T2T GENOOMI KOOSTAMINE, LÜÜADE VABA GENOOM
1stKaks riisi genoomi1
Pealkiri: Xiani/indica riisi kahe lünkavaba etalongenoomi kokkupanek ja valideerimine paljastab ülevaate taimede tsentromeeriarhitektuurist
Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Postitamise aeg: 01. jaanuar 2021.
Instituut: Huazhongi põllumajandusülikool, Hiina
Materjalid
O. sativa xian/indicariisisordid 'Zhenshan 97 (ZS97)' ja 'Minghui 63 (MH63)
Järjestusstrateegia
NGS loeb + HiFi loeb + CLR loeb + BioNano + Hi-C
Andmed:
ZS97: 8,34 Gb (~ 23x) HiFi lugemine + 48,39 Gb (~ 131x ) CLR lugemine + 25 Gb (~ 69x) NGS + 2 BioNano Irys elementi
MH63: 37,88 Gb (~103x) HiFi lugemine + 48,97 Gb (~132x) CLR lugemine + 28 Gb (~76x) NGS + 2 BioNano Irys rakku
Joonis 1 Kaks lünkadeta riisi genoomi (MH63 ja ZS97)
2ndBanaani genoom2
Pealkiri: banaani telomeeridevahelised lünkadeta kromosoomid nanopooride sekveneerimise abil
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
Postitamise aeg: 17. aprill 2021.
Instituut: Université Paris-Saclay, Prantsusmaa
Materjalid
TopelthaploidneMusa acuminatasppmalaccensis(DH-Pahang)
Järjestusstrateegia ja andmed:
HiSeq2500 PE250 režiim + MinION/ PromethION (93Gb, ~200X )+ optiline kaart (DLE-1+BspQ1)
Tabel 1 Musa acuminata (DH-Pahang) genoomikomplektide võrdlus
Joonis 2 Musa genoomide arhitektuuri võrdlus
3rdPhaeodactylum tricornutum genoom3
Pealkiri: telomeeride ja telomeeride genoomi kokkupanekP
haeodactylum tricornutum
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
Postitamise aeg: 04. mai 2021
Instituut: Lääne Ülikool, Kanada
Materjalid
Phaeodactylum tricornutum(Vetikate ja algloomade kultuurikollektsioon CCAP 1055/1)
Järjestusstrateegia ja andmed:
1 Oxford Nanopore minION vooluelement + 2 × 75 paarisotsaga keskmise väljundiga NextSeq 550 käitamine
Joonis 3. Telomeerist telomeeri genoomi kokkupaneku töövoog
4thInimese CHM13 genoom4
Pealkiri: Inimese genoomi täielik järjestus
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
Postitamise aeg: 27. mai 2021
Instituut: National Institutes of Health (NIH), USA
Materjalid: rakuliin CHM13
Järjestusstrateegia ja andmed:
30 × PacBio ümmargune konsensusjärjestus (HiFi), 120 × Oxford Nanopore ülipikk lugemisjärjestus, 100 × Illumina PCR-vaba sekveneerimine (ILMN), 70 × Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-C), BioNano optiline kaart ja Strand-seq
Tabel 2 Inimese genoomi GRCh38 ja T2T-CHM13 komplektide võrdlus
Viide
1.Sergei Nurk jt.Inimese genoomi täielik järjestus.bioRxiv 2021.05.26.445798;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2. Caroline Belser et al.Banaani telomeeridevahelised lünkadeta kromosoomid nanopooride sekveneerimise abil.bioRxiv 2021.04.16.440017;doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.Daniel J. Giguere et al.Phaeodactylum tricornutumi genoomi telomeeride ja telomeeride vahel kokkupanek.bioRxiv 2021.05.04.442596;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4. Jia-Ming Song et al.Kahe lünkavaba etalongenoomi kokkupanek ja valideerimine Xiani/indica riisi jaoks annab ülevaate taimede tsentromeeriarhitektuurist.bioRxiv 2020.12.24.424073;doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Postitusaeg: jaanuar 06-2022