-
Kromatiini immunosadestamise sekveneerimine (ChIP-seq)
ChIP-Seq pakub DNA sihtmärkide genoomi hõlmavat profiili histooni modifitseerimiseks, transkriptsioonifaktoriteks ja muudeks DNA-ga seotud valkudeks.See ühendab kromatiini immunosadestamise (ChIP) selektiivsuse spetsiifiliste valgu-DNA komplekside taastamiseks ning järgmise põlvkonna sekveneerimise (NGS) võimsuse taastatud DNA suure läbilaskevõimega sekveneerimiseks.Lisaks, kuna valgu-DNA kompleksid saadakse elusrakkudest, saab sidumissaite võrrelda erinevates rakutüüpides ja kudedes või erinevates tingimustes.Rakendused ulatuvad transkriptsiooni regulatsioonist arenguteedeni kuni haigusmehhanismideni ja kaugemalegi.
Platvorm: Illumina NovaSeqi platvorm
-
Kogu genoomi bisulfiidi sekveneerimine
DNA metüülimine tsütosiini viiendal positsioonil (5-mC) mõjutab oluliselt geeniekspressiooni ja raku aktiivsust.Ebanormaalseid metüülimismustreid on seostatud mitme seisundi ja haigusega, näiteks vähiga.WGBS-ist on saanud kullastandard genoomi hõlmava metüülimise uurimisel ühe aluse eraldusvõimega.
Platvorm: Illumina NovaSeqi platvorm
-
Transposaasile ligipääsetava kromatiini analüüs suure läbilaskevõimega sekveneerimisega (ATAC-seq)
ATAC-seq on suure läbilaskevõimega sekveneerimismeetod kogu genoomi hõlmava kromatiini ligipääsetavuse analüüsimiseks, mis on oluline geeniekspressiooni globaalseks epigeneetiliseks kontrolliks.Sekveneerimisadapterid sisestatakse avatud kromatiini piirkondadesse hüperaktiivse Tn5 transposaasi abil.Pärast PCR amplifikatsiooni konstrueeritakse sekveneerimisraamatukogu.Kõik avatud kromatiini piirkonnad võib saada teatud aegruumi tingimustes, mitte ainult transkriptsioonifaktori sidumissaitidega või teatud histooni modifitseeritud piirkonnaga.
-
Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS)
DNA metüülimise uurimine on alati olnud haiguste uurimise kuum teema ning see on tihedalt seotud geeniekspressiooni ja fenotüüpiliste tunnustega.RRBS on täpne, tõhus ja ökonoomne meetod DNA metüülimise uurimiseks.Promootori ja CpG saarepiirkondade rikastamine ensümaatilise lõhustamise (Msp I) abil koos bisulfiidi sekveneerimisega tagab kõrge eraldusvõimega DNA metüülimise tuvastamise.
Platvorm: Illumina NovaSeqi platvorm
