BMKCloud Log in
条形bänner-03

Uudised

T2T GENOOMI KOOSTAMINE, LÜÜADE VABA GENOOM

1stKaks riisi genoomi1

Pealkiri: Xiani/indica riisi kahe lünkavaba etalongenoomi kokkupanek ja valideerimine paljastab ülevaate taimede tsentromeeriarhitektuurist

Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073

Postitamise aeg: 01. jaanuar 2021.

Instituut: Huazhongi põllumajandusülikool, Hiina

Materjalid

O. sativa xian/indicariisisordid 'Zhenshan 97 (ZS97)' ja 'Minghui 63 (MH63)

Järjestusstrateegia

NGS loeb + HiFi loeb + CLR loeb + BioNano + Hi-C

Andmed:

ZS97: 8,34 Gb (~ 23x) HiFi lugemine + 48,39 Gb (~ 131x ) CLR lugemine + 25 Gb (~ 69x) NGS + 2 BioNano Irys elementi

MH63: 37,88 Gb (~103x) HiFi lugemine + 48,97 Gb (~132x) CLR lugemine + 28 Gb (~76x) NGS + 2 BioNano Irys rakku

Joonis 1

Joonis 1 Kaks lünkadeta riisi genoomi (MH63 ja ZS97)

2ndBanaani genoom2

Pealkiri: banaani telomeeridevahelised lünkadeta kromosoomid nanopooride sekveneerimise abil

Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017

Postitamise aeg: 17. aprill 2021.

Instituut: Université Paris-Saclay, Prantsusmaa

Materjalid

TopelthaploidneMusa acuminatasppmalaccensis(DH-Pahang)

Järjestusstrateegia ja andmed:

HiSeq2500 PE250 režiim + MinION/ PromethION (93Gb, ~200X )+ optiline kaart (DLE-1+BspQ1)

Tabel 1 Musa acuminata (DH-Pahang) genoomikomplektide võrdlus

Tabel 1 – GRCh38 ja T2T-CHM13 inimese genoomi koostude võrdlus
Joonis-Musa-genoomid-arhitektuur-võrdlus

Joonis 2 Musa genoomide arhitektuuri võrdlus

3rdPhaeodactylum tricornutum genoom3

Pealkiri: telomeeride ja telomeeride genoomi kokkupanekP
haeodactylum tricornutum

Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596

Postitamise aeg: 04. mai 2021

Instituut: Lääne Ülikool, Kanada

Materjalid

Phaeodactylum tricornutum(Vetikate ja algloomade kultuurikollektsioon CCAP 1055/1)

Järjestusstrateegia ja andmed:

1 Oxford Nanopore minION vooluelement + 2 × 75 paarisotsaga keskmise väljundiga NextSeq 550 käitamine

Joonis-Telomeeri-telomeeri-genoomi koostu töövoog-1-1024x740

Joonis 3. Telomeerist telomeeri genoomi kokkupaneku töövoog

4thInimese CHM13 genoom4

Pealkiri: Inimese genoomi täielik järjestus

Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798

Postitamise aeg: 27. mai 2021

Instituut: National Institutes of Health (NIH), USA

Materjalid: rakuliin CHM13

Järjestusstrateegia ja andmed:

30 × PacBio ümmargune konsensusjärjestus (HiFi), 120 × Oxford Nanopore ülipikk lugemisjärjestus, 100 × Illumina PCR-vaba sekveneerimine (ILMN), 70 × Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-C), BioNano optiline kaart ja Strand-seq

Tabel 2 Inimese genoomi GRCh38 ja T2T-CHM13 komplektide võrdlus

Tabel-Musa-acuminata-DH-Pahangi-genoomikoostude võrdlus

Viide

1.Sergei Nurk jt.Inimese genoomi täielik järjestus.bioRxiv 2021.05.26.445798;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798

2. Caroline Belser et al.Banaani telomeeridevahelised lünkadeta kromosoomid nanopooride sekveneerimise abil.bioRxiv 2021.04.16.440017;doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017

3.Daniel J. Giguere et al.Phaeodactylum tricornutumi genoomi telomeeride ja telomeeride vahel kokkupanek.bioRxiv 2021.05.04.442596;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596

4. Jia-Ming Song et al.Kahe lünkavaba etalongenoomi kokkupanek ja valideerimine Xiani/indica riisi jaoks annab ülevaate taimede tsentromeeriarhitektuurist.bioRxiv 2020.12.24.424073;doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073


Postitusaeg: jaanuar 06-2022

Saada meile oma sõnum: