Tooted

Prokarüootse RNA sekveneerimine

Prokarüootse RNA sekveneerimise esiletõstetud pilt

Prokarüootse RNA sekveneerimine kasutab järgmise põlvkonna sekveneerimist (NGS), et paljastada RNA olemasolu ja kogus antud hetkel, analüüsides muutuvat raku transkriptoomi.Meie ettevõtte prokarüootse RNA sekveneerimine on suunatud konkreetselt referentsgenoomidega prokarüootidele, pakkudes teile transkriptoomiprofiilide koostamist, geenistruktuuri analüüsi jne. Seda on laialdaselt kasutatud alusteaduste uuringutes, ravimite uurimises ja arenduses ning mujal.

Platvorm: Illumina NovaSeqi platvorm

Võta meiega ühendust

Teenuse üksikasjad

Teenuse spetsifikatsioonid

Platvorm: Illumina NovaSeqi platvorm, PE150

Teegi tüüp: 350 bp sisestus cDNA raamatukogu (sõltub piigi jaotusest)

Järjestusstrateegia: Paired-End 150 bp

Soovitatav andmemaht: 2 Gb algandmeid proovi kohta

Bioinformaatika

(1) Järjestusandmete kvaliteedi kontroll: nukleotiidide jaotus, baaskvaliteedi jaotus, rRNA suhte hindamine;

(2) Järjestuste joondamise analüüs: joondustulemuste statistika, sekveneerimise küllastus, järjestuse katvus;

(3) Võrdlusgenoomi annotatsioon (NR, Swiss-Prot, Pfam, COG, GO, KEGG);

(4) Ekspressioonianalüüs: ekspressioonijaotus (kahe või enama prooviga), ekspressiooni analüüs proovide vahel (Venni analüüs, korrelatsioonianalüüs, PCA analüüs);

(5) Diferentsiaalne ekspressioonianalüüs (kahe või enama prooviga);

(6) Geenikomplekti analüüs: Venni analüüs, klastrianalüüs, funktsiooni annotatsiooni analüüs (COG, GO, KEGG), funktsioonide rikastamise analüüs (GO, KEGG), funktsioonide rikastamise akordigraafik, Ipath analüüs;

(7) sRNA analüüs: sRNA ennustus, sRNA annotatsioon (Blast, sRNAMap, sRNATarBase, SIPHT, Rfam), sRNA sekundaarstruktuuri ennustamine, sRNA sihtgeeni ennustamine;

(8) Transkriptsiooni struktuuri analüüs: operoni analüüs, transkriptsiooni algus- ja lõppsaitide ennustamine, UTR annotatsioon ja analüüs, promootori järjestuse ennustamine, SNP/InDel analüüs (SNP/InDel annotatsioon, SNP/InDeli piirkondlik jaotus, SNP statistika).