete transkriptoomiproduktide järjestused, mis on esimene samm funktsionaalse iseloomustamise suunas.TsircRNA-miRNA-mRNA-põhise tseRNA regulatiivse võrgu paljastamine.
-
Prokarüootse RNA sekveneerimine
Prokarüootse RNA sekveneerimine kasutab järgmise põlvkonna sekveneerimist (NGS), et paljastada RNA olemasolu ja kogus antud hetkel, analüüsides muutuvat raku transkriptoomi.Meie ettevõtte prokarüootse RNA sekveneerimine on suunatud konkreetselt referentsgenoomidega prokarüootidele, pakkudes teile transkriptoomiprofiilide koostamist, geenistruktuuri analüüsi jne. Seda on laialdaselt kasutatud alusteaduste uuringutes, ravimite uurimis- ja arendustegevuses ning mujal.
Platvorm: Illumina NovaSeq 6000
-
Metatranskriptoomide järjestamine
Metatranskriptoomiline sekveneerimine tuvastab mikroobide (nii eukarüootide kui ka prokarüootide) geeniekspressiooni looduslikus keskkonnas (st pinnases, vees, meres, väljaheites ja soolestikus). Täpsemalt võimaldab see teenus hankida komplekssete mikroobikoosluste geeniekspressiooni profiile ja taksonoomilist analüüsi. liikide, erinevalt ekspresseeritud geenide funktsionaalse rikastamise analüüsi ja palju muud.
Platvorm: Illumina NovaSeq 6000
