-
Kromatiini immunosadestamise sekveneerimine (ChIP-seq)
ChIP-Seq pakub DNA sihtmärkide genoomi hõlmavat profiili histooni modifitseerimiseks, transkriptsioonifaktoriteks ja muudeks DNA-ga seotud valkudeks.See ühendab kromatiini immunosadestamise (ChIP) selektiivsuse spetsiifiliste valgu-DNA komplekside taastamiseks ning järgmise põlvkonna sekveneerimise (NGS) võimsuse taastatud DNA suure läbilaskevõimega sekveneerimiseks.Lisaks, kuna valgu-DNA kompleksid saadakse elusrakkudest, saab sidumissaite võrrelda erinevates rakutüüpides ja kudedes või erinevates tingimustes.Rakendused ulatuvad transkriptsiooni regulatsioonist arenguteedeni kuni haigusmehhanismideni ja kaugemalegi.
Platvorm: Illumina NovaSeqi platvorm
-
Metagenoomne järjestus -NGS
Metagenoom viitab organismide segakoosluse (nt keskkonna metagenoomi, inimese metagenoomi jne) geneetilise materjali kogumile. See sisaldab nii kultiveeritavate kui ka mittekultiveeritavate mikroorganismide genoome.Metagenoomne sekveneerimine on molekulaarne tööriist, mida kasutatakse keskkonnaproovidest ekstraheeritud segagenoomiliste materjalide analüüsimiseks, mis annab üksikasjalikku teavet liikide mitmekesisuse ja arvukuse, populatsiooni struktuuri, fülogeneetilise seose, funktsionaalsete geenide ja keskkonnateguritega korrelatsioonivõrgustiku kohta.
Platvorm:Illumina NovaSeq platvorm
-
Metagenoomne sekveneerimine - nanopoor
Metagenoomika on molekulaarne tööriist, mida kasutatakse keskkonnaproovidest ekstraheeritud segagenoomiliste materjalide analüüsimiseks ja mis annab üksikasjalikku teavet liikide mitmekesisuse ja arvukuse, populatsiooni struktuuri, fülogeneetilise seose, funktsionaalsete geenide ja korrelatsioonivõrgustiku keskkonnateguritega jne kohta. Hiljuti on kasutusele võetud nanopooride sekveneerimisplatvormid. metagenoomilistele uuringutele.Selle silmapaistev jõudlus lugemispikkuses suurendas suuresti allavoolu metagenoomilist analüüsi, eriti metagenoomi kokkupanekut.Kasutades lugemispikkuse eeliseid, suudab nanopooripõhine metagenoomiline uuring saavutada pidevamat kokkupanekut võrreldes haavlipüssi metagenoomikaga.On avaldatud, et nanopooridel põhinev metagenoomika genereeris mikrobioomidest edukalt täielikke ja suletud bakterite genoome (Moss, EL jt,Looduse biotehnoloogia, 2020)
Platvorm:Nanopore PromethION P48
-
Kogu genoomi bisulfiidi sekveneerimine
DNA metüülimine tsütosiini viiendal positsioonil (5-mC) mõjutab oluliselt geeniekspressiooni ja raku aktiivsust.Ebanormaalseid metüülimismustreid on seostatud mitme seisundi ja haigusega, näiteks vähiga.WGBS-ist on saanud kullastandard genoomi hõlmava metüülimise uurimisel ühe aluse eraldusvõimega.
Platvorm: Illumina NovaSeqi platvorm
-
Transposaasile ligipääsetava kromatiini analüüs suure läbilaskevõimega sekveneerimisega (ATAC-seq)
ATAC-seq on suure läbilaskevõimega sekveneerimismeetod kogu genoomi hõlmava kromatiini ligipääsetavuse analüüsimiseks, mis on oluline geeniekspressiooni globaalseks epigeneetiliseks kontrolliks.Sekveneerimisadapterid sisestatakse avatud kromatiini piirkondadesse hüperaktiivse Tn5 transposaasi abil.Pärast PCR amplifikatsiooni konstrueeritakse sekveneerimisraamatukogu.Kõik avatud kromatiini piirkonnad võib saada teatud aegruumi tingimustes, mitte ainult transkriptsioonifaktori sidumissaitidega või teatud histooni modifitseeritud piirkonnaga.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
16S ja 18S rRNA allüksus, mis sisaldab nii väga konserveerunud kui ka hüpermuutlikke piirkondi, on ideaalne molekulaarne sõrmejälg prokarüootsete ja eukarüootsete organismide tuvastamiseks.Kasutades järjestamist, saab neid amplikoneid sihtida konserveerunud osade põhjal ja hüpermuutuvaid piirkondi saab täielikult iseloomustada mikroobide tuvastamiseks, mis aitab kaasa uuringutele, mis hõlmavad mikroobide mitmekesisuse analüüsi, taksonoomiat, fülogeneesi jne. Ühemolekuliline reaalajas (SMRT) ) PacBio platvormi sekveneerimine võimaldab saada ülitäpseid pikki lugemeid, mis võivad hõlmata täispikki amplikone (ca 1,5 Kb).Geneetilise välja laiem vaade suurendas oluliselt liikide annotatsiooni eraldusvõimet bakterite või seente kogukonnas.
Platvorm:PacBio järg II
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
16S/18S/ITS-i amplikonide järjestamise eesmärk on paljastada fülogenees, taksonoomia ja liikide arvukus mikroobikoosluses, uurides majapidamise geneetiliste markerite PCR-produkte, mis sisaldavad nii väga muutuvaid kui ka hüpervarieeruvaid osi.Nende täiuslike molekulaarsete sõrmejälgede kasutuselevõtt Woesese jt (1977) poolt võimaldab isolatsioonivaba mikrobioomi profiilide koostamist.16S (bakterid), 18S (seened) ja sisemise transkribeeritud speisseri (ITS, seened) sekveneerimine võimaldab tuvastada nii ohtralt esinevaid liike kui ka haruldasi ja tuvastamata liike.See tehnoloogia on muutunud laialdaselt kasutatavaks ja peamiseks vahendiks erinevate mikroobide koostise tuvastamisel erinevates keskkondades, nagu inimese suus, sooltes, väljaheites jne.
Platvorm:Illumina NovaSeq platvorm
-
Bakterite ja seente kogu genoomi uuesti sekveneerimine
Bakterite ja seente kogu genoomi uuesti sekveneerimine on oluline vahend teadaolevate bakterite ja seente genoomide täiendamiseks, samuti mitme genoomi võrdlemiseks või uute organismide genoomide kaardistamiseks.Täpsete võrdlusgenoomide genereerimiseks, mikroobide tuvastamiseks ja muude genoomi võrdlevate uuringute tegemiseks on väga oluline järjestada bakterite ja seente genoomid.
Platvorm: Illumina NovaSeqi platvorm
-
PacBio-täispikk 16S/18S/ITS amplikonide järjestus
Amplicon (16S/18S/ITS) platvorm on välja töötatud mikroobide mitmekesisuse projektianalüüsi aastatepikkuse kogemusega, mis sisaldab standardiseeritud põhianalüüsi ja personaliseeritud analüüsi: põhianalüüs hõlmab praeguste mikroobiuuringute peavoolu analüüsisisu, analüüsisisu on rikkalik ja kõikehõlmav, ja analüüsitulemused esitatakse projektiaruannete kujul;Personaliseeritud analüüsi sisu on mitmekesine.Proove saab valida ja parameetreid paindlikult seadistada vastavalt põhianalüüsi aruandele ja uurimise eesmärgile, et realiseerida isikupärastatud nõudeid.Windowsi operatsioonisüsteem, lihtne ja kiire.
-
PacBio täispikk transkriptoom (mitteviite)
Võttes sisendiks ettevõtte Pacific Biosciences (PacBio) isovormi sekveneerimisandmed, suudab see rakendus tuvastada täispikkuses transkriptsioonijärjestusi (ilma kokkupanekuta).Täispikkade järjestuste kaardistamisel võrdlusgenoomiga saab transkripte optimeerida tuntud geenide, transkriptide, kodeerivate piirkondade jne abil. Sel juhul on võimalik saavutada mRNA struktuuride täpsem identifitseerimine, näiteks alternatiivne splaissimine jne.Ühine analüüs NGS-i transkriptsioonide sekveneerimisandmetega võimaldab põhjalikumat annotatsiooni ja täpsemat kvantifitseerimist transkriptsiooni tasemel, millest on palju kasu allavoolu diferentsiaalekspressioonile ja funktsionaalsele analüüsile.
-
Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS)
DNA metüülimise uurimine on alati olnud haiguste uurimise kuum teema ning see on tihedalt seotud geeniekspressiooni ja fenotüüpiliste tunnustega.RRBS on täpne, tõhus ja ökonoomne meetod DNA metüülimise uurimiseks.Promootori ja CpG saarepiirkondade rikastamine ensümaatilise lõhustamise (Msp I) abil koos bisulfiidi sekveneerimisega tagab kõrge eraldusvõimega DNA metüülimise tuvastamise.
Platvorm: Illumina NovaSeqi platvorm
-
Prokarüootse mRNA sekveneerimine
mRNA sekveneerimine võimaldab spetsiifilistel tingimustel rakkudes kõigi mRNA transkriptide igakülgset profileerimist.See tipptehnoloogia on tõhus tööriist, mis toob esile keerukad geeniekspressiooniprofiilid, geenistruktuurid ja molekulaarsed mehhanismid, mis on seotud erinevate bioloogiliste protsessidega.Alusuuringutes, kliinilises diagnostikas ja ravimite väljatöötamises laialdaselt kasutusele võetud mRNA sekveneerimine annab ülevaate raku dünaamika ja geneetilise regulatsiooni keerukusest.Meie prokarüootsete mRNA proovide töötlemine on kohandatud prokarüootsete transkriptoomide jaoks, mis hõlmab rRNA ammendumist ja suunava raamatukogu ettevalmistamist.
Platvorm: Illumina NovaSeq X
