Tooted

Taime/looma kogu genoomi järjestamine

Taime/looma kogu genoomi järjestamise esiletoodud pilt

Terve genoomi resekveneerimine, tuntud ka kui WGS, võimaldab paljastada nii levinud kui ka haruldasi mutatsioone kogu genoomis, sealhulgas ühe nukleotiidi polümorfismi (SNP), sisestamise deletsiooni (InDel), struktuuri variatsiooni (SV) ja koopianumbri variatsiooni (CNV). ).SV-d moodustavad variatsioonibaasist suurema osa kui SNP-d ja neil on suurem mõju genoomile, millel on oluline mõju elusorganismidele.Pikaajaline resekveneerimine võimaldab suuri fragmente ja keerulisi variatsioone täpsemalt tuvastada, kuna pikad lugemised muudavad kromosoomide ristumise keeruliseks piirkondadeks, nagu tandemkordused, GC/AT-rikkad piirkonnad ja hüpermuutlikud piirkonnad, palju lihtsamaks.

Platvorm: Illumina, PacBio, Nanopore

Võta meiega ühendust

Teenuse üksikasjad

Demo tulemus

Esiletõstetud väljaanne

1. Teenuse eelised

Laialdased kogemused genoomi järjestamisel enam kui 1000 liigi jaoks.

Üle 800 avaldatud juhtumi, mille kumulatiivne mõjutegur on üle 4000.

Põhjalik bioinformaatika analüüs variatsioonikõnede ja funktsioonide analüüsi kohta.

2. Teenuse spetsifikatsioonid

Platvorm		Raamatukogu	Soovitatav seq sügavus
Illumina		PE 150	SNP puhul helistab InDel ≥ 10x SV puhul CNY helistab ≥ 30x
Nanopore		8 kb	SV puhul CNY helistab ≥ 20x
Pacbio	CCS	15 kb	SNP, InDeli, SV, CNY jaoks helistamine ≥ 10x

3. Näidisnõuded

Platvorm		Kontsentr.(ng/μL)	Summa (ng)	Puhtus		Agaroosi geel
				OD260/280	OD260/230	1. Tühjendage põhiriba ilma või piiratudgeelil täheldatud lagunemist. 2. RNA või valgu saastumine puudub või on piiratud
Illumina		≥1	≥30	-	-
Nanopore		≥30	Oleneb andmemahust 10 μg raku kohta	1,7-2,2	≥1,5
Pacbio	CCS	≥50		1,7-2,2	1,8-2,5

4. Bioinformatsiooni analüüs

5. Teeninduse töövoog

Näidiste kohaletoimetamine

DNA ekstraheerimine

Raamatukogu ehitus

Järjestus

Andmete analüüs

Andmete edastamine

Eelmine: BMKMANU S1000 ruumiline transkriptoom

Järgmine: Ühetuumalise RNA sekveneerimine

1) Genoomi kaardistamise statistika

Tabel 1 Kaardistamise tulemuse statistika

Joonis 1 Lisa suuruse ja lugemite ulatuse jaotus.

2) Muutuste tuvastamine

Joonis 2 SNP/INDEL/SV statistika ja annotatsioon proovide hulgas

Joonis 3 Genoomiülene vatatsioonide jaotus

3) Variatsioonide funktsionaalne annotatsioon

2019	Looduskommunikatsioonid	Terve genoomi resekveneerimine paljastab Brassica napuse päritolu ja selle parandamisega seotud geneetilised lookused
2020	PNAS	Kuldkala (Carassius auratus) evolutsiooniline päritolu ja kodustamise ajalugu
2021. aasta	Taimede biotehnoloogia ajakiri	Kahe kultiveeritud džuudiliigi võrdlusgenoomid
2021. aasta	Taimede biotehnoloogia ajakiri	Köögiviljade ja õliseemnete allopolüploidse Brassicajuncea genoomsed signatuurid ja glükosinolaatide akumulatsiooni kontrollivad geneetilised lookused
2019	Molekulaarne taim	Ülemaailmse rapsiseemnekogumi kogu genoomi resekveneerimine paljastab nende ökotüüpide erinevuse geneetilise aluse
2022. aasta	Aiandusuuringud	Kogu genoomi hõlmav assotsiatsioonianalüüs annab molekulaarse ülevaate arbuusiseemne suuruse loomulikust varieerumisest
2021. aasta	Eksperimentaalbotaanika ajakiri	Kogu genoomi hõlmav assotsiatsiooniuuring tuvastab GhSAD1 variandid, mis annavad puuvillale külma taluvuse
2021. aasta	Eksperimentaalbotaanika ajakiri	Genoomi hõlmav assotsiatsiooniuuring ja transkriptoomide võrdlus paljastavad uudsed QTL ja kandidaatgeenid, mis kontrollivad rapsiseemnete kroonlehtede suurust