Nanopooripõhine täispikk transkriptsioonijärjestus
Nanopooride sekveneerimine erineb teistest sekveneerimisplatvormidest selle poolest, et nukleotiide loetakse otse ilma DNA sünteesita ja see tekitab pikki lugemisi kümnete kilobaaside juures.See võimaldab täispikkade ärakirjade otse lugemist ja transkriptoomiliste uuringute väljakutsete lahendamist.
√ Madal järjestusespetsiifiline kallutatus
√ cDNA täispikk näit geenistruktuuri uuringute jaoks
√ Sama arvu ärakirjade katmiseks on vaja vähem andmeid
√ Mitme isovormi tuvastamine geeni kohta
√ Ekspressiooni kvantifitseerimine isovormi tasemel
Tüüpiline bioinformaatika torujuhe
Viimased edukad juhtumid biomarkeritehnoloogiaga
1. Täispikkade transkriptoomide võrdlevad analüüsid näitavad Gnetum luofuense varre arengudünaamikat
Ajakiri: Frontiers in Genetics
Avaldatud: märts 2021
Märksõnad: MinION |Alternatiivne splaissimine |APA |lncRNA |Erinevalt väljendatud ärakirjad
Loe täisteksti
2. Väikeste RNA-de ühesuunaline liikumine võrsetelt juurteni liikidevahelistes heterotransplantaatides
Ajakiri: Nature Plants
Avaldatud: jaanuar 2021
Märksõnad: Nanopore |Illumina |täispikk mobiilse mRNA tuvastamine
3. Spargli juurte täispikk transkriptoomianalüüs paljastab arbuskulaarsete mükoriisaseente poolt indutseeritud soolataluvuse molekulaarse mehhanismi
Ajakiri: Environmental and Experimental Botany
Avaldatud: jaanuar 2021
Märksõnad: MinION |Erinevalt väljendatud ärakirjad |Transkriptsioonifaktorid |Alternatiivne splaissimine
4. Roosi (Rosa chinensis) juurte ja lehtede füsioloogilised iseloomulikud muutused ja täispikk transkriptsioon vastuseks põuastressile
Ajakiri: Plant and Cell Physiology
Avaldatud: oktoober 2020
Märksõnad: PromethION |Erinevalt väljendatud ärakirjad |Funktsionaalne ennustus |Splaissitud isovormid |TF ja lncRNA
5. Arabidopsise transkriptoomi PacBio ja nanopooripõhise RNA järjestuse analüüs ja põhjalik võrdlus
Ajakiri: Plant Method
Avaldatud: aprill 2020
Märksõnad: GridION |PromethION |PacBio järg |Illumina NovaSeq |Genoomi joondamine |Ärakirja tuvastamine |Alternatiivne splaissimine |SSR |LncRNA |Isovormi kvantifitseerimine
Uudised ja tipphetked eesmärk on jagada uusimaid edukaid juhtumeid ettevõttega Biomarker Technologies, jäädvustada nii uudseid teadussaavutusi kui ka uuringu käigus kasutatud silmapaistvaid tehnikaid.
Postitusaeg: jaanuar 08-2022