Soojuskaart
Maatriksi andmefaili kasutatakse soojuskaardi joonistamiseks, mis suudab maatriksi andmeid filtreerida, normaliseerida ja rühmitada.Seda kasutatakse enamasti geeniekspressiooni taseme klasteranalüüsiks erinevate proovide vahel.
Geeni annotatsioon
Geenifunktsiooni annotatsioon viiakse läbi FASTA-faili järjestuste kaardistamise teel erinevate andmebaasidega.
Geeni annotatsioon
Põhiline kohaliku joonduse otsingutööriist
CDS_UTR_ennustus
See tööriist on ette nähtud kodeerivate piirkondade (CDS) ja mittekodeerivate piirkondade (UTR) ennustamiseks antud transkriptsioonijärjestustes, tuginedes tuntud valguandmebaasi ja ORF-i prognoosidele.
Manhattani süžee
Manhattani graafik võimaldab kuvada andmeid suure hulga andmepunktidega.Seda kasutatakse tavaliselt genoomi hõlmavates assotsiatsiooniuuringutes (GWAS).
Tsirkos
CIRCOS diagramm võimaldab SNP, InDeL, SV, CNV distributsioonide otsest esitamist genoomis.
GO_Rikastamine
TopGO on tööriist, mis on loodud funktsionaalseks rikastamiseks.TopGO-Bioconductor pakett koosneb diferentsiaalekspressiooni analüüsist, GO rikastamise analüüsist ja tulemuste visualiseerimisest.See loob kausta väljundiga "Graph", mis sisaldab tulemusi topGO_BP, topGO_CC ja topGO_MF jaoks.
WGCNA
WGCNA on laialdaselt kasutatav andmekaevemeetod geenide koekspressioonimoodulite avastamiseks.See on rakendatav erinevate ekspressiooniandmete jaoks, sealhulgas mikrokiibi andmed ja geeniekspressiooni andmed, mis pärinevad järgmise põlvkonna sekveneerimisest.
InterProScan
InterPro valgujärjestuse analüüs ja klassifikatsioon
GO_KEGG_rikastamine
See tööriist on loodud GO rikastamise histogrammi, KEGG rikastamise histogrammi ja KEGG rikastamise raja loomiseks, mis põhineb pakutud geenikomplektil ja vastaval annotatsioonil.