Esiletõstmised
Sellel kahetunnisel veebiseminaril on meil suur au kutsuda kohale kuus põllukultuuride genoomika eksperti.Meie esinejad annavad põhjaliku tõlgenduse kahest rukki genoomiuuringust, mis just hiljuti avaldatiLoodusgeneetika:
1. Kromosoomi mastaabis genoomi kokkupanek annab ülevaate rukki bioloogiast, evolutsioonist ja agronoomilisest potentsiaalist
2. Kvaliteetne genoomikomplekt tõstab esile rukki genoomilised omadused ja agronoomiliselt olulised geenid
Samuti on meil hea meel, et biomarkertehnoloogiate vanemteadur jagab oma kogemusi de novo genoomi kokkupanekul.
Päevakord
09:00 CET
Tervitavad märkused
Zheng Hong-kun
Biomarker Technologies asutaja ja tegevjuht
Deng Xing-wang
Pekingi ülikooli põllumajandusteaduste kõrgkooli president
09:15 hommikul
Rukki, tritikale ja nisu parandamine kvaliteetse võrdlusgenoomi järjestuse kasutamise kaudu
Sellel veebiseminaril andis prof Wang meile üldise ülevaate triticeae genoomiuuringute hetkeseisust ning demonstreeris rukki genoomiuuringuid käsitleva kahe silmapaistva töö edu ja läbimurdeid, mis avaldati äsja teemal Nature Genetics ja tutvustavad kogu uurimistööd. töid juhtivad ja töösse kaasa aitavad rühmad.
09:25 hommikul
Teravilja genoomika @ IPK Gatersleben
Triticeae hõimu teraviljad on olnud parasvöötme piirkondades peamiseks toiduallikaks, mida on pikka aega peetud saagi parandamise ja aretamise levialaks.Kõigist kultiveeritud liikidest on see hõim kuulus oma äärmiselt keeruliste genoomiliste tunnuste poolest, sealhulgas suured genoomi suurused, kõrge TE-de sisaldus, polüploidsus jne. Sellel sessioonil tutvustas prof Nils Stein meile IPK Gaterslebeni ja teravilja hetkeseisu. genoomiuuringud@IPK Gatersleben.
09:35 hommikul
Kromosoomi mastaabis genoomi kokkupanek annab ülevaate rukki bioloogiast, evolutsioonist ja agronoomilisest potentsiaalist
Dr. M Timothy Rabanus-Wallace, Leibnizi taimegeneetika ja põllukultuuride uurimise instituut (IPK)Rukis (Secale cereale L.) on erakordselt kliimale vastupidav teraviljakultuur, mida kasutatakse laialdaselt täiustatud nisusortide tootmiseks introgressiivse hübridisatsiooni teel ja millel on kogu hübriidse aretuse võimaldamiseks vajalik geenide repertuaar.Rukis on allogaamne ja alles hiljuti kodustatud, mis annab kultiveeritud rukkile juurdepääsu mitmekesisele ja ekspluateeritavale looduslikule genofondile.Rukki agronoomilise potentsiaali edasiseks suurendamiseks koostasime 7, 9 Mbp rukki genoomi kromosoomiskaala annoteeritud komplekti ja valideerisime põhjalikult selle kvaliteeti, kasutades molekulaarsete geneetiliste ressursside komplekti.Näitame selle ressursi rakendusi laia valiku uurimistega.Tutvustame tulemusi kultiveeritud rukki mittetäieliku geneetilise isoleerimise kohta metsikutest sugulastest, genoomi struktuurse evolutsiooni mehhanismidest, patogeenide resistentsusest, madala temperatuuri taluvusest, hübriidse aretuse viljakuse kontrollisüsteemidest ja rukki-nisu introgressioonide saagikuse eelistest.
10:05 hommikul
Kvaliteetne genoomikomplekt tõstab esile rukki genoomilised omadused ja agronoomiliselt olulised geenid
Rukis on väärtuslik toidu- ja söödakultuur, oluline geneetiline ressurss nisu ja tritikale parandamiseks ning asendamatu materjal kõrreliste tõhusates genoomikauuringutes.Siin sekveneerisime Hiina eliit rukkisordi Weining rukki genoomi.Kokkupandud kontiigid (7,74 Gb) moodustasid 98,47% hinnangulisest genoomi suurusest (7,86 Gb), kusjuures 93,67% kontiigidest (7,25 Gb) oli määratud seitsmele kromosoomile.Korduvad elemendid moodustasid 90, 31% kokkupandud genoomist.Võrreldes varem sekveneeritud Triticeae genoomidega, näitasid Daniela, Sumaya ja Sumana retrotransposoonid rukkis tugevat laienemist.Weiningi koostu edasised analüüsid heitsid uut valgust kogu genoomi hõlmavatele geenide dubleerimisele ja nende mõjule tärklise biosünteesi geenidele, keeruliste prolamiini lookuste füüsilistele organisatsioonidele, varajase peamise tunnuse aluseks olevatele geeniekspressiooni tunnustele ning oletatavatele kodustamisega seotud kromosomaalsetele piirkondadele ja lookustele rukkis.See genoomijärjestus lubab kiirendada rukki ja sellega seotud teraviljakultuuride genoomikat ja aretusuuringuid.
10:35 hommikul
Genoomi de novo kokkupaneku väljakutsed, lahendused ja tulevik
Kvaliteetne genoom on genoomiuuringu aluseks.Kuigi järjestamise ja algoritmi kiire areng on võimaldanud palju lihtsamat ja tõhusamat genoomi kokkupanekut, tõusevad uurimiseesmärkide süvenemisega ka nõuded kokkupaneku täpsusele ja täielikkusele.Selles kõnes käsitlen praegu populaarseid genoomi kokkupanemise tehnoloogiaid mitme eduka juhtumiga ja heidan pilgu edasisele arengule.
Postitusaeg: jaanuar 08-2022