GENOOMI EVOLUTSIOON
Genoom de novo
Kokkupanek|Soo määramine Kogu sekveneerimistööd ja osalisi bioinformaatilisi teenuseid pakkus Biomarker Techonologies.
Abstraktne
“Seadragonite ikooniline fenotüüp hõlmab lehtedetaolisi lisandeid, hambutut torukujulist suu ja isaslooma rasedust, mis hõlmab viljastatud munarakkude inkubeerimist avatud "pesakonnale".Sekveneerisime de novo hariliku merirakoni (Phyllopteryx taeniolatus) ja tema lähisugulasliikide, alligaator-piipkala (Syngnathoides biaculeatus) isas- ja emasgenoomid.Evolutsioonilise uudsuse, lehtedetaoliste lisade, transkriptsiooniprofiilid näitavad, et koopteeritud on geenide komplekt, mis on tavaliselt seotud uimede arenguga, samuti transkriptsioonide rikastamine potentsiaalsete kudede parandamise ja immuunkaitse geenide jaoks.Leiti, et scpp5 sebrakala mutantidel, mis kaob kõigis sügnatiidides, puuduvad või on deformeerunud neeluhambad, mis toetab hüpoteesi, et scpp5 kadumine on aidanud kaasa hammaste kadumisele sügnatiidides.Tuvastati oletatav sugu määrav lookus, mis kodeerib isastele spetsiifilist amhr2y geeni, mida jagavad harilikud mereragonid ja alligaatorid. ”
Materjalid ja meetodid:
Materjalid
Fmeie ühine seadragon (P. taeniolatus) ja kaks alligaator torukala (S. biaculatus) isendid.Terve genoomi järjestamiseks kasutati kahte harilikku meriragoni (üks isane ja üks emane) ja kahte alligaator-piipkala (üks isane ja üks emane) isendit ning genoomi resekveneerimiseks kasutati veel kahte isast hariliku mereragoni isendit.
Genoomi sekveneerimise strateegia
270/350 bp raamatukogu (Hiseq 2500) + Pacbio 20 Kb (Järg) või Nanopore 30 Kb (MinION)+ Hi-C (NovaSeq 6000).sekveneerimine ja genoomi resekveneerimiseks kasutati veel kahte isast harilikku seadragooni isendit.
Transkriptoomide järjestamine
Fvõi koguti harilik mereraag, aju, silm, lõpuse, maks, süda, neer, soolestik, sool, lihased, uimed, nahk, lehtedetaolised lisandid, munandid ja munasarjad.
Genome de novo kokkupanekustrateegia
Canu (parandus) + WTDBG2 (koost) + Pilon (poola) + Lachesis (Hi-C).
Peamised tulemused
Joonis 1. Hariliku meriragoni (P. taeniolatus) ja alligaator-piibukala (S. biaculatus) põhijooned ja nende fülogeneetiline asukoht.
Joon. 2. Hariliku aasragoni (P. taeniolatus) lehelaadsete lisandite morfoloogia ja geneetiline ülesehitus.
Joon. 3. Oletatav soo määramise geen harilikul merirakul (P. taeniolatus) ja alligaator-piipkalal (S. biaculatus).
Joonis 4. Neeluhammaste fenotüübid sebrakala scpp5 homosügootsetes mutantides.
Postitusaeg: jaanuar 08-2022