Spetsiifilise lookusega võimendatud fragmentide järjestus (SLAF-Seq)
Teenuse üksikasjad
Tehniline skeem
Töövoog
Teenuse eelised
Kõrge markerite avastamise efektiivsus- Suure läbilaskevõimega sekveneerimistehnoloogia aitab SLAF-Seqil avastada sadu tuhandeid silte kogu genoomist.
Madal sõltuvus genoomist- Seda saab rakendada liikide puhul kas võrdlusgenoomiga või ilma.
Paindlik skeemide disain- Ühe ensüümi, kahe ensüümi, mitme ensüümi seedimist ja erinevat tüüpi ensüüme saab valida erinevate uurimiseesmärkide või liikide rahuldamiseks.Ensüümi optimaalse disaini tagamiseks kasutatakse in silico eelhindamist.
Tõhus ensümaatiline seedimine- Tingimuste optimeerimiseks viidi läbi eelkatse, mis muudab ametliku katse stabiilseks ja usaldusväärseks.Fragmentide kogumise efektiivsus võib saavutada üle 95%.
Ühtlaselt jaotatud SLAF-i sildid- SLAF-märgised on kõigis kromosoomides kõige suuremal määral jaotunud ühtlaselt, saavutades keskmiselt 1 SLAF-i 4 kb kohta.
Tõhus korduste vältimine- Korduv järjestus SLAF-Seq andmetes on vähendatud alla 5%, eriti liikide puhul, millel on palju kordusi, nagu nisu, mais jne.
Laialdased kogemused-Üle 2000 suletud SLAF-Seq projekti sadade liikide kohta, mis hõlmavad taimi, imetajaid, linde, putukaid, veeorganisme jne.
Ise välja töötatud bioinformaatiline töövoog- BMKGENE töötas välja SLAF-Seq integreeritud bioinformaatilise töövoo, et tagada lõppväljundi usaldusväärsus ja täpsus.
Teenuse spetsifikatsioonid
| Platvorm | Kontsentr. (ng/gl) | Kokku (ug) | OD260/280 |
| Illumina NovaSeq | >35 | >1.6(Maht>15μl) | 1,6-2,5 |
Soovitatav järjestusstrateegia
Järjestussügavus: 10X/silt
| Genoomi suurus | Soovitatavad SLAF-i sildid |
| < 500 Mb | 100K või WGS |
| 500 Mb - 1 Gb | 100 K |
| 1 Gb - 2 Gb | 200 K |
| Hiiglaslikud või keerulised genoomid | 300-400 tuhat |
| Rakendused
| Soovitatav Rahvastiku skaala
| Järjestusstrateegia ja sügavus
| |
| Sügavus
| Sildi number
| ||
| GWAS
| Proovide arv ≥ 200
| 10X
|
Vastavalt genoomi suurus
|
| Geneetiline evolutsioon
| Iga üksikisikud alarühm ≥ 10; proovid kokku ≥ 30
| 10X
| |
Soovitatav näidiste kohaletoimetamine
Mahuti: 2 ml tsentrifuugitoru
Enamiku proovide puhul soovitame mitte säilitada etanoolis.
Näidiste märgistus: proovid peavad olema selgelt märgistatud ja identsed esitatud näidisandmete vormiga.
Saatmine: kuivjää: proovid tuleb esmalt kottidesse pakkida ja kuivjäässe matta.
Teeninduse töövoog
QC näidis
Pilootkatse
SLAF-katse
Raamatukogu ettevalmistamine
Järjestus
Andmete analüüs
Müügijärgsed teenused
1. Kaarditulemuse statistika
2. SLAF-i markeri väljatöötamine
3. Variatsiooniannotatsioon
| aasta | Ajakiri | IF | Pealkiri | Rakendused |
| 2022. aasta | Looduskommunikatsioonid | 17.694 | Puupojengi giga-kromosoomide ja giga-genoomi genoomne alus Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015. aasta | Uus fütoloog | 7.433 | Kodustamise jalajäljed ankurdavad agronoomilise tähtsusega genoomseid piirkondi sojaoad | SLAF-GWAS |
| 2022. aasta | Teadusuuringute ajakiri | 12.822 | Gossypium barbadense'i kogu genoomi hõlmav kunstlik introgressioon G. hirsutum'i paljastavad paremad lookused puuvillakiu kvaliteedi ja saagise samaaegseks parandamiseks tunnused | SLAF-Evolutsiooniline geneetika |
| 2019 | Molekulaarne taim | 10.81 | Populatsiooni genoomianalüüs ja De Novo assamblee paljastavad Weedy päritolu Riis kui evolutsiooniline mäng | SLAF-Evolutsiooniline geneetika |
| 2019 | Loodusgeneetika | 31.616 | Karpkala Cyprinus carpio genoomijärjestus ja geneetiline mitmekesisus | SLAF-ühenduse kaart |
| 2014. aasta | Loodusgeneetika | 25.455 | Kultiveeritud maapähkli genoom annab ülevaate kaunviljade karüotüüpidest, polüploidsetest evolutsioon ja põllukultuuride kodustamine. | SLAF-ühenduse kaart |
| 2022. aasta | Taimede biotehnoloogia ajakiri | 9.803 | ST1 identifitseerimine näitab valikut, mis hõlmab seemnete morfoloogia autostopimist ja õlisisaldus sojaoa kodustamise ajal | SLAF-Markeri arendus |
| 2022. aasta | International Journal of Molecular Sciences | 6.208 | Wheat-Leymus mollis 2Ns (2D) identifitseerimine ja DNA markeri väljatöötamine Disoomne kromosoomiasendus | SLAF-Markeri arendus |
