BMKCloud Log in
条形bänner-03

Uudised

Suure läbilaskevõimega genotüpiseerimine, eriti suuremahuliste populatsioonide puhul, on geeniassotsiatsiooniuuringute põhietapp, mis loob geneetilise aluse funktsionaalseks geenide avastamiseks, evolutsiooniliseks analüüsiks jne. Sügava kogu genoomi ümbersekveneerimise asemel kasutatakse vähendatud representatsiooniga genoomi järjestamist (RRGS). ).Tavaliselt saavutatakse see restriktsioonifragmendi ekstraheerimisega etteantud suurusvahemikus, mida nimetatakse vähendatud esituse raamatukoguks (RRL).Spetsiifilise lookusega amplifitseeritud fragmentide sekveneerimine (SLAF-Seq) on enda väljatöötatud strateegia de novo SNP avastamiseks ja suurte populatsioonide SNP genotüpiseerimiseks.

Tehniline töövoog

SLAF-tech-flow
SLAF-Seq-workflow-1011x1024

SLAF vs olemasolevad RRL meetodid

SLAF

SLAFi eelised

Suurem geneetiliste markerite avastamise efektiivsus– Koos suure läbilaskevõimega sekveneerimistehnoloogiaga võib SLAF-Seq saavutada sadu tuhandeid kogu genoomist avastatud märgiseid, et täita erinevate uurimisprojektide taotlusi, kas võrdlusgenoomiga või ilma.

Kohandatud ja paindlik eksperimentaalne disain– Erinevate uurimiseesmärkide või liikide jaoks on saadaval erinevad ensümaatilised seedimise strateegiad, sealhulgas ühe ensüümi, kahe ensüümi ja mitme ensüümi seedimine.Seedimisstrateegiat hinnatakse eelnevalt in silico, et tagada ensüümi optimaalne disain.

Kõrge efektiivsus ensümaatilisel seedimisel– Eelnevalt kavandatud ensümaatiline lagundamine tagab kromosoomides ühtlasemalt jaotunud SLAF-id.Fragmentide kogumise tõhusus võib saavutada üle 95%.

Vältige korduvat järjestust– Korduvate järjestuste protsent SLAF-Seqi andmetes on vähendatud alla 5%, eriti liikide puhul, millel on palju korduvaid elemente, nagu nisu, mais jne.

Ise välja töötatud bioinformaatiline töövoog– BMK töötas välja SLAF-Seq tehnoloogiale rakendatava integreeritud bioinformaatilise töövoo, et tagada lõppväljundi töökindlus ja täpsus.

SLAF-i rakendamine

Geneetilise seose kaart

Krüsanteemi (Chrysanthemum x morifolium Ramat) lilletüüpi tunnuseid kontrollivate lookuste suure tihedusega geenikaardi koostamine ja identifitseerimine.

Ajakiri: Aiandusuuringud Avaldatud: 2020.7

GWAS

Sojaoa seemnete isofavoonide sisaldusega seotud kandidaatgeeni tuvastamine, kasutades kogu genoomi hõlmavat assotsiatsiooni ja sideme kaardistamist

Ajakiri: The Plant Journal Avaldatud: 2020.08

Evolutsiooniline geneetika

Populatsiooni genoomianalüüs ja de novo kokkupanek paljastavad umbrohu riisi kui evolutsioonilise mängu päritolu

Ajakiri: Molecular Plant Avaldatud: 2019.5

Hulgieraldusanalüüs (BSA)

GmST1, mis kodeerib sulfotransferaasi, annab resistentsuse soja mosaiikviiruse tüvede G2 ja G3 suhtes

Ajakiri: Plant, Cell&Environment Avaldatud: 2021.04.2021

SLAF-BSA

Viide

Sun X, Liu D, Zhang X jt.SLAF-Seq: tõhus meetod suuremahuliseks de novo SNP avastamiseks ja genotüpiseerimiseks, kasutades suure läbilaskevõimega sekveneerimist [J].Plos one, 2013, 8(3):e58700
Laul X, Xu Y, Gao K jt.Suure tihedusega geneetilise kaardi koostamine ja krüsanteemi (Chrysanthemum × morifolium Ramat.) lilletüüpi tunnuseid kontrollivate lookuste tuvastamine.Hortic Res.2020; 7:108.
Wu D, Li D, Zhao X jt.Sojaoa seemnete isoflavoonisisaldusega seotud kandidaatgeeni tuvastamine, kasutades kogu genoomi hõlmavat assotsiatsiooni ja sideme kaardistamist.Plant J. 2020;104(4): 950-963.
Sun J, Ma D, Tang L jt.Rahvastiku genoomianalüüs ja De Novo assamblee paljastavad Weedy Rice'i kui evolutsioonilise mängu päritolu.Moli tehas.2019;12(5):632–647.Moli tehas.2018;11(11):1360-1376.
Zhao X, Jing Y, Luo Z jt.GmST1, mis kodeerib sulfotransferaasi, annab resistentsuse soja mosaiikviiruse tüvede G2 ja G3 suhtes.Taimerakkude keskkond.2021;10,1111/tk.14066


Postitusaeg: jaanuar 04-2022

Saada meile oma sõnum: